| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 84 (1.330) | 47 (1.090) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
34/178 | NT | 44.9% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > CP000730/1998142‑1998417 | aTTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa < 1:704734/140‑1 (MQ=38) agacAGTTGCCCTACGCATGGGGCCAGGCCGGCCATATGTTACAACAAATTGTGTCGAAGGACGGGTTCGAACCGCGGACCCTCTGCGTGTAAGGCAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAACACGGccg < 2:39320/137‑2 (MQ=2) aGTCAGTTGCTCTTCCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 2:39321/140‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 2:39324/140‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg < 1:23225/140‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:530724/1‑140 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAAGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATTACTGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 1:530986/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATGCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 2:544038/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa > 1:338119/1‑140 (MQ=255) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCGGGCa > 1:437894/1‑140 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 2:47699/140‑1 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:88046/140‑1 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCGATATGTAAGAATAAATGGTGTAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAAATGCCTGGCAACGt > 1:319511/1‑140 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGCATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTTAGGGATAAACTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 1:563787/1‑140 (MQ=17) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTc < 1:13687/140‑1 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:711524/1‑140 (MQ=255) tACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCTAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAGTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTa < 2:480066/140‑1 (MQ=255) aCCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTGAGGCTGCCTGGCAACGTTCTAc > 2:727634/1‑140 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTTAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGTCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:463156/140‑1 (MQ=255) gggctagcggtttGTAAGAAAAAGTGGTGGAGAGTGACGGGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 2:47255/128‑1 (MQ=17) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGAACg > 2:354002/1‑140 (MQ=255) ggCAATATGTAAGAATAAATGGTGGCGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGt < 1:391809/140‑1 (MQ=255) 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gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCCGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:19796/140‑1 (MQ=255) tAAGAATAAATGGCGGAGAATGACCGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCCGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:330014/140‑1 (MQ=255) aaTACAGGGTGGACAATGACGGGTTGGACCCGCCGACCCGTTGCTTGTAGGGCAGCTGCTCTCCCAGCTGAGCGTATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCTGAACGTAAGTTCGACTACCATCg < 2:3833/140‑1 (MQ=14) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCTAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 2:394708/140‑1 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCTCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCCACg > 2:425573/1‑140 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg > 2:674638/1‑140 (MQ=255) ggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTaa > 2:550576/1‑140 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgg > 1:294465/1‑140 (MQ=255) tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAgg > 1:4764/1‑140 (MQ=255) gaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt < 1:33481/140‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGAACCGCCGGCCCTCTGCTTGTAAGCCGGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTa < 2:13198/140‑1 (MQ=255) ccGGGTCCGAGCCGCCCGCCCTCTGCTTGTAAGGCAGACGCTCTCCCAGCTCTGCTAATTCGCCGATTTAAAACTTCGTGGCAACGTTCTCCTCTGTCGGAACGTAAGGTCGACTACCTTCGTCGCTGAGGGGCTTAACt < 2:4820/139‑1 (MQ=9) 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tGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGACTGGTACCTTTTTACTTTGGTGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:17158/140‑1 (MQ=14) gAGCTGATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCTCGGATCTTAAGGTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GGATGGGAACAGGTGTGACTTCCTTGCTATAGTCACCAGAc < 2:24546/140‑1 (MQ=14) tgCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:142526/139‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑TCATGGGAACAGGAGTGACCTCCTTGCAATAGTCACCAGACa > 1:266756/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGCCa > 1:678310/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 1:197082/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 2:482765/140‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 2:35789/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGACTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 1:397526/1‑140 (MQ=255) gCTAAGTGTCCGAGTTAAAACGGCCTCGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGCAAGTTCGACTACCCTCGACGCTAAGGGTCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 2:242144/140‑1 (MQ=11) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 2:687630/1‑140 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:530986/140‑1 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:530724/140‑1 (MQ=255) ttCTCCGATTTAAAACCGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa < 1:727634/140‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt > 2:565075/1‑140 (MQ=255) tAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTATGGGGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTACTTGCTATAGTCACCAGACATATTAATGAAAATtat > 1:284451/1‑140 (MQ=11) aaaaCTGCCTGGTAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATCGACGCTAAGGATCTTAACTTCTTTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:71969/140‑1 (MQ=255) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:354002/140‑1 (MQ=33) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata < 1:425427/140‑1 (MQ=33) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTAAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTAGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtata > 1:288386/1‑140 (MQ=18) | ATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCG‑GCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATA > CP000730/1998142‑1998417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |