Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,087 A→G 68.6% C155C (TGT→TGC USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,0870AG68.6% 741.5 / inf 700C155C (TGT→TGCUSA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (116/104);  new base G (251/224);  total (369/331)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01

Only 100 of 702 total aligned reads displayed.

TTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTA  >  CP000730/35947‑36225
                                                                                                                                             |                                                                                                                                          
     atataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTc                                                                                                                                       >  2:248883/1‑141 (MQ=255)
      tataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCa                                                                                                                                      >  2:183741/1‑141 (MQ=255)
      tataGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTTATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCATTCa                                                                                                                                      >  1:173981/1‑141 (MQ=255)
           agCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgttt                                                                                                                                 >  1:219628/1‑141 (MQ=255)
              gTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaag                                                                                                                              <  1:339037/141‑1 (MQ=255)
                aaaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTACTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttcagtt                                                                                                                            <  2:241662/141‑1 (MQ=255)
                 aaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGCTCCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           <  1:225617/141‑1 (MQ=255)
                  aTACATTCAATACCTTTTAAATTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTTATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                          <  2:101272/141‑1 (MQ=255)
                  aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                          >  1:35596/1‑141 (MQ=255)
                             cccTTTTAAGGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                               <  2:372421/140‑1 (MQ=255)
                              ccTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTTATTCCTTGGTTTTCTTATTTGAATATGACGCTGATCTTCCTCAATGAGCTGATTCAGATATTTCGATGTACAAGGGCAGTCAGGTTTAAGTTGAAAAGCTTTAAtt                                                                                                              <  2:192428/141‑1 (MQ=11)
                              ccTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAtt                                                                                                              <  2:283442/141‑1 (MQ=255)
                               cTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGAACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAATGCTTTAATTa                                                                                                             >  1:105968/1‑141 (MQ=255)
                                ttttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCCGATATTTCGATTTACACTGACAGTCAGGTTTAAGTTTGAAATGTTTAATTat                                                                                                            >  1:47636/1‑140 (MQ=14)
                                  ttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTattt                                                                                                          <  1:273089/141‑4 (MQ=255)
                                    aaaGTATTCTTTGCTGGATGGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                        <  1:84790/141‑1 (MQ=255)
                                      aGTTTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGc                                                                                                      <  2:203875/141‑1 (MQ=255)
                                      aGTATTCTTTGCTGTATTGATAATTTGATACCTTGTCTTTCTTCATTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCATATATTTCTATTGACAATGGTAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                      <  2:132574/141‑3 (MQ=11)
                                            cTTTGGCGTATTGATACTTTGATATCTTGGTTTTCTTACTTTAATATGACGGTGTTCTTGCTTAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                <  1:130041/141‑1 (MQ=14)
                                             tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCt                                                                                               >  1:202503/1‑141 (MQ=40)
                                                gCTTTATTGATACGTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                            <  2:810/141‑1 (MQ=255)
                                                 cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                           <  2:30937/141‑1 (MQ=255)
                                                  tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                          >  2:303786/1‑141 (MQ=255)
                                                  tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGATCACTCAGGGTTTGCAGATAGTGCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAATAGATTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                          >  2:63327/1‑141 (MQ=14)
                                                   gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                         >  1:143180/1‑141 (MQ=255)
                                                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                        <  1:149196/141‑1 (MQ=255)
                                                     aTTGATATTTTGATCTCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGCGCTCTATTTAACTCAATGGTCTTATTCAGATATTATGATGTAAAATGCTAGTCAAGTTTTATTTTAACAGCATTACATAATTTAGCCATTACTACCTTCga                                                                                       <  2:138743/141‑2 (MQ=255)
                                                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGCACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                      <  2:343239/141‑1 (MQ=255)
                                                      ttGATACTTTGAGATCATGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGAACTGGCTAAATAAGGTTATGCAGATATATCGATGGAGAATGACAGGCAGGATGATGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCAGCCTTCGtt                                                                                      >  2:158315/1‑141 (MQ=255)
                                                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                    >  2:356328/1‑141 (MQ=255)
                                                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                    >  1:124709/1‑141 (MQ=255)
                                                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                  >  2:149755/1‑141 (MQ=255)
                                                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                  >  2:21375/1‑141 (MQ=255)
                                                           aCTTTTATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTCAACCGGTTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                 <  2:382379/141‑1 (MQ=14)
                                                           aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                 <  1:365260/141‑1 (MQ=255)
                                                            cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGt                                                                                >  2:362424/1‑141 (MQ=255)
                                                             tttGATATCTTGTCTTTCTTACTTCAATAGGACGGTGATCTTGCCAACCGACAGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTg                                                                               <  1:186782/141‑1 (MQ=11)
                                                             tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                               >  2:120836/1‑141 (MQ=255)
                                                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                              <  2:323950/141‑1 (MQ=255)
                                                                 atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                           >  1:231003/5‑141 (MQ=255)
                                                                 atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                           >  1:212375/5‑141 (MQ=255)
                                                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                           >  1:170699/1‑141 (MQ=255)
                                                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                           >  2:5919/1‑141 (MQ=255)
                                                                    ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                        <  1:328255/141‑1 (MQ=255)
                                                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                       <  2:226577/141‑1 (MQ=255)
                                                                       tggctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                     <  1:324105/138‑1 (MQ=255)
                                                                       tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTGCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                     <  1:266602/141‑1 (MQ=255)
                                                                       tGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                     <  1:195259/141‑1 (MQ=255)
                                                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGCTATTTAGATGTACATTGGCAGTCTGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGTCTGATCTGTATTTATCt                                                             >  2:258232/1‑141 (MQ=14)
                                                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTGCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                             >  1:73470/1‑141 (MQ=255)
                                                                                   tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTGTGGTGAAAAGCTTTAAGTACGTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg                                                         <  1:289090/141‑1 (MQ=11)
                                                                                        tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                    >  1:62446/1‑139 (MQ=255)
                                                                                        tatGACGGTGATCGTGCTCAATGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTAAAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                    <  2:72941/141‑3 (MQ=11)
                                                                                         atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGAAATCTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATCGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                   <  1:375147/141‑1 (MQ=11)
                                                                                         aggACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                   <  1:41543/139‑1 (MQ=255)
                                                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGAGGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTACTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                  >  2:115522/1‑141 (MQ=11)
                                                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                >  1:318938/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaa                                              <  2:38620/141‑1 (MQ=11)
                                                                                              ggTGATCTTGCCCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                              <  1:160996/141‑1 (MQ=16)
                                                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaat                                             >  1:67579/1‑140 (MQ=12)
                                                                                                tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                            >  1:383931/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                tGATCTTGCTCAATGAGGTTAGTCATATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                            >  2:281298/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAtt                                           >  1:118667/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   agcTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTg                                          >  2:200002/3‑141 (MQ=11)
                                                                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                         >  2:274036/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                         >  2:330382/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                         >  1:282387/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTACCTTATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                        >  1:304893/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTTAGGTTTACCAAATTGtt                                        >  1:350123/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                      ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                       >  1:101446/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                        gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                     <  1:332565/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                        gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                     >  2:40599/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATg                                   <  1:93811/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                           cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                  <  2:176999/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                            aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                 <  2:333547/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                            aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                 <  2:298027/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                               gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                              <  2:163330/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTCCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                             >  1:89725/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                             <  1:77736/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                 ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                            >  1:247633/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                                  ggtttttagagATTTCGTTGTACAATGGCATGCAGGTTTAAGTGTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGAAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                           <  1:112245/134‑1 (MQ=11)
                                                                                                                  gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                           <  2:263279/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                  gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                           <  1:393218/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                  gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                           <  2:109176/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                   ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                          <  1:5919/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                   ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTAAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                          >  1:138467/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                                      ttCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTACCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                       >  2:90366/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         aGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                    >  1:315601/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                                         aGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTCTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                    <  2:289010/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                                            tatTTCGATGTACAATGGTAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                 <  2:34815/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAACTTGTTTAATGAGACGTTTGATGAACGCa                 >  1:157947/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                tCGATGTACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg             <  1:238377/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                                                tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTCCAAATTGTTTAATGAGACGTTTAATAAACGCATATg             >  2:316878/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTCATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc            <  1:310558/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                                                  gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTGATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt           >  1:255306/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                  gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt           <  2:141450/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                    tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa         >  1:298276/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                                       aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg      <  2:124070/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                         aaTGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt    <  2:52803/141‑1 (MQ=9)
                                                                                                                                         aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt    >  1:181174/1‑141 (MQ=14)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                          
TTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTA  >  CP000730/35947‑36225

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: