| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,651 | C→T | 18.3% | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,651 | 0 | C | T | 18.3% | 139.4 / 26.0 | 71 | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/32); new base T (8/5); total (34/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-02 | |||||||||||
AAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAA > CP000730/110513‑110785 | aaGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACg < 1:370257/140‑1 (MQ=255) gATATCCGGTTAAAATGGTCTATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGga < 1:101542/140‑1 (MQ=255) tatCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTAGAAAAATTATAAAAACGgaga > 1:11713/1‑140 (MQ=255) gTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAAAATAGCGACTTTAAAAATTTGACAAAATATAAAGACGGAGATATTTc > 2:131413/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAATATGGAGATTTCAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGAAGAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatgata < 1:20988/140‑1 (MQ=17) aCTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATAAACCGACGAGt > 2:575040/1‑140 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 2:595658/140‑1 (MQ=11) tttAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGATATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 1:95532/140‑1 (MQ=255) tAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATAGTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAGTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAg < 2:405838/140‑1 (MQ=255) aaagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGGGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTAAAATGAAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGAAAAGc > 1:256829/13‑140 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(MQ=17) aaaGATGGAGCTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaa > 2:492527/1‑140 (MQ=255) | AAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAA > CP000730/110513‑110785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |