| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 35.0% | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026 ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 35.0% | 194.6 / 130.9 | 151 | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/47); new base T (24/29); total (75/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTA > CP000730/36441‑36719 | ttgccTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAc < 2:296580/138‑1 (MQ=17) cccTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTGTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTAATTTTTTACtt > 2:703258/1‑140 (MQ=11) cAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACtt > 2:188940/1‑141 (MQ=35) cAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACtt > 2:323225/1‑141 (MQ=35) cAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACtt > 1:344295/1‑141 (MQ=35) atatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGc > 1:275111/1‑141 (MQ=35) tatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCa > 2:880522/1‑141 (MQ=35) atatCACGATAGCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCaa > 1:156417/1‑141 (MQ=25) tCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCACCAg > 2:644793/1‑141 (MQ=25) gATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACATAAGACTCTTTTTTGTTAAAATTATACTATAATTTCAACTTTGCAACAGAAcc < 1:646080/141‑1 (MQ=255) gATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcc < 1:418981/141‑1 (MQ=34) gATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcc < 1:449144/141‑1 (MQ=35) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:427652/138‑1 (MQ=9) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:520365/138‑1 (MQ=9) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGCAATAGGTCATACCGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtct > 2:519792/2‑139 (MQ=11) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTTCAACAGAACCGtat > 2:345531/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat < 1:1021151/140‑1 (MQ=16) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAACCAAAGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTATATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCATTTTTGTTAAAATTATATTGTAACTTCAACTTTGCGACAGAACCGtat > 2:569962/2‑141 (MQ=11) cacagtgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctccta > 2:535934/9‑136 (MQ=11) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 2:956179/1‑141 (MQ=16) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:537002/1‑141 (MQ=16) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 2:111099/1‑141 (MQ=16) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 2:823542/1‑141 (MQ=16) tCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta > 1:1011714/1‑141 (MQ=40) tCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta > 1:73968/1‑141 (MQ=40) tCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta < 1:906165/141‑1 (MQ=40) tCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt < 1:106745/141‑2 (MQ=16) tCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt < 1:223217/141‑2 (MQ=12) tCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt < 1:107569/141‑2 (MQ=19) tCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatgt > 1:47710/1‑139 (MQ=12) tCAATGCATATCTTAAATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt > 1:787303/1‑140 (MQ=255) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttt < 2:192865/141‑3 (MQ=255) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttt < 1:575929/141‑3 (MQ=255) aaTGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTCTTTTg > 1:1033368/1‑141 (MQ=255) agacatatCTTAGATCGAAGCCAACACCTAAAGTGATAACATCCAACTTCAATAGCTTCTCTCTAACCTACTTCCTACAGAAGACTCATTTCTGTTACCATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttact > 2:129945/5‑132 (MQ=2) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTTAAATTTGCAACAGAATCGtattttatg > 1:471347/4‑136 (MQ=11) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg > 1:269761/4‑136 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga > 2:456595/3‑135 (MQ=255) catatCTTATATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtat < 1:204202/140‑13 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtat < 1:576011/140‑13 (MQ=11) catatCGTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag < 2:1036145/140‑8 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtttt > 2:989078/1‑128 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 1:1031578/141‑14 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTGTTGTTAACATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 2:436535/141‑14 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGTCAACTGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta < 2:958216/141‑10 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAACTTGTATATATCTGAAATCGTCCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCgccatctatgagta > 2:874529/1‑128 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGCAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCATATTATGGAATag > 2:598639/1‑141 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta < 2:607123/141‑10 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg < 1:403497/141‑15 (MQ=11) tatCGTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGCTATTATTTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg > 1:723699/1‑127 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac > 2:229069/1‑131 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtaa > 2:661945/1‑131 (MQ=255) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTAATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCACCTTTGAACCAGAACAGcattttataagtac > 2:825977/1‑131 (MQ=11) cTTAGATAGTAGCCGACGGGTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtaatgtatgggtacac > 1:583934/1‑127 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacact > 1:851587/1‑128 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGACAACAGCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACCGCACCGTATTATGGAATAGAGAt < 2:48523/141‑1 (MQ=255) tAGATTGTATGCAACGGCTACAGTGATAACATCCCTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 2:750601/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACCGCCTGGTGAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttacgagtacactc < 2:219792/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:278204/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAATTTTTTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:205135/141‑15 (MQ=11) gATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGtt < 2:548503/141‑1 (MQ=255) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGCCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGt > 2:377102/1‑141 (MQ=255) aCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTTTTATGGAATAGAGAGGTTGGTAACATTta < 1:566526/141‑1 (MQ=255) aCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAACTGTTTATATCTGAAATAGTTCCTACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTta < 2:562022/141‑1 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat < 2:663039/141‑1 (MQ=255) gCTACAGTTATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATAc < 1:268731/141‑1 (MQ=255) aCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAgg > 1:174229/1‑141 (MQ=255) cAGTTATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTCGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGa < 2:475285/141‑1 (MQ=255) ttGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAg > 1:39155/1‑141 (MQ=255) ttGTTAAATTGTTTATAACTGAAATAGTTCATACAGAAGACGCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAg < 2:433065/141‑1 (MQ=255) tGTCAAATTGTTTAGAGCCGAAATAGTTCATACAGAGGACTCATTTTTGTTAAAATTATACTATACATTCAACTTTGAAACAGAACAGTATTACGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGt < 1:598639/141‑1 (MQ=21) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGCCTCATTTTCGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTAGGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt < 2:1015455/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt > 1:910189/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTaa > 2:421460/1‑141 (MQ=255) aTTGGTTATATCTGAAATAGTTCAGACAGAAGACGCCTTTTTGTTAGAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGCAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAtt < 1:364896/141‑1 (MQ=25) ttATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtt > 1:944366/1‑141 (MQ=255) ttATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAACGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtt > 2:553473/1‑141 (MQ=255) tataTCGGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtta < 1:966716/141‑1 (MQ=255) atatCTGAAATAGTTAATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttat > 1:790940/1‑141 (MQ=255) cTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACa < 1:742127/141‑1 (MQ=255) cTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACa > 1:829102/1‑141 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacaca > 1:82678/1‑141 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACATAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacaca > 1:709495/1‑141 (MQ=255) tCATACACAACACTCCCTATTTTTGAAATTATACTATAAATTCAACATTGCAAACCAACCCACGTATTATATAGAGATATCGGTATACTTTATAAAGGATCATTATAATTAAGTTTAATTTCGGTACTACAGAACcacacc > 2:270669/1‑140 (MQ=255) tACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTc < 2:1031138/141‑1 (MQ=255) aCAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATCATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTcc < 2:761227/141‑1 (MQ=255) cAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAAGTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTACGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCa > 2:237828/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTGTAAATTCAACTTTGCACCAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACGGAACCACACATACCAAcc > 1:725355/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAAcc > 2:243952/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGATAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTAAATAACCACACATTACAccc > 2:719469/1‑141 (MQ=38) gaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGTTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCag > 2:408174/1‑141 (MQ=255) gaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCag < 1:860584/141‑1 (MQ=255) gaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCag < 2:414258/141‑1 (MQ=255) tCCTTTTTGTTATAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaag > 2:650625/1‑141 (MQ=255) ttGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGCATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACGTAAGTGTAAGTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAg > 2:223041/1‑141 (MQ=255) ttGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGACGAGAAAg > 1:235967/1‑141 (MQ=255) ttGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAg > 1:623974/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCATTATTCCAGAAACACACATNCCATACAGAAGAGAAAGTAt > 1:616598/1‑141 (MQ=39) aaaaTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGCTCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGGACCACACATTCCAACAAGAAGAGAAAGtcggt > 2:417686/1‑137 (MQ=255) taCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACCCATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTa > 1:527837/1‑141 (MQ=255) | TTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTA > CP000730/36441‑36719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |