| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 129,796 | G→C | 100% | intergenic (‑173/+212) | spa ← / ← sarH1 | immunoglobulin G binding protein A/staphylococcal accessory regulator H1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 129,796 | 0 | G | C | 100.0% | 160.2 / NA | 49 | intergenic (‑173/+212) | spa/sarH1 | immunoglobulin G binding protein A/staphylococcal accessory regulator H1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (21/28); total (21/28) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > CP000730/129660‑129928 | tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACatat > 1:373180/1‑141 (MQ=255) atTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGCAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt > 1:59108/1‑141 (MQ=255) atTTATAATGAAATTTAAAGGTAAGTTTTACGACTTATAACATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATACAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAAGAAAAACAGATAAAATATAGACatact > 1:290519/1‑139 (MQ=255) aTTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTtata < 1:275385/141‑1 (MQ=255) 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TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > CP000730/129660‑129928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |