| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,907 | A→T | 15.3% | intergenic (+965/‑169) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,907 | 0 | A | T | 15.3% | 64.2 / 2.1 | 33 | intergenic (+965/‑169) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/8); new base T (3/2); total (23/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATA > CP000730/76786‑77046 | agggagtGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCTATAt‑t < 2:46769/135‑1 (MQ=1) gagtGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCCCGAAATTAGCATCATGCTAGCAGGTTAGGAGGACAGTGACATGCCAGATTGGTGGTTAGGTATGT‑TTTTTTAc > 1:81609/4‑141 (MQ=1) gagtGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTAc < 1:324005/138‑1 (MQ=1) gagtGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTAc < 1:235921/138‑1 (MQ=1) 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2:166001/1‑141 (MQ=255) ctctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTaaaag < 1:254349/141‑3 (MQ=255) tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193461/1‑141 (MQ=255) tGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCaaa > 1:193445/1‑141 (MQ=255) ccACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGACAACACTGACCTGGTTAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACa < 1:268310/141‑1 (MQ=21) cACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAAGTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAt > 1:33858/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAg > 1:49416/1‑141 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTAGTGCAAACATTCATTTCGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:185399/1‑141 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:147598/1‑141 (MQ=255) aaGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTa > 2:302435/1‑141 (MQ=255) gCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaa > 1:209897/1‑141 (MQ=255) aaCACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTaaaaaa < 2:190859/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATATCTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCAt < 1:347734/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAAGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAGAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa > 1:368486/1‑141 (MQ=255) | AGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAT‑TTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATA > CP000730/76786‑77046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |