Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 76,353 | G→A | 61.5% | intergenic (+411/‑723) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 76,353 | 0 | G | A | 61.5% | 144.7 / 305.5 | 307 | intergenic (+411/‑723) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/57); new base A (90/97); total (152/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCCAT > CP000730/76213‑76491 | gTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGCGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACgg < 2:162778/141‑1 (MQ=17) gTAAGAACTATTTAAGATATGCTCAATCCAACAAGGATGTGAGCTCTGTAGCTGTTGGCTACGATCTAAGATATGCATTGAGGTATCGTGATATAGCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACCGTCATCATTCAACgg < 2:178125/141‑1 (MQ=11) aTGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTc < 1:326494/141‑1 (MQ=17) aTGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTc < 1:98285/141‑1 (MQ=17) aTGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATc > 1:135109/1‑141 (MQ=12) aTGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATc < 1:393788/141‑1 (MQ=255) tGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCt < 2:327988/141‑1 (MQ=17) tGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCt < 2:375790/141‑1 (MQ=255) aaCTATTTCAGATATAAACAAAAGAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTAc > 2:182415/1‑141 (MQ=11) accatttcgtctataAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTAcc < 1:106120/130‑1 (MQ=11) cTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTAACg > 1:242418/1‑141 (MQ=17) tATTTCATATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCTTTCAACGGTCTACCGt < 1:196335/141‑1 (MQ=17) tATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGt < 1:309877/141‑1 (MQ=255) tATGTCAGATATACACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAGCGTTAAATATCTGAAATATGAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGt < 1:152451/141‑1 (MQ=11) aTTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGtt > 2:353355/1‑141 (MQ=17) aTTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAAAGTGGTGTAAACGTTAATCATTCAACGATCTACCGtt > 2:89767/1‑141 (MQ=11) tttCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTg < 1:380951/141‑1 (MQ=255) cAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGt < 1:365867/141‑1 (MQ=17) cAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGt > 1:305426/1‑141 (MQ=32) cAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGt > 2:371460/1‑141 (MQ=12) cAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGt > 2:316031/1‑141 (MQ=12) cAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGt > 1:6341/1‑141 (MQ=12) aGATATAAACAATTTAACAAGGTTGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGtt < 2:28838/141‑1 (MQ=255) atatAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCa < 2:13726/141‑1 (MQ=12) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGa < 2:334508/141‑1 (MQ=17) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAGACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAGGa > 2:106055/1‑141 (MQ=11) taAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGa < 2:38243/141‑1 (MQ=12) aaCAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAat > 2:236524/1‑141 (MQ=17) aaTTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATg < 1:367526/141‑1 (MQ=12) aaTTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATg > 1:139527/1‑141 (MQ=255) aaTTTAACAAGGATGCTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATg < 1:16175/141‑1 (MQ=255) tttAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGcc > 1:333977/1‑141 (MQ=255) tttAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGcc < 1:360488/141‑1 (MQ=255) ttAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGccc < 2:264469/141‑1 (MQ=255) tAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGTGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGcccc < 2:154572/141‑1 (MQ=17) tAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGcccc < 2:142356/141‑1 (MQ=12) tAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGcccc < 2:277144/141‑1 (MQ=12) aCAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCaa > 1:261472/1‑141 (MQ=17) aCAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCaa > 2:130577/1‑141 (MQ=12) aCAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATCCCCCaa > 2:251027/1‑141 (MQ=255) aCAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACATTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCaa > 1:268190/1‑141 (MQ=255) cAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAAt > 2:337469/1‑141 (MQ=17) cAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGATACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACATTCATCATTCAACGGTCTACAGTTGAGTTCAAGAATATTCCACAAt > 2:219519/1‑141 (MQ=11) attttagccgtGTAGCCGTTTGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCCTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTtat < 1:20548/131‑1 (MQ=11) aTGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTtat < 2:63386/141‑1 (MQ=18) tttATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATTTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTatat < 2:42238/140‑1 (MQ=255) gTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTatat < 2:39863/141‑1 (MQ=35) gTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTatat < 2:321794/141‑1 (MQ=255) ttATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATc > 1:318647/1‑141 (MQ=25) tATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTCCCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCa < 1:274263/141‑1 (MQ=25) tATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCa < 1:198132/141‑1 (MQ=25) aTCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTAAAACATAGCACGAGCGACCGTTGGGTTACAGCAAAGGCCCCAATTTTATATCaa > 1:285718/1‑141 (MQ=11) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 1:124109/1‑141 (MQ=255) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGAGGTGTAAACGTACATCATTCCAAAGTGTCCCGTTGGGTTCCAGAGTATGCACCAATTGTAcaacaa > 2:206846/1‑141 (MQ=11) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATAGGCAGTGGGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAAGATGCCCCAATTTTATATCaa < 2:123823/141‑1 (MQ=11) gatagtagccaacagCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAAt > 2:364024/15‑141 (MQ=255) cACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAAt < 2:84353/141‑1 (MQ=255) aCTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAAtt > 1:247312/1‑141 (MQ=255) gTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTgg < 1:382035/141‑1 (MQ=35) gTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTgg > 1:211108/1‑141 (MQ=255) tAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGga < 1:189049/141‑1 (MQ=255) aGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGgaa < 2:346177/141‑1 (MQ=255) aGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTAgaa < 2:311234/141‑1 (MQ=255) aGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAAAGAACGTGGTGTAAACGTTAATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGgag > 1:275584/1‑140 (MQ=11) tgTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGgaagaa < 1:54935/140‑1 (MQ=25) gTTGGCTACTCTCCACCATTTGCTTTCCGGTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATGAGTCAACGGTCTACCGGTGGGTTCAAGAATATGCCCCAAGCTTATATCAAATTAGGAACaaa > 2:143330/1‑141 (MQ=11) gTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGaaa > 2:202969/1‑141 (MQ=255) ttGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGaaaa > 1:202158/1‑141 (MQ=255) gCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAGATTTGGAAGAAAAAGc > 1:355617/1‑141 (MQ=25) gCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGc < 2:71097/141‑1 (MQ=35) gCTACTATCTAACATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGc < 1:95372/141‑1 (MQ=25) ctactaTCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCa > 1:32903/1‑141 (MQ=35) ctactaTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGACCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGGTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAATAAAAAgta < 2:291933/141‑3 (MQ=11) ctactaTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCa < 1:172975/141‑1 (MQ=255) ctactaTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAGTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCa < 1:49766/141‑1 (MQ=255) tactaTCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACAGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAt > 2:359443/1‑141 (MQ=25) actaTCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑a < 1:230055/141‑1 (MQ=35) actaTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTTACCGCTCTACCGTTGGGTTCGAGAAGATGCCCCAATTTTCTTTCAAATTTGGAAGAAACAGCAT‑a > 1:219489/1‑141 (MQ=11) ctaTCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aa > 1:70109/1‑141 (MQ=35) aTCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAGGACTATGCCCCATTTTTATTTCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aaaa > 1:45351/1‑141 (MQ=255) aTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aaaa < 2:57033/141‑1 (MQ=255) tCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aaaaa < 1:236524/141‑1 (MQ=35) cTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aacaaa > 1:59547/1‑140 (MQ=11) tAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGAAT‑aaaaaag > 1:388184/1‑139 (MQ=11) atatatGCATGGAGTTATCGTGATATATCTGAAATTTTAAGGGAACGTTGTGTAAACGTTCATTATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCACGAATATGCCCCAATTTTATATTAAATTTGGAAGAAAAGGCAT‑aaaaaagct < 2:341008/139‑5 (MQ=11) aGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aaaaaagct > 1:347861/1‑137 (MQ=11) aGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAAAGTGGTGTAAACGTCCATCATTCAACTATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCGT‑aaaaaagct > 2:1942/1‑137 (MQ=11) atatGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAAt > 2:245066/1‑141 (MQ=40) atatGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATTCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑aaaaaagctta > 1:74454/1‑135 (MQ=11) tGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAAGGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCATAGTTTATATCAAATTTGGAAGGAAAAGCAT‑aaaaaagctatata > 2:115268/1‑132 (MQ=11) aTCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAAAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAAGCTAATTACAATTAGCGtt > 2:138825/1‑140 (MQ=1) tGAAATATTAAGGGACCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTAc < 1:87000/141‑1 (MQ=255) ttAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCaaaa > 2:75092/1‑141 (MQ=39) aCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTGCAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGa < 2:216346/141‑1 (MQ=255) cgtttacaccaCGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCGAATTACAAATGTCGTAGGTATGAGACGTTCATCATAAGAAAAGGaa > 1:179353/11‑141 (MQ=14) tgttgtAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGaaaa > 2:150433/4‑141 (MQ=38) aCGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTa < 2:305426/141‑1 (MQ=40) aCGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTa < 1:343746/141‑1 (MQ=40) gaaCGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGc < 1:115616/140‑1 (MQ=38) cGGGCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCCAt > 2:221694/1‑141 (MQ=255) | GTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCAT‑AAAAAGCTAATTACAAATGGCGTATTGATGAGACGTACATCAAAATAAAAGGAAAATGGAGCTATTTATATCGTGCCAT > CP000730/76213‑76491 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |