| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,679,462 | (A)8→7 | 100% | intergenic (+334/‑55) | USA300HOU_2535 → / → USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,679,455 | 0 | A | . | 97.0% | 139.8 / ‑1.6 | 33 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_2535/USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (17/15); total (17/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
GTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTA > CP000730/2679318‑2679587 | gTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAATTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCTaaaa > 1:102182/1‑141 (MQ=255) tctattaattGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAATAATCCATTTTTATTACGATTCAACACTTTATATGACATCTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGGTTAAATTG‑‑TATTAT‑AAAAAAATTTGTTAt < 2:9720/138‑1 (MQ=255) aCAATTAACTATTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTAt < 2:9639/141‑1 (MQ=255) cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATc < 1:375635/141‑1 (MQ=255) 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2:65023/1‑141 (MQ=255) ttACATTG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:320268/1‑141 (MQ=255) ttG‑‑TTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGGATACAGAAAATCCGTCACTGGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTGATCGGCTTGTGAGTGGCGTTGGCAGTACTATCCTCAGCAGAGGTCACTTa > 1:132119/1‑141 (MQ=255) | GTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTG‑‑TTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTA > CP000730/2679318‑2679587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |