Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,124 G→A 58.0% A143V (GCT→GTT)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1240GA58.0% 160.3 / inf 450A143V (GCT→GTT) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (98/88);  new base A (137/120);  total (237/213)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.23e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.03e-01

Only 100 of 452 total aligned reads displayed.

AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35985‑36263
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
  tATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                            >  2:368405/1‑140 (MQ=255)
   aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAACCa                                                                                                                                           >  2:130694/1‑140 (MQ=255)
    ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                                          >  1:32170/1‑140 (MQ=255)
     tCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGAGGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAtt                                                                                                                                         <  2:728/140‑1 (MQ=255)
      gtatGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAttt                                                                                                                                        >  2:277340/4‑139 (MQ=255)
       tttgcgctattctcaCTGTGTTACCTTGTCTGTCTTTCTTTAATAGTACGGTGATCTTTCTCGATGGGGTTATTTACATATTTCTATGTACACTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAGCATTGc                                                                                                                                       <  2:165345/126‑1 (MQ=2)
       tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                                       <  2:411689/140‑1 (MQ=255)
        ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGGTGTACAATGGCAGTAAGGTTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTGCTTTGACAATTGCt                                                                                                                                      >  2:33199/1‑140 (MQ=14)
           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                   <  2:105360/140‑1 (MQ=255)
           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                   <  1:563022/140‑1 (MQ=255)
             gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                                                                 >  1:588083/1‑140 (MQ=255)
             gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGACGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCta                                                                                                                                 >  1:304001/1‑139 (MQ=255)
                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              <  2:228945/140‑1 (MQ=255)
                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              >  1:504411/1‑140 (MQ=255)
                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              >  1:198287/1‑140 (MQ=255)
                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                              >  1:530130/1‑140 (MQ=255)
                  gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                            >  1:93050/1‑140 (MQ=255)
                   aTACTTTGATATCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                                           <  2:341277/140‑1 (MQ=14)
                   aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                           >  2:304212/1‑140 (MQ=255)
                      cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgc                                                                                                                       <  2:323557/140‑2 (MQ=255)
                       tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                      >  2:514331/1‑140 (MQ=255)
                       ctgtaTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                      <  2:494992/136‑1 (MQ=255)
                         tgatcttttttctttattACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACTGTTATGTTTAAGTTTAAAATCTTTGATTATCTTAGCCATTGCTGCTTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                    <  1:356349/130‑1 (MQ=11)
                         tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                    <  1:523047/140‑1 (MQ=255)
                           atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                  <  2:529563/140‑1 (MQ=255)
                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                  >  1:429373/1‑140 (MQ=255)
                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                  >  1:539737/1‑140 (MQ=255)
                              ccTTGTCTTTCTTAGTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                               >  1:364441/1‑140 (MQ=255)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                             >  1:421354/1‑140 (MQ=255)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                             >  2:443835/1‑140 (MQ=39)
                                    ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                         <  2:538261/140‑1 (MQ=255)
                                    ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                         <  2:637398/140‑1 (MQ=255)
                                     tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                                        >  2:318896/1‑140 (MQ=37)
                                      ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                       <  1:295938/140‑1 (MQ=255)
                                       tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaacta                                                                                                      <  1:45627/140‑4 (MQ=255)
                                       tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                      <  1:612850/140‑1 (MQ=38)
                                        cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                                     <  2:18135/140‑1 (MQ=255)
                                         ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                                                                    >  1:374276/1‑140 (MQ=255)
                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGTTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  <  1:84589/140‑1 (MQ=255)
                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTACGGTGAATGGTGCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  <  1:490570/140‑1 (MQ=11)
                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  >  1:144603/1‑140 (MQ=37)
                                            cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                                 >  2:599762/1‑140 (MQ=255)
                                             tttACTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTGATTGAGGTACTTCTATGTACAATGATAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTCAAGTATCTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATTTGTAACTACCtgtt                                                                                                <  2:271056/140‑1 (MQ=11)
                                             tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCATATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtttt                                                                                                <  2:282666/140‑1 (MQ=11)
                                                 atatGACGGTGATCTTGCTCAATGTGGTTATTCAGATTTTTCGATGTACATTGGAAGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                                            <  1:153343/140‑1 (MQ=11)
                                                 atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                                            <  2:62313/140‑1 (MQ=35)
                                                 atatGACGGTGAACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACCTACCTTTTGAgg                                                                                            >  2:209977/1‑140 (MQ=11)
                                                  tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                                                           >  2:553915/1‑139 (MQ=255)
                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                                         >  2:661559/1‑140 (MQ=19)
                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGctt                                                                                         >  1:169621/1‑140 (MQ=255)
                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTCAGGctt                                                                                         >  1:637295/1‑140 (MQ=11)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAAGTGTAc                                                                                       >  1:439646/1‑140 (MQ=11)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                       >  1:217918/1‑140 (MQ=34)
                                                        ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTCAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCAATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCCTTTGAGGCTTACCa                                                                                     >  1:126638/1‑140 (MQ=11)
                                                          tGATCTTGCTCAATGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   >  1:330116/1‑140 (MQ=18)
                                                          tGATCTTGCGTAATTGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACCACGGCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   <  2:398931/140‑1 (MQ=11)
                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                >  1:105324/1‑140 (MQ=16)
                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                >  1:233684/1‑140 (MQ=16)
                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                >  2:256820/1‑140 (MQ=16)
                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGTCTTACCAAATTg                                                                                >  1:509691/1‑140 (MQ=11)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTCTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               <  1:394492/140‑1 (MQ=17)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTTCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  1:281865/1‑140 (MQ=255)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  1:470010/1‑140 (MQ=12)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  2:297891/1‑140 (MQ=16)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                               >  2:35419/1‑140 (MQ=11)
                                                               ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:521399/1‑140 (MQ=12)
                                                                 gCTCAATCAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGCTTTACCAAATAGttga                                                                            >  2:654560/1‑138 (MQ=11)
                                                                  ctaaaTGAGTTTATTGCTCTATTTCGATTTACAATGGTAGTCTTGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTTCTTTAACCATTGCTAGCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                           <  1:268917/137‑1 (MQ=11)
                                                                   tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                          <  2:43502/140‑1 (MQ=12)
                                                                    cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                                         <  1:443592/140‑1 (MQ=12)
                                                                      aTGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                       <  2:198113/140‑1 (MQ=255)
                                                                      aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                       <  1:55043/140‑1 (MQ=32)
                                                                        gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                     >  1:545590/1‑140 (MQ=12)
                                                                         cggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  1:573856/139‑1 (MQ=11)
                                                                         aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  2:576547/140‑1 (MQ=32)
                                                                         aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  2:382461/140‑1 (MQ=32)
                                                                         aGGTTAATCAGATATTTCGATGTACACTGGAAGACACGAATAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTAGTTGAAGGAGCCTGATCTGTAATTACATTTTGAGGATCACAAAATAGTTTAATgtgaga                                                                    >  2:465710/1‑138 (MQ=11)
                                                                              aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATAAGTATAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGATTGa                                                               >  1:654635/1‑140 (MQ=11)
                                                                              aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATATGTAATGACCGTTGGAGGCTTACCACATTGTTTAATAAGACGTTTGa                                                               >  1:182427/1‑140 (MQ=11)
                                                                                tCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                             >  2:219188/1‑140 (MQ=16)
                                                                                 cAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                            >  1:410863/1‑140 (MQ=255)
                                                                                   gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaag                                                          >  2:482938/1‑139 (MQ=16)
                                                                                   gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                          >  1:581164/1‑140 (MQ=33)
                                                                                    ctatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGCTTAAAAGCTTTAATTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                         <  1:246351/139‑1 (MQ=255)
                                                                                      atTTCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTTGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  1:256572/140‑1 (MQ=11)
                                                                                      atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  2:4500/140‑1 (MQ=17)
                                                                                      atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  2:592837/140‑1 (MQ=17)
                                                                                      atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       <  2:585889/140‑1 (MQ=11)
                                                                                         tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                    >  2:612879/1‑140 (MQ=33)
                                                                                          cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                   >  1:62489/1‑140 (MQ=12)
                                                                                            aTGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACAATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAGCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAAATGTTTGATAAAAGAATATGCt                                                 >  2:150132/1‑140 (MQ=11)
                                                                                              gTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                               <  1:109051/140‑1 (MQ=17)
                                                                                                aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                                             <  1:75918/140‑1 (MQ=11)
                                                                                                 cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                            >  1:161688/1‑140 (MQ=9)
                                                                                                  aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                           <  2:118729/140‑1 (MQ=14)
                                                                                                   aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATTATACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                          <  2:236248/140‑1 (MQ=11)
                                                                                                    tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                         >  1:629481/1‑140 (MQ=11)
                                                                                                                                        ttAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg     >  1:663927/1‑140 (MQ=11)
                                                                                                                                         tAGCCATTGCTACCTTCTTTGAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatgt    <  1:479824/140‑1 (MQ=14)
                                                                                                                                           gCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTTCCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATATTCGTATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc  <  1:204934/140‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35985‑36263

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: