| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 39,888 | T→C | 18.5% | N416D (AAC→GAC) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 39,888 | 0 | T | C | 18.5% | 111.7 / 19.4 | 55 | N416D (AAC→GAC) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/23); new base C (3/7); total (25/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
TCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCCATACATAAATGGAT > CP000730/39755‑40028 | tCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAAc > 2:298404/1‑141 (MQ=255) gCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATc < 1:361541/141‑1 (MQ=255) gCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATc < 2:358683/141‑1 (MQ=255) tGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCAtt > 1:67085/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ccATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAAACTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTgg > 1:350521/1‑140 (MQ=255) cctttCCCACGACATATCGTGCTACTTTTTAACCCCCCCTAGCTTTATCTTTTTGCCAATCTTTACCATCGTTTTAATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATGGCTGTTAATATTTTTTGAg < 2:19216/139‑1 (MQ=255) aTTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGt > 2:247275/1‑141 (MQ=255) ccACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGCGTTGatc > 2:335559/1‑139 (MQ=255) ccACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGAGTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCCTCGCTTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCCTCGCTGTTAATATTTTCTGAGTTGTAc > 2:168685/1‑141 (MQ=255) ttCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTgg < 1:71544/141‑1 (MQ=255) ttCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTgg < 1:266717/141‑1 (MQ=255) ttCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTGTGCTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTgg < 1:154136/141‑1 (MQ=255) cTTGCAACGTTGTCACCTCCCCAAGATTTATCTTTTTGCCACCCTTTACCATCGTTTTTAAAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTCAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGtt < 1:82457/141‑1 (MQ=255) tGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGt < 1:54076/141‑1 (MQ=255) ccaccCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACttg > 2:372751/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCag > 1:353612/1‑141 (MQ=255) gATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCagg > 1:231375/1‑140 (MQ=255) tCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAGCGCTTTTTATCGTCTAATGTCATGAGAGATAACCCAAGCATTGCTGTTAATATTTTTTTTTTTTTTTTTGGTGAAGTAGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCt > 2:278918/1‑141 (MQ=255) tCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCt > 2:125731/1‑141 (MQ=255) tttgctggccTTTACTATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCttttt < 2:157584/133‑1 (MQ=255) tttGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCttttt < 1:181291/141‑1 (MQ=255) aaCCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCtt < 2:52939/141‑1 (MQ=255) cTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCgg < 1:176299/141‑1 (MQ=255) cTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTAAGCAGAGGTACTTTTTTATCTTCgg < 1:198005/141‑1 (MQ=255) cTTTACCATCGATTTTATAACTTGGTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCgg < 1:120268/141‑1 (MQ=255) aTCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGCACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAtttt > 2:171478/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGt < 2:230772/141‑1 (MQ=255) ttGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGt < 1:74102/141‑1 (MQ=255) ttGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGt < 1:147570/141‑1 (MQ=255) ttGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGt < 2:158039/141‑1 (MQ=255) ttgtATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTAc < 2:32090/138‑1 (MQ=255) tCTAATGTTTTGTCATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCca < 1:247275/141‑1 (MQ=255) ttAATGTTTTGTTATTTAACCCAAGCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCcat < 1:224022/140‑1 (MQ=255) tGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTTTTTTTTTTCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTTGGTTAATTTCTTATATTCTTCGTTACTCATGCcatacat > 2:189393/1‑141 (MQ=255) ttttGTTATTTAACCCAATCGTTGCTGTTAATATTTTTTGCGTTGAACCTGGTGAAATTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGTGGTTCTTTTTTATCTTCTGTTAATTTGTTATATTCTTCGTTACTcctcatctccttat > 2:16255/1‑128 (MQ=255) ttttGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGTGTTTAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCCATACATaa > 2:267065/1‑141 (MQ=255) ttGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCCATACATAAAt > 1:21123/1‑141 (MQ=255) tATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCCATACATAAATGGAt < 1:284909/141‑1 (MQ=255) | TCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTGTAACCACCCCAAGATTTATCTTTTTGCCAACCTTTACCATCGATTTTATAACTTGTTTTATCGTCTAATGTTTTGTTATTTAACCCAATCATTGCTGTTAATATTTTTTGAGTTGAACCTGGTGAAGTTGTAATCTGGAACTTGTTGAGCAGAGGTTCTTTTTTATCTTCGGTTAATTTATTATATTCTTCGTTACTCATGCCATACATAAATGGAT > CP000730/39755‑40028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |