BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	26.9%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	26.9%	648.6 / inf	516	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (191/182); new base T (65/73); total (259/257)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.20e-01

Only 100 of 518 total aligned reads displayed.

TTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAA  >  CP000730/35980‑36247

   aaaGTATTCTTTGCTGGATGGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                                              <  1:84790/141‑1 (MQ=255)

      gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAcc                                                                                                                           >  1:184412/1‑141 (MQ=255)

           cTTTGGCGTATTGATACTTTGATATCTTGGTTTTCTTACTTTAATATGACGGTGTTCTTGCTTAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                                      <  1:130041/141‑1 (MQ=14)

            tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                     <  1:307497/141‑1 (MQ=255)

             ttGCTGTATTGATTCTTTGATACCTTGTCTTTCTTAATATAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGGAGCAACTGAGATATTAAGCTATACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                                                    <  1:92630/141‑1 (MQ=14)

             ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                                                    >  1:61063/1‑141 (MQ=255)

               gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                  <  2:322154/138‑4 (MQ=255)

               gCTTTATTGATACGTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                  <  2:810/141‑1 (MQ=255)

               gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                  <  2:148335/141‑1 (MQ=255)

               gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                  >  2:248015/1‑141 (MQ=255)

                 tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                                                >  2:303786/1‑141 (MQ=255)

                    aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                             <  2:334319/141‑1 (MQ=255)

                       gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTGAATATGACGGTGAGCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                          >  2:191308/1‑141 (MQ=255)

                         tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                        >  1:192694/1‑141 (MQ=255)

                          aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                       <  2:197394/141‑1 (MQ=255)

                            tttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                     <  1:126467/141‑1 (MQ=255)

                             ttGATGCCTTGTCTTTCTTACTTTAATGTGACGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTAGTCAGGTATTGCGATGTATAATGGCAGGCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                    <  2:393480/141‑1 (MQ=11)

                                atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                 >  2:178846/5‑141 (MQ=255)

                                atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                 >  2:112181/1‑141 (MQ=255)

                                atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTGAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                 >  2:105912/1‑141 (MQ=255)

                                atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                 <  1:177087/141‑1 (MQ=255)

                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                 >  1:200814/1‑141 (MQ=255)

                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAACATTGCTACCTTCGTTGAAGGGGCCTg                                                                                                 >  2:138941/1‑141 (MQ=255)

                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGAACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTACTACCATCGCTGAAGGAGccgg                                                                                                 >  2:344292/1‑139 (MQ=11)

                                 tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                >  1:22296/4‑141 (MQ=255)

                                  atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                               >  2:73674/3‑141 (MQ=255)

                                   ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGCTGAAgcggacttatg                                                                                              <  2:203258/141‑11 (MQ=11)

                                   ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                              <  1:328255/141‑1 (MQ=255)

                                      tggctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                           <  1:324105/138‑1 (MQ=255)

                                      tGTCTTTCTTACTTTAATATGACTGTGATCTTGTTCAATGAGGTTATTTAGATATTTCGTTGTACAATGGCCGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGGTGAAGGCGCTTGATCTGt                                                                                           <  2:91313/141‑1 (MQ=11)

                                      tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTGCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                           <  1:266602/141‑1 (MQ=255)

                                        tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                         >  2:349155/1‑141 (MQ=255)

                                         ctttcttACTTTAATAGGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                        <  2:313739/141‑1 (MQ=255)

                                           ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                      <  1:35998/141‑1 (MQ=255)

                                            tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                     <  1:316278/141‑1 (MQ=255)

                                             cttACTTTAATATGACGCTACTCCTCCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                    <  1:303153/141‑1 (MQ=11)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTGCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                   >  1:73470/1‑141 (MQ=255)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                   >  1:171158/1‑141 (MQ=255)

                                                tcTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                 <  1:21513/140‑1 (MQ=11)

                                                 cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                >  2:356941/1‑141 (MQ=255)

                                                     aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                            <  1:296776/141‑1 (MQ=255)

                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                          <  1:246254/141‑1 (MQ=25)

                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                          >  2:370298/1‑141 (MQ=25)

                                                        aggACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                         <  1:32059/139‑1 (MQ=255)

                                                        aggACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                         <  1:41543/139‑1 (MQ=255)

                                                         tGACGGTGATTTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCCGTAAGATGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                        <  1:287593/141‑1 (MQ=11)

                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                        >  1:279414/1‑141 (MQ=25)

                                                          gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                       <  2:331900/141‑1 (MQ=255)

                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                      >  2:136889/1‑141 (MQ=255)

                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                      >  1:254456/1‑141 (MQ=255)

                                                           aCGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                      >  1:207093/1‑141 (MQ=255)

                                                           aCGGAGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcg                                                                      >  2:240579/1‑140 (MQ=255)

                                                             ggTGATCTTGCCCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                    <  1:160996/141‑1 (MQ=16)

                                                              gttaTCTTGACCAATGACGTTATTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                   <  1:119085/138‑1 (MQ=11)

                                                              gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaat                                                                   >  1:67579/1‑140 (MQ=12)

                                                              gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                   <  1:64180/141‑1 (MQ=11)

                                                               tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                                  >  1:383931/1‑141 (MQ=12)

                                                                gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCACATATTTCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAtt                                                                 <  2:117799/141‑1 (MQ=11)

                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                               >  2:274036/1‑141 (MQ=12)

                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGCGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                               >  2:378919/1‑141 (MQ=11)

                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGTTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                              >  2:15701/1‑141 (MQ=255)

                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                              >  1:145794/1‑141 (MQ=12)

                                                                    ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                             >  1:101446/1‑141 (MQ=12)

                                                                    ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                             >  2:209934/1‑141 (MQ=17)

                                                                      gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGACCTGTAATTACCTGTTGAGATTTACCAAATTGTGTaa                                                           >  1:477/1‑141 (MQ=11)

                                                                      gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                           <  1:332565/141‑1 (MQ=12)

                                                                      gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                           >  2:123065/1‑141 (MQ=17)

                                                                       cTCAAGGAGGTTATTCAAATATTTCGATGGACAATGGCAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                          <  2:175987/141‑1 (MQ=11)

                                                                         cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                        <  2:281560/141‑1 (MQ=12)

                                                                         cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                        <  2:61063/141‑1 (MQ=17)

                                                                            tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                     >  1:115304/1‑141 (MQ=17)

                                                                            tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                     >  1:96032/1‑141 (MQ=17)

                                                                             gatgTTATTCAGTTATTTCAACGTACTATGACAGTCATGTTAAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTCCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTTTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                    <  1:1345/138‑1 (MQ=11)

                                                                             gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTGAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                    >  1:270323/1‑141 (MQ=255)

                                                                              aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATTGTTTAATGAGACGt                                                   <  1:237375/141‑1 (MQ=12)

                                                                              aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                   <  1:77736/141‑1 (MQ=17)

                                                                               ggTTATTCAGATATATCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                  >  2:268488/1‑141 (MQ=255)

                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                 <  1:393218/141‑1 (MQ=17)

                                                                                gTTATTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTCGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAGATTGTTTAATGAGACGttt                                                 <  2:221267/141‑1 (MQ=11)

                                                                                 ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                >  1:110141/1‑141 (MQ=12)

                                                                                  tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAGATTGTTTAAGGAGACGTTTGa                                               >  1:229050/1‑141 (MQ=11)

                                                                                   tttCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                              <  1:311818/140‑1 (MQ=12)

                                                                                    ttCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTACCTTGGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAGTTACCTTTTGAGGTTTGCAAAATTGTTTACTGAGTGGTTTGATa                                             >  2:6805/1‑141 (MQ=11)

                                                                                     tCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                            <  1:350118/141‑1 (MQ=11)

                                                                                     tCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTATTGAGGCTTACCATTATCGGTAATGAGACGTTTGATaa                                            <  2:280887/141‑1 (MQ=11)

                                                                                      cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGGTTGATGAGTCGTTTGATaaa                                           >  2:308199/1‑141 (MQ=11)

                                                                                       aGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTCTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                          <  2:289010/141‑1 (MQ=12)

                                                                                        gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                         >  1:340104/1‑141 (MQ=17)

                                                                                         atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                        >  2:298355/1‑141 (MQ=12)

                                                                                          tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                       >  1:153350/1‑141 (MQ=255)

                                                                                              tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCAGATg                                   >  1:143003/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                gttGTACAATGGCAGTCAGGTTTATGTTTAAAAGCTTTTATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGTCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTCTAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                 <  2:260021/139‑1 (MQ=11)

                                                                                                gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                 >  2:385481/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                 aTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGTTAAACGCATATGCTg                                >  1:370367/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                    tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                             >  1:376035/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                      cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                           >  2:162997/1‑141 (MQ=9)

                                                                                                      cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                           >  2:127933/1‑141 (MQ=9)

                                                                                                       aaTGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                          <  2:52803/141‑1 (MQ=9)

                                                                                                       aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                          <  2:324005/141‑1 (MQ=14)

                                                                                                                               aatcTTTTATGATTTTCGCCACTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTCATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCaaa  <  2:47636/138‑1 (MQ=1)

TTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAA  >  CP000730/35980‑36247

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`