| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,454,626 | A→T | 75.1% | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,454,626 | 0 | A | T | 75.1% | 205.5 / 64.3 | 112 | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/12); new base T (34/48); total (51/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTC > CP000730/2454489‑2454762 | aaCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACACTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTACAGTCTATAATTGGTGCCAAACACTTTATATTTTCAGTTAACGATTTAggc > 2:257875/1‑139 (MQ=255) aCAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAc < 1:893822/141‑1 (MQ=255) cAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAcc < 2:563500/141‑1 (MQ=255) cAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAcc > 1:757699/1‑141 (MQ=255) cAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAcc > 1:942390/1‑141 (MQ=255) aaTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTTCAGATCTTGCACCa > 2:556594/1‑141 (MQ=255) aaTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCa > 2:292025/1‑141 (MQ=255) tAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAtt < 1:482615/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTCTGGTTTCTAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAtt < 1:112389/141‑1 (MQ=255) aaaaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTa > 2:280990/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTa > 2:949202/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGCTTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCCTTCAt > 2:23889/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGCTCTTGCACTATTAAt > 2:331916/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 2:101893/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt < 2:101892/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTact > 2:23820/1‑139 (MQ=255) aaTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTATTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATAAATTCTGCTAAGAGATCTCAAGTTTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTTAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAt > 2:615930/1‑141 (MQ=255) agttCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAtt < 1:237028/139‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAtt > 2:455240/1‑141 (MQ=255) ttCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATtgc < 1:917527/141‑1 (MQ=255) ttgTTTTCAATGGGCAATTACTATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATATTGCACCATTAATtgctgc < 2:514419/139‑1 (MQ=255) cAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCAtt < 1:252581/141‑1 (MQ=255) cAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCAtt < 1:659111/141‑1 (MQ=255) aaTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTCCAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCAttt > 2:834491/1‑141 (MQ=255) aTGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCAGTATGCCCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCCCCATTAATTGCTGCCATCATTTg > 2:510875/1‑141 (MQ=255) aaTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCATACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 1:668604/141‑1 (MQ=255) aTGACCACTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:1056829/141‑1 (MQ=255) tGACGATTATCGTCTTCTTTGTCATTACAATCAAGTTTTCCATTCTCCTCTTTCAGGGGCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCg > 2:748632/1‑141 (MQ=255) aTTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCCTTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGt‑ttta > 1:333905/1‑140 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAata > 2:862982/1‑141 (MQ=255) tcttctTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAAtata < 1:331865/141‑1 (MQ=255) ttGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAgg > 2:124999/1‑141 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTc < 1:69124/141‑1 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCGATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTc > 1:602332/1‑141 (MQ=255) tCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTcc > 2:592432/1‑141 (MQ=255) cATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCa > 1:617423/1‑141 (MQ=255) tACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCCAATATAAAAAGGTCCAACt > 1:189205/1‑141 (MQ=255) aCAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACtt > 1:727328/1‑141 (MQ=255) aCAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACtt > 1:321528/1‑141 (MQ=255) aaTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGc < 1:980928/141‑1 (MQ=255) tGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAg < 1:510459/141‑1 (MQ=255) ggCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAgg < 1:945549/141‑1 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTTCAACTGGCacatc < 2:757699/141‑5 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt < 1:802752/141‑1 (MQ=255) tATCCATTATGCTCAGAGACTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACTATTAATTGTTGCACTCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaa > 2:832856/1‑141 (MQ=255) aTCCAATATGGTCCTAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaaa < 2:454054/141‑1 (MQ=255) cATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAAtt > 2:844750/1‑141 (MQ=255) attatgtctaaagttttCAAGTTTATAATTGGTGTCAAATACTTTATATTTGAAGTTACATATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAACATtc < 2:648667/127‑1 (MQ=255) aTTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATtc < 2:507270/141‑1 (MQ=255) aTTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCTGGTTTAAAATtc < 1:180688/141‑1 (MQ=255) gCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAAt > 1:782294/1‑141 (MQ=255) gCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAAt > 1:898977/1‑141 (MQ=255) cccAGAGAGTTCCAGTCTACAATTGGTGTCAAACACTTTATATGTGACGTTACAGATCTAGCACCATTCCTTTATGCATTTCCTTGGA‑AGCCGTGTTTCAAATATAAAAAGGCCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:508778/139‑1 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:862982/141‑1 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:368378/141‑1 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:978539/141‑1 (MQ=255) tCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCa > 2:234477/1‑141 (MQ=255) tCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCa > 2:798685/1‑141 (MQ=255) tCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCa < 1:455240/141‑1 (MQ=255) cAGAGATTTTCAGCCGATAATTTGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAg < 1:414782/141‑1 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACTGATCTGGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAg < 1:854398/141‑1 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAg > 1:66417/1‑141 (MQ=255) agagATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGc < 1:954390/141‑1 (MQ=255) agagATGTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAATTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTACAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGc < 2:518507/141‑1 (MQ=255) gagaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGcc > 2:969536/1‑141 (MQ=255) ttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaaa > 2:735214/1‑141 (MQ=255) ttCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAATTTGCAGGTTTAAAATTCTCATTCAGCCTGaaa > 2:505553/1‑141 (MQ=255) ttCCAGTCGATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTGGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑GTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaaa > 2:782273/1‑141 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg < 1:711407/141‑1 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATGTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAAGTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg > 2:619314/1‑141 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTTTCAAACCCTTTATATTTTAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa < 2:690624/141‑1 (MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTaa < 1:280990/141‑1 (MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTaa < 2:617423/141‑1 (MQ=255) aGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTaa < 1:802490/141‑1 (MQ=255) tCTATAATTGGTGTCAAACTCTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAAtt < 2:296912/141‑1 (MQ=255) tCTATAATTGGTGTAAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAAtt < 1:397626/141‑1 (MQ=255) ttataATTTGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTg < 1:18412/140‑1 (MQ=255) cTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTg < 1:342687/141‑1 (MQ=255) tataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGa < 2:57825/141‑1 (MQ=255) aaTTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCACTCAGCCTGAAAGTAATTGAACg > 1:738705/1‑141 (MQ=255) gtgtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTAt < 1:325312/141‑1 (MQ=255) gagtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCTAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGATTAAAATTTTCAATCAGCCTGAAAGTAATTTAAGCTCTAt < 1:779439/139‑1 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCCAGGACGATGAATTGCTGCAATTAGTTGTTTACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGc > 2:748666/1‑141 (MQ=255) cAAACTCTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCt < 2:388915/141‑1 (MQ=255) cAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCt < 1:592432/141‑1 (MQ=255) ttATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTATaa > 2:52221/1‑141 (MQ=255) ttATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATAAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTaa < 1:628837/141‑1 (MQ=255) tttGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTa < 2:602332/141‑1 (MQ=255) gAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAGATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGTTCGGTTGAATTTTACCt > 1:144479/1‑141 (MQ=255) aaGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCtt < 2:262571/141‑1 (MQ=255) ggtACCGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTa < 2:841785/139‑1 (MQ=255) gTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTa < 2:545045/141‑1 (MQ=255) gTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTa > 2:327733/1‑141 (MQ=255) ttACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTaa < 1:136187/141‑1 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt > 1:841631/1‑141 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATAATCGT‑TGTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatt > 1:466454/1‑141 (MQ=255) cAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATAT‑AAAAGGGCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTCATTTTACCTTTAaatat > 2:710926/1‑141 (MQ=255) gATCTAGCAGCATTAATTGCTACAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattatt > 1:779236/1‑141 (MQ=255) gATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGGAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattatt > 1:279630/1‑141 (MQ=255) aTCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGATATTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTc < 1:411437/141‑1 (MQ=255) | AACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGT‑TTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTC > CP000730/2454489‑2454762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |