| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,512 | A→G | 27.2% | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,512 | 0 | A | G | 27.2% | 193.6 / 78.2 | 124 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/44); new base G (12/22); total (58/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAA > CP000730/111373‑111650 | cTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 1:273277/141‑1 (MQ=255)cTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 2:207847/141‑1 (MQ=255) aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAATATAATCAAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCt > 2:395918/1‑141 (MQ=255) aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATAAATCATATAAACCAAAGGTACCGAGTTAATCaacc > 1:54573/1‑138 (MQ=25) agaaGGAACTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCta < 2:349900/138‑2 (MQ=255) gAGGAAGTAAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATAGAATCCGGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTaaa > 2:1014189/1‑141 (MQ=21) aGGAAGTTAAAGTAGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAATACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAATATGGAGGTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 2:204052/141‑1 (MQ=21) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 1:608534/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCtata < 2:388075/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTGTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCacaa < 2:11471/141‑4 (MQ=255) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCGTATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCaa < 2:788060/141‑1 (MQ=255) tcaaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTACGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAt > 2:486636/3‑141 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:417314/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:88411/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 1:203831/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:246128/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGGTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAtt < 2:214075/141‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa > 1:935279/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTa < 1:1028286/141‑1 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:876126/141‑1 (MQ=255) agaagtAAACATAACAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 1:266582/141‑1 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCCATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTGATTCGGCTAAATATCAATTAAc < 2:917896/141‑1 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt > 1:567985/1‑141 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTCGCTATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGTTCCCGAGTTATTCATCTTAATATCAATTAACTaaa > 2:572349/1‑140 (MQ=18) aaaaacataaaaacataAATCGAAAACTTTAAGTTTGCTGTTCAATATAGTAATGTGAAAGAATAAATGAATTTTATAGATGTAGATATATCATATAATCCAGAGCTGCCGTATTATTCAGCTCAATATCAATtaattaat < 2:364507/140‑1 (MQ=19) aaaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat < 1:1020392/140‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 1:703625/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAtt > 1:183343/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGCAATGCAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGTTTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAAGTAACTAATGTTGATtag < 2:298738/141‑2 (MQ=21) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCTATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCATAGGTACCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat > 1:758514/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAAAACAAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:383367/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 1:622077/141‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCCTATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt > 2:761654/1‑141 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTCTGCGTAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGCTTATAAt > 2:440501/1‑141 (MQ=17) aGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGt < 2:515134/141‑1 (MQ=255) aattCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATGCAGAGGTTCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:461559/138‑1 (MQ=17) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 1:461343/141‑1 (MQ=255) aaaGCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCACTATCATTTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:486942/141‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 2:309011/1‑141 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa > 2:142564/1‑141 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACAAATGGTGATTATAATTTAAAAc > 2:23623/1‑141 (MQ=18) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:141911/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGCTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAAtaaatca > 1:85272/1‑135 (MQ=18) ttAAATTTGGTGCGCAAGATAGAAATTTTAAAGATTAAATGAAGTATAAAGATCGACGTAGATCATATAATTCAGATCTGCC‑AGTTATTCGGCTAAATATCAATTGACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGCaa < 2:446842/141‑1 (MQ=9) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCTATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑a < 1:158206/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑aa > 2:342013/1‑141 (MQ=255) ttttttCTCAATACAGCAACTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGat < 2:654391/141‑1 (MQ=14) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAAGAAGCTGGAGATATATCATATAATCCAGAAGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGat < 2:323694/141‑1 (MQ=17) ttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGata < 2:915762/141‑1 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑a < 2:188817/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACa < 2:798314/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACa > 2:332133/1‑141 (MQ=255) gccatatAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTATGTAA‑AAGATATG‑ACAt < 1:526655/138‑1 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACAt < 1:758401/141‑1 (MQ=255) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATa < 2:62395/141‑1 (MQ=255) aaTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑ATATAc < 1:134076/141‑1 (MQ=14) aaTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑ATATAc < 2:605969/141‑1 (MQ=14) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGCGGTGCCATGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACca < 1:1043017/141‑1 (MQ=255) tagaGCAATTGTAAAGACTTAATGAAGTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACca < 2:680394/138‑1 (MQ=255) taaTTTTAAAGATTTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACaaa < 2:80303/140‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACaaa < 1:921397/141‑1 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATaaa > 1:811906/1‑141 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGAGATG‑ACATACCAACAAATaaa > 1:645987/1‑141 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAACTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATaaa < 1:761654/141‑1 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑AAATACCAACAAATAAAgcg > 2:60217/1‑141 (MQ=255) aGATTTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGcc < 2:522904/141‑1 (MQ=255) gagttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCg < 1:159677/138‑1 (MQ=255) aaTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACACATAAAGCGCCGAAGCt < 1:89250/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg > 2:1048196/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt > 2:104189/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt < 2:8740/141‑1 (MQ=255) aaTTAAAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:486636/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACTTAA‑AAGATATG‑AAATACCAACAATTAAAGAGACGAGGAtgatgt > 2:700453/1‑141 (MQ=17) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:664874/1‑141 (MQ=255) aaGATGGAGATATAGCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAAATCAATAACAAGTAACTAATGATGATTATAATGTACAAAAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATAACTACAAAGAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:433744/1‑141 (MQ=17) tGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAc < 2:886209/141‑1 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:214207/1‑141 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAACGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:640134/1‑141 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg > 1:253722/1‑141 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg > 1:658539/1‑141 (MQ=255) aatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAC‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTTAAAGGTACAggg < 2:358382/140‑1 (MQ=255) gataaCATATAAGCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCGCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGaa < 2:434130/140‑1 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGAGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt > 2:743695/1‑141 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 1:433113/141‑1 (MQ=255) aaTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt > 1:602299/1‑141 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt > 1:349579/1‑141 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGCTGATTAAAATGAAAAACAATTACGTAATACTGAATC‑ACGT‑GGGACGAGAAAATCTCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 2:747909/1‑141 (MQ=9) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 1:258155/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGCTATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTATTGAAAGGCACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 2:55609/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGAGATGAACACCCCAA‑GAACAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 1:723230/1‑141 (MQ=17) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcat < 1:86518/141‑1 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAg > 2:848749/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:62889/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGATTCATCAGtg > 1:102532/1‑140 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATAAAAGGTTCATCAGtt > 2:820166/1‑141 (MQ=255) gTGCAGAGTTATTCACGTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt < 2:664541/141‑1 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAACAGGTtcatacgatgcac > 2:201541/1‑132 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGat > 2:122270/1‑141 (MQ=255) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa > 1:636774/1‑141 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGATGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaa > 1:500972/1‑141 (MQ=255) | CTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAA > CP000730/111373‑111650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |