| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,367,543 | T→C | 10.5% | intergenic (‑660/+4898) | rpmC ← / ← USA300HOU_2234 | ribosomal protein L29/NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,367,543 | 0 | T | C | 10.5% | 90.2 / 2.4 | 36 | intergenic (‑660/+4898) | rpmC/USA300HOU_2234 | ribosomal protein L29/NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base C (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
TCAGCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTGATGTG > CP000730/2367404‑2367669 | tCAGCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATa > 1:26699/1‑141 (MQ=255) gCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGct < 2:197254/141‑1 (MQ=255) gCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGct > 2:260563/1‑141 (MQ=255) gtgtGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGctct < 1:73950/141‑1 (MQ=255) cATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCGGATACTTGAGTTTTGCTACCTTTAGCACAAAGTTTCATAGCTCTAGTgt > 2:146615/1‑140 (MQ=255) cATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGa > 2:252923/1‑141 (MQ=255) aatcgcgatCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTg < 2:120595/133‑1 (MQ=255) aaTCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTTGAACATGTCCTTCTAAATGCTCATCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTg < 1:338769/141‑1 (MQ=255) gATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATTTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATCCTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCCTCGCCCTCGCGATTGCTTg > 2:263741/1‑141 (MQ=255) cAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTTGCACCAAGTTTCATAGCCCTAGGGATTGATGCttttt > 2:124875/1‑141 (MQ=255) cAGCACGTAACGTATGAACTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTTAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACATGAGATTTGATACCCTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTGGTgctggccgtttgtt > 2:35655/1‑128 (MQ=255) taacgtaTGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTAAacg > 2:152858/1‑141 (MQ=255) aTGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGaa > 1:176975/1‑141 (MQ=255) aaGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGa < 2:219126/141‑1 (MQ=255) gTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAg < 2:204081/141‑1 (MQ=255) ggAACCGTTCCTGCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTGTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCa < 2:233251/141‑1 (MQ=255) cAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGt < 2:133125/141‑1 (MQ=255) tCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAGGCACGGTTTTc > 1:313015/1‑141 (MQ=255) gAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGa < 2:266498/141‑1 (MQ=255) tgtttcgCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCg < 1:11720/135‑1 (MQ=255) tGTTCAGCACGAGCGACGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCg < 1:12384/141‑1 (MQ=255) gTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCACAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGa > 2:210007/1‑141 (MQ=255) gTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCACAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGAGCGa > 2:210098/1‑141 (MQ=255) ttCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGAt > 1:315064/1‑141 (MQ=255) cAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGt > 1:311162/1‑141 (MQ=255) agaCGAGCGATTTCAGCTCCGCCTAAACGACCACATACTCTAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTCTTTGCACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGttt < 2:114152/139‑1 (MQ=255) cACGAGCGATGTCAGTTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGtttt > 1:256318/1‑141 (MQ=255) cAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGGGCGATGTTTTCAGCTACTAAAc > 1:19352/1‑141 (MQ=255) gCTCCGCCTAACCGACCAGATACTTGAGTCTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGa < 2:193801/141‑1 (MQ=255) aCCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTGTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAAc < 1:258108/141‑1 (MQ=255) tACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACtttttt < 1:273439/141‑1 (MQ=255) tGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTa > 2:70858/1‑141 (MQ=255) ccTTTGGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTg < 2:229390/141‑1 (MQ=255) ttAGCACCAAGTTTCACAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTGAtg < 1:210007/141‑1 (MQ=255) ttAGCACCAAGTTTCACAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTCTGATTTCAATTACGTTGAtg < 1:210098/141‑1 (MQ=255) aGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATAAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGGTCAACTTTTTGGATTTCAATTCCGTTGagtgg > 1:39534/1‑137 (MQ=255) | TCAGCGTGTGCATAATCGATGTCAGCACGTAACGTATGAAGTGGAACAGTTCCTTCTGAATATTGTTCAGCACGAGCGATGTCAGCTCCGCCTAAACGACCAGATACTTGAGTTTTGATACCTTTAGCACCAAGTTTCATAGCTCTAGTGATTGCTTGTTTTTGTACACGACGGAATGAAGCACGGTTTTCTAATTGACGTGCGATGTTTTCAGCTACTAAACGAGCGTCAAGATCAACTTTTTTGATTTCAATTACGTTGATGTG > CP000730/2367404‑2367669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |