| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,650,833 | A→C | 11.6% | S5A (TCA→GCA) | gcvPB ← | glycine dehydrogenase (decarboxylating) subunit 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,650,833 | 0 | A | C | 11.6% | 84.0 / 5.2 | 42 | S5A (TCA→GCA) | gcvPB | glycine dehydrogenase (decarboxylating) subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/23); new base C (2/3); total (16/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
AACTTCAGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACCTAAATCAAAACCACCGATAATAT > CP000730/1650693‑1650971 | aaCTTCAGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAAACATGACTTATCAGAATTTGTGAGAATCTCACTTTTTGGTAATGAGTATTCATATCTGCCTTCACTAGATCTTTCTAAAATTAATGGACTTGa > 1:80621/1‑141 (MQ=255) ctgcAGGAAACTCCGATTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTTATGGACTTGAtt < 1:243386/138‑1 (MQ=255) cTTCAGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGAtt < 1:34527/141‑1 (MQ=255) cTTCAGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATAATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGAtt > 1:66874/1‑141 (MQ=255) taaGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTa < 2:183912/139‑1 (MQ=255) aGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACt > 1:101458/1‑141 (MQ=255) gCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTAATTTCCTAGTCATTTaa > 2:97081/1‑141 (MQ=255) gAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCttt < 2:24179/141‑1 (MQ=255) tATCCTCTAACTATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTAGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATGTAACTCACCGGCCTTTTCTACAAAt < 1:172050/141‑1 (MQ=255) atcatcTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTaataatt > 2:267950/1‑135 (MQ=255) atcatcTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATg < 1:272566/141‑1 (MQ=255) cTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTGTCTACTAATGTATCg > 1:109626/1‑141 (MQ=255) aaTTACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTc < 2:135724/141‑1 (MQ=255) taCTCAATAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTTGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATc < 2:169102/140‑1 (MQ=255) aCTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTCCCAATGTCTCTATTTCATCt > 1:17811/1‑141 (MQ=255) tCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGCTTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCttt > 1:201806/1‑141 (MQ=255) tCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGCTTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCttt > 1:201673/1‑141 (MQ=255) aaTTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCtt < 2:80621/141‑1 (MQ=255) ttAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGt < 1:35232/141‑1 (MQ=255) tCACTTTTTTGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGc < 2:101458/141‑1 (MQ=255) gcTTGTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTa < 1:160378/140‑1 (MQ=255) aCTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTa > 2:17746/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTa > 2:153311/1‑141 (MQ=255) tttttttttttttatGCATATCTACCTTCACAAGATCTTTCAAAAATTAATGGAGTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAACCTTTTCTTTTTTTTTTTTGTTTTCTTCTTTTGTTCTTATTTCATTTACAGCTATTaa > 2:229033/13‑141 (MQ=255) ggTAATGAATATGCATATCTTCCTTCACGAAATCTTTCAAAAATTAATTTACTATATTTACTAATCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATTTATCTATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAt > 2:86497/1‑141 (MQ=255) ggTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAt < 2:59118/141‑1 (MQ=255) ggTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAt < 1:327492/141‑1 (MQ=255) tAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAtgt < 2:170519/141‑1 (MQ=255) aaTGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAtgtg < 1:276749/141‑1 (MQ=255) aaTGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAtgtg < 1:142198/141‑1 (MQ=255) aaTGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACAtgtg < 2:163252/141‑1 (MQ=255) aTGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGa > 1:333585/1‑141 (MQ=255) tGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTaa < 1:196367/141‑1 (MQ=255) atCTTCCTGCACGAGAGCTCTAAAAAACTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAgtcg < 1:57192/141‑1 (MQ=255) tCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGCTTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAgtcgt < 2:201806/141‑1 (MQ=255) tCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGCTTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATCCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAgtcgt < 2:201673/141‑1 (MQ=255) gaTCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATTGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAATTCGTCTGAAACTAGAcc > 2:278326/1‑141 (MQ=255) aaaaaTTAATGGACTTGCTTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTACTTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACCTAAATCaa < 2:86975/141‑1 (MQ=255) aTGGACGTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACCTAAATCAAAACCACCg < 2:74921/141‑1 (MQ=255) tgcaCTTGATTTACTAGTCATTTAACCCACCAGCCTTCTCTACAAATGTATCGATCTCATCCATTGTTATCAATTCAGTTACACCTATCAACATGCGCTTTTACAAGTCGCCTCACACACCACCTAACTCAAAacaccaga > 2:34303/4‑135 (MQ=255) ggACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACATAAATCAAAACCACCGaa > 2:150180/1‑140 (MQ=255) tGATTTCCTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACCTAAATCAAAACCACCGATAatat < 1:278698/141‑1 (MQ=255) tGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACCTAAATCAAAACCACCGATAatat < 1:97081/141‑1 (MQ=255) | AACTTCAGGAAACTCCGCTTTGTTTTTACGAATAAATTTATCATCTAACAATGACTCAACAGAATTTGTTTTAATATCACTTTTTGGTAATGAATATGCATATCTGCCTTCACGAGATCTTTCAAAAATTAATGGACTTGATTTACTAGTCATTTAACTCACCAGCCTTTTCTACAAATGTATCGATTTCATCTTTTGTTCTTAATTCAGTTACAGCTATTAACATGTGATTTTTAAAGTCGTCTGAAACAACACCTAAATCAAAACCACCGATAATAT > CP000730/1650693‑1650971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |