| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,560 | T→C | 10.6% | R210R (CGT→CGC) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,560 | 0 | T | C | 10.6% | 264.7 / 19.5 | 102 | R210R (CGT→CGC) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/30); new base C (2/9); total (63/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTGA > CP000730/111421‑111700 | ttAAATTTGGTGCGCAAGATAGAAATTTTAAAGATTAAATGAAGTATAAAGATCGACGTAGATCATATAATTCAGATCTGCC‑AGTTATTCGGCTAAATATCAATTGACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAATTACGCaa < 2:446842/141‑1 (MQ=9) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCTATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑a < 1:158206/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑aa > 2:342013/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa‑aa > 2:341873/1‑141 (MQ=255) ttttttCTCAATACAGCAACTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGat < 2:654391/141‑1 (MQ=14) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAAGAAGCTGGAGATATATCATATAATCCAGAAGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGat < 2:323694/141‑1 (MQ=17) ttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGata < 2:915762/141‑1 (MQ=255) ttttGCCCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGCTATAGCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTACAACAATTAAGTAA‑AAGata > 2:668287/1‑141 (MQ=21) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑a < 2:188817/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACa < 2:798314/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACa > 2:332133/1‑141 (MQ=255) gccatatAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTATGTAA‑AAGATATG‑ACAt < 1:526655/138‑1 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACAt < 1:758401/141‑1 (MQ=255) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑Atata < 1:25600/141‑1 (MQ=14) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATa < 2:62395/141‑1 (MQ=255) aaTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑ATATAc < 2:605969/141‑1 (MQ=14) aaTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAA‑AAGATATG‑ATATAc < 1:134076/141‑1 (MQ=14) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGCGGTGCCATGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACca < 1:1043017/141‑1 (MQ=255) tagaGCAATTGTAAAGACTTAATGAAGTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACca < 2:680394/138‑1 (MQ=255) taaTTTTAAAGATTTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACaaa < 2:80303/140‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACaaa < 1:921397/141‑1 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATaaa > 1:811906/1‑141 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGAGATG‑ACATACCAACAAATaaa > 1:645987/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑AAATACCAACAAATAAAgcg > 2:60217/1‑141 (MQ=255) aGATTTAAGGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGcc < 2:522904/141‑1 (MQ=255) gagttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCg < 1:159677/138‑1 (MQ=255) gATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATTCCAACAAATAAAGCGCCg > 1:633993/1‑141 (MQ=255) aaTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACACATAAAGCGCCGAAGCt < 1:89250/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg > 2:1048196/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt > 2:104189/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt < 2:8740/141‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGctgctg > 1:169855/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:486636/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACTTAA‑AAGATATG‑AAATACCAACAATTAAAGAGACGAGGAtgatgt > 2:700453/1‑141 (MQ=17) aaaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGaaa > 2:41846/1‑141 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:664874/1‑141 (MQ=255) aaGATGGAGATATAGCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAAATCAATAACAAGTAACTAATGATGATTATAATGTACAAAAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATAACTACAAAGAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:433744/1‑141 (MQ=17) tGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAc < 2:886209/141‑1 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:214207/1‑141 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAACGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg > 1:640134/1‑141 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg > 1:253722/1‑141 (MQ=255) agaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAgg > 1:658539/1‑141 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 2:87650/141‑1 (MQ=255) aatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAC‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTTAAAGGTACAggg < 2:358382/140‑1 (MQ=255) gataaCATATAAGCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCGCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGaa < 2:434130/140‑1 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGAGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt > 2:743695/1‑141 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATTATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 2:366067/141‑1 (MQ=255) atCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 1:433113/141‑1 (MQ=255) cATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTaa > 1:4877/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt > 1:602299/1‑141 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt > 1:349579/1‑141 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt > 1:36867/1‑141 (MQ=255) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGCTGATTAAAATGAAAAACAATTACGTAATACTGAATC‑ACGT‑GGGACGAGAAAATCTCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 2:747909/1‑141 (MQ=9) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc > 1:258155/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGCTATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTATTGAAAGGCACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 2:55609/1‑141 (MQ=255) ccAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGAGATGAACACCCCAA‑GAACAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca > 1:723230/1‑141 (MQ=17) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcat < 1:86518/141‑1 (MQ=255) gagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTAAAAAGGTtcatca > 2:816715/1‑141 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAg > 2:848749/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:62889/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGATTCATCAGtg > 1:102532/1‑140 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATAAAAGGTTCATCAGtt > 2:820166/1‑141 (MQ=255) gTGCAGAGTTATTCACGTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt < 2:664541/141‑1 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAACAGGTtcatacgatgcac > 2:201541/1‑132 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGat > 2:122270/1‑141 (MQ=255) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa > 1:636774/1‑141 (MQ=255) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGATGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaa > 1:500972/1‑141 (MQ=255) tCAATATCAATTAACTAATGGTGATTATGATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATAAG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGa > 1:686950/1‑141 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 2:456855/141‑1 (MQ=255) aaTATCAAATAACTAATGATGATTAAAAAGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATAACAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAATTTTCATAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGAAt < 2:527218/141‑1 (MQ=14) atatCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAttacatt > 2:520956/1‑136 (MQ=255) atatCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAtt > 1:487549/1‑141 (MQ=255) atatCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAtt > 2:666362/1‑141 (MQ=255) tCACTTAACCAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTAc < 1:983471/141‑1 (MQ=255) tCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTAc < 1:890748/141‑1 (MQ=255) aaTTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACtt > 2:633784/1‑141 (MQ=255) tAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGACGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGCGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTAcatcct > 2:723854/1‑136 (MQ=255) aaCTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACtttttt > 1:904320/1‑141 (MQ=255) cTAATGATGATTATAGTGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAGAGGGAATATAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTag > 1:783248/1‑141 (MQ=255) cTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTATag > 2:457213/1‑141 (MQ=255) cTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTAATTTTTTag > 1:302163/1‑141 (MQ=255) atgatgATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAGGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAgaga < 1:757372/141‑1 (MQ=255) gatgatTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAAt > 1:555283/1‑141 (MQ=255) atgatTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGGTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATa < 1:833219/141‑1 (MQ=255) atTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaaaa > 1:861135/1‑141 (MQ=255) ttATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAATCAGTGGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATGGAATTTGCTTTTTTGTAGAATaaaaa > 2:269499/1‑141 (MQ=18) ttATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaaaaa > 1:975905/1‑141 (MQ=255) ttATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaaaaa > 1:452919/1‑141 (MQ=255) ttATAATGTAAAACAATTAAGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGGTATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaaaaa > 1:690137/1‑141 (MQ=255) taATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAAGAAATAAAGCGGCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATAAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTCGAGAATACAAAGGa > 2:404340/1‑141 (MQ=17) taATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAACTTGAATGTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGa > 2:708493/1‑141 (MQ=255) aTGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAACGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaaa < 1:41846/141‑1 (MQ=255) gTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAat > 2:358580/1‑141 (MQ=255) gTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAat > 2:445176/1‑141 (MQ=255) aaaaaaATTACGTAA‑AAGATATG‑AAAAACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAACTGAATTTACTTAATAAAAAAAAAAAAATGAAAatat < 2:253722/141‑1 (MQ=17) aaaCAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtt > 2:131006/1‑141 (MQ=255) aTTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAAGAtttactt > 2:1014146/1‑141 (MQ=255) aTTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTAGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAGTAAAAAGGAAAATAtttactt > 2:851415/1‑141 (MQ=255) ttACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttacttt > 1:959144/1‑141 (MQ=255) tAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTGa > 1:79029/1‑141 (MQ=255) | TTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAA‑AAGATATG‑ACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTGA > CP000730/111421‑111700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |