| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 638,614 | G→T | 100% | T14K (ACA→AAA) | thiD ← | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 100.0% | 189.6 / ‑6.5 | 68 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base T (31/34); total (31/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGT > CP000730/638477‑638744 | cATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTtttg > 2:131423/1‑140 (MQ=255) aTCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTttgt < 1:607479/140‑1 (MQ=255) ccATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGAGGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGAACTTTTATCa > 2:624430/1‑140 (MQ=255) aTTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGa > 1:430942/1‑140 (MQ=255) aaTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc > 1:241448/1‑140 (MQ=255) tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAATGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCaa < 1:39099/140‑1 (MQ=255) tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCTTGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCaa < 2:60789/140‑1 (MQ=255) tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCAGGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCACCACTTTGGTCAGAACCGGCaa < 2:498152/140‑1 (MQ=255) tGGTGTAACATCATGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCaa < 2:523106/140‑1 (MQ=255) gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATTTGATTGCATACCTGCGCCACAACTTTTTTCAGAAACGGCAATTGt > 2:117641/1‑140 (MQ=255) gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCCGCGCGCGTGTCAGAACCGGCAATTGt < 2:701168/140‑1 (MQ=255) aaCATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTa > 1:692632/1‑140 (MQ=255) aCATCGTTTCACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaa < 2:186505/140‑1 (MQ=255) aCATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaa < 1:436845/140‑1 (MQ=255) aTCGTGTGACCATTTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaaa < 1:22794/140‑1 (MQ=255) cGTGTGATCATGTATCTTTATCCATAGTACCGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAAct < 1:16863/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttcttt < 1:455727/140‑1 (MQ=255) tATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGcc < 2:416639/140‑1 (MQ=255) tttATCTATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTGATTCTTTGACCGGTTTCAAATCGGCTTGCGTACCTGCGCCATCACTTGTGTCAGATCCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTg < 2:185272/140‑1 (MQ=255) ttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGa < 1:537122/140‑1 (MQ=255) tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTACTTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCCGCCCTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATCGAg > 2:667633/1‑140 (MQ=255) tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCCTACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAg > 2:609842/1‑140 (MQ=255) ccATATTAACTATTGCATTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt < 1:664937/140‑1 (MQ=255) ccATAGTTTCGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCTTACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt < 1:661883/140‑1 (MQ=255) ccATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCCTTGAGCtt > 2:250247/1‑140 (MQ=255) ccATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCtt < 1:664953/140‑1 (MQ=255) cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTc < 1:529393/140‑1 (MQ=255) cATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTc < 2:558522/140‑1 (MQ=255) aTAGTAGTGATTGTATTTAAAGCGGTCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTTTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCa < 2:62192/140‑1 (MQ=255) aTAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCa < 1:236988/140‑1 (MQ=255) aGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGACATTGAGCTTAACt > 1:430929/1‑140 (MQ=255) cGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTAc > 2:191026/1‑140 (MQ=255) ggCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTTTTAGAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTAACTCCTACatat > 1:133964/1‑139 (MQ=255) gCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGTACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAAAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataat > 1:108502/1‑140 (MQ=255) gCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCAATTGAGCTTCACTCCTACataat > 1:160676/1‑140 (MQ=255) gCAGTTAAAGCGACAATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataat > 1:474076/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataataat < 1:110562/140‑1 (MQ=255) ttAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACatagtaata > 1:544556/1‑140 (MQ=255) tAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGCGCTTCATTTCTACATAATAatat < 2:186857/140‑1 (MQ=255) tAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataataatgt > 2:394880/1‑138 (MQ=255) tAAAGCGACCATGCCATAAGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCATTCCTACATAAAAatat > 2:29343/1‑140 (MQ=255) aaaGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATAtt > 1:22981/1‑140 (MQ=255) gCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCGTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAGTAATATTCTa > 2:539702/1‑140 (MQ=255) cATACGTATCTGATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATCATAATATTGTATTCatcttat > 2:9950/1‑140 (MQ=255) cATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatat < 2:692632/140‑1 (MQ=255) aTACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatc < 2:454572/140‑1 (MQ=255) tACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatca < 1:230634/140‑1 (MQ=255) cGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGCACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtt > 1:457311/1‑140 (MQ=255) cGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAtt > 1:296474/1‑140 (MQ=255) aTTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCt > 2:103680/1‑140 (MQ=255) cTTGGAATGTTTTCATATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGATCCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATGGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAAt < 1:128841/140‑1 (MQ=255) cTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCATCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAAt < 2:273755/140‑1 (MQ=255) aCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGaaaa > 1:73910/1‑140 (MQ=255) ttttCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTATCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTAAAAActa > 1:260619/1‑140 (MQ=255) tgtgcAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAata < 2:371174/136‑1 (MQ=255) tttCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCTAGCACTTTTATCAGAACCGGCAGTTGTTAAAACTTTCTTTGAAGCCATTGAGCTTCACCCCTACATAATAATCTTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGagaacttt > 2:200777/1‑136 (MQ=255) atgcgattCTGCCTGCATACCTGCGCCATCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAACCTTTCTTTAAAGCCATCGTGCTTCCCTCTTACACAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAGCATAAGTGAAAAatag < 2:539765/133‑2 (MQ=255) cAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa < 2:276001/140‑1 (MQ=255) cAAATCTGCTTCCATACCGTCGCCAACACATTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTATTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa < 2:656451/140‑1 (MQ=255) cATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATAtt > 1:12479/1‑140 (MQ=255) cATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATAATTATTAAACAAATTAAAAAATATTAAGCATTCAATAtt > 1:101509/1‑140 (MQ=255) cTGCTCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTtgatg < 1:81096/140‑1 (MQ=255) ccAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATGGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTTATGAttgt > 2:452486/1‑140 (MQ=255) caaGCATTTTTGTCATAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCAGCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttgt < 1:667633/138‑1 (MQ=255) | CATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGT > CP000730/638477‑638744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |