| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 602,466 | G→T | 9.2% | intergenic (+56/‑101) | USA300HOU_0544 → / → araB | possible hydrolase/ribulokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 602,466 | 0 | G | T | 9.2% | 233.9 / 4.1 | 91 | intergenic (+56/‑101) | USA300HOU_0544/araB | possible hydrolase/ribulokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/49); new base T (7/2); total (39/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTT > CP000730/602330‑602606 | aCAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCaa < 1:960300/141‑1 (MQ=255)aCAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCaa > 2:52966/1‑141 (MQ=255)aCAGGATACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCTGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGTCaa < 2:545035/141‑1 (MQ=255) cAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGTCaaa > 2:434136/1‑141 (MQ=255) cAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑‑TTTTTTTTGGCaaaa > 2:17012/1‑141 (MQ=255) tGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAAttt < 2:627163/141‑1 (MQ=255) aCAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑‑TTTTTTTTGGCAAAATCTAAg < 1:722252/141‑1 (MQ=255) cAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAg > 2:139078/1‑141 (MQ=255) ccTTTAGCTTAAAATGAGTTAGGAAAATTAACAATTAATGAAATGTTAAATGAAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATTTATGAGGTCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGAt < 2:76347/141‑1 (MQ=255) actatAGCTTAAAAAGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGATGACCCGCAAATGTAAACGTATTATGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGGGAt 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2:264744/141‑1 (MQ=255) aTACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACt < 2:499336/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaATTAAA‑AATTAATT‑AAAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGAGCTC‑GTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACta < 2:526625/138‑1 (MQ=255) aaataaatAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTGCAAAATTTAAGTGATACCTGGAAAATAGAACCTATTCTGATTATGATTTAAGAAACCGCTTGccaccctaacac > 2:461145/1‑130 (MQ=255) aataaataATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAAc > 1:849119/1‑141 (MQ=255) taaataaTTAAA‑TATTAATA‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTATTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTACGATTTAAGAAAACGCTTGCATAACTAATAAcac > 2:593747/1‑139 (MQ=255) aaataaatAAA‑AATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACCCTTGCAAAACTAATAACCGc < 1:643457/141‑1 (MQ=255) aaataaTTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTGCAAATTTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAACACGCTTCCAAAACTAATAACCGc > 2:40105/1‑141 (MQ=255) aaataaTTAAA‑TAATAATT‑AGAGGACCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTA‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGc < 2:590986/141‑1 (MQ=255) aaaaa‑aATTAATT‑AGAGGAGACTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAg < 1:1063230/139‑1 (MQ=255) aaaa‑aATAAATA‑AAAGGAGCCTAAAATGTAAAGGTATGAGGGCTT‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGc < 1:1059292/140‑1 (MQ=255) ataatt‑aGAGGGGCGTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATg 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2:75393/1‑141 (MQ=255) tttttttttGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATg < 2:849345/141‑1 (MQ=255) ttttttttGGCAGAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGGGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATCGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATgg > 1:750705/1‑141 (MQ=255) ttttttttGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATgg > 1:312424/1‑141 (MQ=255) tttttatGACAAAAATTAAGTGAAAATTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAAATAATAACCGCAACTAGTGATATGGAGGAAACATGATGTCTTACAGCACTGGAATTGATTATGGa < 1:544683/141‑1 (MQ=255) ggCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCtt > 1:224115/1‑141 (MQ=255) | ACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAA‑TATTAATT‑AGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTT > CP000730/602330‑602606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |