| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,660 | T→A | 16.5% | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,660 | 0 | T | A | 16.5% | 165.6 / 23.9 | 72 | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/33); new base A (8/4); total (35/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
GTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGA > CP000730/110523‑110796 | gTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAAAATAGCGACTTTAAAAATTTGACAAAATATAAAGACGGAGATATTTc > 2:131413/1‑140 (MQ=255) tAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCat > 1:28343/1‑140 (MQ=255) aaaaTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAATAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCata < 1:598781/140‑1 (MQ=255) aactGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATCAAAAAAGAAATCGAAAACTCTAAGTTCTTCGTTCAATATCGCGACTTTAACAATTTGAAAACTTATAAAACCGGAGATATTTCctat > 2:141774/4‑140 (MQ=17) 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(MQ=255) aaaGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt > 1:552465/1‑140 (MQ=255) aTGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:703166/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAAATTCAAGTTCTTCATTCAATAGTGAGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat < 1:561128/140‑1 (MQ=14) aaaaaaaaaaATNAAAAGAAAAACTTTAANTAATTTGTTCAATATTGCNACATTAAAAATTTAAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCGGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatga < 1:17522/140‑1 (MQ=14) aTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 2:631985/140‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAATTTTTAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtata < 1:258139/140‑1 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(MQ=11) gatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 1:434495/131‑1 (MQ=14) aaTTTTAAAAAGTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 2:389372/140‑1 (MQ=255) aaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGGGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATACCAAGTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAACAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 2:269228/140‑1 (MQ=255) aaTTTAAAAAATTAAAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTACTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTcc < 1:131225/140‑1 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCaaa > 1:10908/1‑140 (MQ=255) aatgaaTTATAAAGATGGAGACATATCATAAAATCCAGAGGGGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGt < 2:243777/136‑1 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(MQ=255) ggAGATATTTAATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTATAAGGTTc > 2:703309/1‑140 (MQ=255) gaaatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGATATACCGACGAGTCAATCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCa < 2:424402/137‑1 (MQ=17) tatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAgggc > 2:429218/1‑139 (MQ=255) tatTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAgagg > 2:706894/1‑137 (MQ=255) | GTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGA > CP000730/110523‑110796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |