| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,710,898 | (T)6→5 | 100% | coding (29/1812 nt) | USA300HOU_2562 ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,710,893 | 0 | T | . | 94.0% | 207.3 / 1.1 | 49 | coding (34/1812 nt) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base . (21/25); minor base A (1/0); total (23/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAA > CP000730/2710755‑2711028 | aaCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtg > 2:178814/1‑139 (MQ=255) tGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATGGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtttttc < 2:475572/140‑2 (MQ=255) aaaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTTTCGCGGGGTATACAtttttatc > 2:357485/1‑137 (MQ=255) aaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACAtttttctaa < 2:58779/140‑5 (MQ=255) cGAAGAATGCATCAACCCCTAAAAAACCCCCACTTAACCATGTTGCATTCAAGTGATAAATAATAATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCTTCTAAACCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGtt < 2:468833/140‑1 (MQ=255) aagaaTGTATCTACTCCTAAAACGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTa < 1:305971/140‑1 (MQ=255) gaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTaaa < 1:189369/140‑1 (MQ=255) aTGTATTCAGTCCGAAAAAGCCGCCGCGTAAGCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGGTCTCAATCTATCTAATCCAGCTAACTATCGGGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGt < 2:198824/140‑1 (MQ=255) gTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCt > 1:68438/1‑140 (MQ=255) aTCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCttt > 1:518186/1‑140 (MQ=255) cTACTCCTAAAAAGCTCCCACGTAACCAGTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTg < 2:88201/140‑1 (MQ=255) aCTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGATTAC‑GTTGTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTa < 2:480858/140‑1 (MQ=255) aGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa < 2:68438/140‑1 (MQ=255) gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTATTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAGTACA‑TTTTTCTAAACGTTTTAAGTCTTTTGTATCCATGTtatt > 1:325519/1‑138 (MQ=255) aCTTAACCATTGTGCATTCAGGTGATAAATCATGTTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCAATCTAATCAAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTATAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATACACGc > 1:236494/1‑140 (MQ=255) cTTAACCATTGGGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGcc < 2:69711/140‑1 (MQ=255) aaCCATTGGGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCa < 1:553207/140‑1 (MQ=255) aCCACTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATGCCTATAACTGCGAATGCTCTCAATCCATCTATTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCat < 1:26561/140‑1 (MQ=255) ccATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCatt < 1:568491/140‑1 (MQ=255) aTTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCattta < 1:212991/140‑1 (MQ=255) ttGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGGAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCatttat < 1:102431/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTTTCTATTTTGTAGCATATCACAATAtt > 2:623668/1‑140 (MQ=255) aaCTGCGAATGCCCTCAATCCATCAAATGCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑AATTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCGATTTTGAAGCATATCACAATAattt > 1:461118/1‑140 (MQ=255) gCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATCTATCCACACCATTTTTA‑TTTGTTGTATCCATGTTAATAAACGACCCAATAATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaa > 2:295267/1‑140 (MQ=255) cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaa > 1:16509/1‑140 (MQ=255) gaTGCCTTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGTTACATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 1:682972/139‑1 (MQ=255) aaTGCCCTCAATCCATCTAGTCCAGTTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 2:250117/140‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGTGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 2:718548/140‑1 (MQ=255) gCCTTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGtaaataaa < 1:458925/140‑1 (MQ=255) gCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaa < 1:131039/140‑1 (MQ=255) gCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaataaa > 1:110723/1‑140 (MQ=255) cccTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTACCATATCACAATATTTTTtaaaataaaa > 1:282178/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCAAAAAATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtttt > 1:544389/1‑140 (MQ=255) tccacatAAGTATCTCTGGAAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTc < 1:357485/134‑1 (MQ=255) ccAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCa > 1:283954/1‑140 (MQ=255) tAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGGTTATGAAATATTGCACTGATTTTCATTAAt < 2:666341/140‑1 (MQ=255) gTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATCTCCCAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGa < 1:567046/140‑1 (MQ=255) tATCGCGGGGAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAt < 2:118434/140‑1 (MQ=255) ggggAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAcc < 1:469042/140‑1 (MQ=255) ggAATACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCt > 2:238223/1‑140 (MQ=255) aTACA‑TTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCttaa > 1:361487/1‑140 (MQ=255) | AACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAA > CP000730/2710755‑2711028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |