| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 195,286 | T→A | 100% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 100.0% | 114.7 / NA | 35 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (19/16); total (19/16) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGA > CP000730/195150‑195420 | tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa < 1:311603/141‑1 (MQ=255) tAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATAATCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat > 2:384234/1‑141 (MQ=255) aaaCTTGCTACGACAGAATCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTTTATATATGTTTATTTACTTATACCCTACCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTTTCTAAATATTAAAAAAAAAATCTTaa > 2:227440/1‑141 (MQ=255) cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATAATTTTTAGACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATaa > 1:180402/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTACTCCGATAAGAATTATAGTAATAttttttaa > 1:160646/1‑139 (MQ=255) tatatataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCaa < 1:366948/141‑1 (MQ=255) tatatataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTCACAGAATTTTATCTAAATAATAAAAAAAATATCTTAATACCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCaa < 1:332932/141‑1 (MQ=255) ttatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 2:362832/140‑1 (MQ=255) tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:101282/141‑1 (MQ=255) taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAATTATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATTTTTTTTCAACCATTGTTATaggagg > 1:344315/1‑141 (MQ=255) cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGCGGTc > 2:46704/1‑141 (MQ=255) ttgtaatccagtaagATTTTTATACTCTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 2:66411/127‑1 (MQ=255) aaaaTGATTTTTATACTTTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa < 2:315521/138‑1 (MQ=255) aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa < 1:161342/141‑1 (MQ=255) aaCATGATTTTTATAAATTTTAAAAATATATTTTAAAGTTTTTTCTCTAGGTATCACCATCGAGATCTTAATATCCTTGTAATACGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa < 2:379964/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCttt > 2:227174/1‑140 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCa < 1:263914/141‑1 (MQ=255) ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCaa < 1:66986/141‑1 (MQ=255) tATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGCAATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCaaa > 2:26641/1‑140 (MQ=255) tATCAAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTCTAGTAATATTTTTTCAACCATTGGTATAGGAGGTCTTACTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAAc < 1:131934/141‑1 (MQ=255) aTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAAca > 2:177784/1‑140 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 2:154783/1‑141 (MQ=255) aaTATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAGAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTCTTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGCaaga > 1:97500/1‑141 (MQ=255) | TGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGA > CP000730/195150‑195420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |