| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,679,462 | (A)8→7 | 100% | intergenic (+334/‑55) | USA300HOU_2535 → / → USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,679,455 | 0 | A | . | 92.4% | 310.3 / 14.8 | 78 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_2535/USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/5); new base . (47/25); total (47/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
TTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCA > CP000730/2679316‑2679590 | ttGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTa > 1:699755/1‑140 (MQ=255) cTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTCTTGTTGATTGCTTCCATTGTTTTCTaacaaaatt > 2:35542/1‑138 (MQ=255) attaCATTTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGAGTGCTTAACTTGTTTTCTAAAAAAAtttg < 2:442865/137‑2 (MQ=255) aTGACAATTAAGTGGTAAATACCTGAATTTCTACATTCTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAtttg < 2:176337/140‑2 (MQ=255) tGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGt > 1:656712/1‑140 (MQ=255) gACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGtt > 1:34125/1‑140 (MQ=255) cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACTATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTAt > 1:438544/1‑140 (MQ=255) cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTAt > 1:305905/1‑140 (MQ=255) ttaattGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCAt < 2:517560/140‑1 (MQ=255) taattGTTAAATACATCAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAAGTCAACACTGTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATa < 2:173691/140‑1 (MQ=255) attGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAAt > 2:307982/1‑140 (MQ=255) ttGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAAtt > 1:565655/1‑140 (MQ=255) tGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTa > 2:409386/1‑140 (MQ=255) ttAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTATTATTTCATCAAAGTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATAATAATTaaa > 1:312792/1‑139 (MQ=255) aaTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACGGTTTCTAATATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATGATTAACGtt > 1:167568/1‑140 (MQ=255) aTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGCTTGGTTACAATGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTg > 1:198637/1‑140 (MQ=255) aTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTg > 1:308430/1‑140 (MQ=255) aTGAATTTTTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATa < 1:29322/140‑1 (MQ=255) aTGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGaaaa > 1:152459/1‑138 (MQ=255) gAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaaa < 1:7185/140‑1 (MQ=255) gAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATaaa < 1:354945/140‑1 (MQ=255) tttCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaa < 1:575371/140‑1 (MQ=255) cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt > 1:434625/1‑140 (MQ=255) cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt > 1:653268/1‑140 (MQ=255) cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAt > 1:540422/1‑140 (MQ=255) aTTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt < 2:5962/140‑1 (MQ=255) ttATGAAAAAATACAGTTTTAATACAATTCAACACTTTATATGAGAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAAc < 1:479261/140‑1 (MQ=255) tGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTg < 2:577143/140‑1 (MQ=255) cATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATaaaa < 2:656149/140‑1 (MQ=255) tttttATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAAt > 2:588193/1‑140 (MQ=255) ttttATTACAATTCAACACTTTCTCTGGGAACATCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCTTATTTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATg > 1:352560/1‑140 (MQ=255) attaCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAat < 2:305905/140‑1 (MQ=255) ttaCAATTCAACACTTTATATGACAAATTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAata > 2:699263/1‑140 (MQ=255) taCAATTCAACACCTTATATGACAACCTCAATGAAGTTAGTTTTAATCCTTATTTCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGTAGATAAAAATGGAatat < 2:150229/140‑1 (MQ=255) aCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAAtata > 1:584697/1‑140 (MQ=255) aCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAAtata < 1:330918/140‑1 (MQ=255) aaCACTTTATATGACTACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGAt > 1:539512/1‑140 (MQ=255) aaCACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGAt > 1:468050/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) acTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTACTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAACAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt > 2:224595/1‑140 (MQ=255) cTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTa > 2:115364/1‑140 (MQ=255) ttATATGACAACTTCATTACAGTTATTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTT‑TTAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACTTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAAt < 1:444342/140‑1 (MQ=255) ttATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTCGGACAGCAAAATGGAATATAAAAAGATACTAAt < 2:699755/140‑1 (MQ=255) ttATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATCTTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATATTAAt < 1:494431/140‑1 (MQ=255) tatGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCg > 2:437870/1‑140 (MQ=255) atGACTACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGt < 2:421552/140‑1 (MQ=255) atGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGt > 1:427166/1‑140 (MQ=255) cTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGACAAAAATGGGATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTaa < 1:661894/140‑1 (MQ=255) aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAACATTTCTTATCCTAACTAACGTTGAATAAAGACCCAAATGAAATTGGGAGAAGAAAAGGGAAGACAAAAGAATACTAAGTCGATTATTAATTGc > 2:422155/1‑140 (MQ=255) aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTATTTCGTTTATTAATTGc > 2:222329/1‑140 (MQ=255) aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGAAATATAAAAAGAAACTAATTCGTTTATTAATTga > 1:82062/1‑139 (MQ=255) aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGATGAATAAAGAAAAAAATTAAATTGGGAGATAAAAAGGAGATATGAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGc > 2:685254/1‑140 (MQ=255) ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt > 2:332895/1‑140 (MQ=255) ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt > 1:383156/1‑140 (MQ=255) ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATGAATTGCt > 1:384817/1‑140 (MQ=255) ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAAATACTAATTCGTTTCTTAATTGCt > 2:332896/1‑140 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tcTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAt < 2:540422/139‑1 (MQ=255) cTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAtt < 1:337469/140‑1 (MQ=255) tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:716030/1‑140 (MQ=255) tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:104567/1‑140 (MQ=255) tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAAGAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTc > 2:387767/1‑140 (MQ=255) gTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAAAGGAATATAAAAAAATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTAt > 1:51477/1‑140 (MQ=255) ttttCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATc < 2:346993/140‑1 (MQ=255) tttCT‑AAAAAAATTTTTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCa > 1:538391/1‑140 (MQ=255) | TTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCA > CP000730/2679316‑2679590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |