Predicted mutation
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RA	CP000730	512,643	A→G	44.4%	intergenic (+711/‑150)	recR → / → rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	512,643	0	A	G	44.4%	16.9 / 71.7	64	intergenic (+711/‑150)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (13/22);  new base G (8/20);  total (21/43)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

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                                                                                                                                    |                                                                                                                                      TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAC  >  CP000730/512511‑512776

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑