| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,854,250 | T→C | 12.9% | S145S (TCA→TCG) | ccpA ← | catabolite control protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,854,250 | 0 | T | C | 12.9% | 66.8 / 4.8 | 31 | S145S (TCA→TCG) | ccpA | catabolite control protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/13); new base C (2/2); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
TTTTAGAATGTTCTCCACCTACTAAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCTTTTTCCTTTTCAGGATCGTT > CP000730/1854117‑1854387 | ttttAGAATGTTCTCCACCTACTAAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGAtacta > 1:161759/1‑141 (MQ=255)ttttAGAATGTTCTCCACCTACTAAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCATTACCATTTGTTCCTGAtccta > 2:202013/1‑141 (MQ=255) tGTTCTCCACCTACTAAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGt < 2:287438/141‑1 (MQ=255) ccACCTACTAAAGCAAATGACATAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTATTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGATATATGAGCATCCTTACCATTAGTGCCTGGTCCTACGACAGGTAcgcat > 2:271819/1‑137 (MQ=255) ctactaAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTTCAGAtgctt > 2:274588/1‑141 (MQ=255) actaAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGAtgattga < 1:216982/141‑1 (MQ=255) aaGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTa > 1:168565/1‑141 (MQ=255) gATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCt < 1:324698/141‑1 (MQ=255) tttAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCttt < 2:33069/141‑1 (MQ=255) ttAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTGAAACCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTc > 1:262707/1‑141 (MQ=255) tttttCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATttattc < 2:47132/141‑1 (MQ=255) ttCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCCGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGt > 2:144724/1‑141 (MQ=255) ttCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCCGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGt > 2:144656/1‑141 (MQ=255) cAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACTATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCACTTCTTTCATTTCTTCAGTaa < 1:274588/141‑1 (MQ=255) aattatttCTCCCGTACTTTCTTTCTCTGATTCAGTAAATCCAATATTAACTGATTCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTTATTCTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAAt < 2:112663/141‑1 (MQ=255) aattaattCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAAt < 2:381684/141‑1 (MQ=255) attaattCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAAtt > 1:348844/1‑141 (MQ=255) tgactttgtttttcAGCATCAGTAAAATCAATACTAACTGTTGCTATATCGGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGCACCACTAAgg < 2:145080/128‑1 (MQ=255) gTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTGCAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTTTTCAGTAATTGTAGCACCCAgg > 1:227628/1‑141 (MQ=255) gTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGCTGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAgg < 2:259674/141‑1 (MQ=255) cAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCAt < 2:168565/141‑1 (MQ=255) ttCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGCTTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAAc > 1:266515/1‑141 (MQ=255) tcatttAAAAACAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAAc < 1:88106/136‑1 (MQ=255) aaTCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCCGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTAc < 1:144656/141‑1 (MQ=255) aaTCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCCGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTAc < 1:144724/141‑1 (MQ=255) tatTAAGTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTtaata > 2:219204/1‑141 (MQ=255) tgtgCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATAAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCt > 2:30029/1‑141 (MQ=255) ttACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCTTTTTCCttt > 1:322020/1‑141 (MQ=255) tttGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCTTTTTCCTTTTCAGGa < 2:170859/141‑1 (MQ=255) ttGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCTTTTTCCTTTTCAGGAt > 2:9030/1‑141 (MQ=255) tCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCTtttttttttttttttttttt > 2:61356/1‑131 (MQ=255) | TTTTAGAATGTTCTCCACCTACTAAAGCAAATGATTTAGCGCCTTTTTCAATTAATTCTCCCGTAATTTCTTTCGCAGCTTCAGTAAAATCAATATTAACTGATGCTATATGTGCATCCTTACCATTTGTTCCTGATACTACTACAGGTACAGATGATTGATTTATCAATTCTTTCATTTCTTCAGTAATTGTACCACCAAGGAAAATAATACCATCAACCTGTTTACTTAATAAGTTATTAAAAATTTCTTTTTCCTTTTCAGGATCGTT > CP000730/1854117‑1854387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |