| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,672,434 | C→T | 72.4% | A187T (GCA→ACA) | rpoD ← | DNA‑directed RNA polymerase sigma subunit RpoD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,672,434 | 0 | C | T | 72.4% | 85.6 / 37.1 | 61 | A187T (GCA→ACA) | rpoD | DNA‑directed RNA polymerase sigma subunit RpoD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/12); new base T (21/23); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
TCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAA > CP000730/1672297‑1672569 | tcGAGCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGGGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTCATTCCTTTCCTAATCCACCGGGTTGTat > 2:136895/1‑140 (MQ=255) gACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCatat < 2:652954/140‑1 (MQ=255) aaGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGa < 2:94965/140‑1 (MQ=255) gTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGaaa < 2:561614/140‑1 (MQ=255) gTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCAAGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGcaa > 1:185703/1‑140 (MQ=255) gTCCTGTAATAATTGACCTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGaaa < 2:338225/140‑1 (MQ=255) tCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGaaaa > 1:571455/1‑140 (MQ=255) ccTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAAc < 1:624723/140‑1 (MQ=255) cTGTAGTTATTGTTGTTGAACAGGAATTAATTTATTAATTGTTTCTAACATATGCAAAGGGATACGAAGCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACt < 1:150407/140‑1 (MQ=255) tatgtGACGTTGATCATGTATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATc < 2:23820/136‑1 (MQ=255) taatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATc < 2:125416/140‑1 (MQ=255) acttGACGGTGAACACGAATAAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATTGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGATTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc < 2:153407/138‑1 (MQ=255) aatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc > 2:220738/1‑140 (MQ=255) aatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATcc > 2:111123/1‑140 (MQ=255) aatTGACATTGAACACGAATTAATTTATTAATTTTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc < 2:416755/140‑1 (MQ=255) aatTCACGTTGAACACTAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATTCACACGAATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTTATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc < 1:335936/140‑1 (MQ=255) ttGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTACACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGGTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCtt > 1:241656/1‑140 (MQ=255) aCGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGt < 2:653570/140‑1 (MQ=255) ttGAACACGATTTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTaa > 1:527077/1‑140 (MQ=255) gAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACAAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACAATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTATTAAAg > 2:166567/1‑140 (MQ=255) aaCACGCTTTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATACACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACCAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTTTTAAAGt < 2:350812/140‑1 (MQ=255) aaCACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGt < 1:493615/140‑1 (MQ=255) acacGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGTGTGATTTCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTc < 2:295621/140‑1 (MQ=255) cacGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCa > 1:334516/1‑140 (MQ=255) acGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCaa < 2:404080/140‑1 (MQ=255) ttaattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAGCTTTTATCCTTTGTTAAAGTCAAAtttt < 2:699622/140‑1 (MQ=255) taattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGTTACGAATCGTACGTGCTTGGTAAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt < 2:657652/140‑1 (MQ=255) aattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTc < 2:353485/140‑1 (MQ=255) attTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGGACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATCTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCa > 2:613526/1‑140 (MQ=255) tttATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTTCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATTTTTAAAACTTAAATCCTTTGTTATAATCAAAATTTTCaa > 1:695793/1‑140 (MQ=255) cTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGa > 1:424484/1‑140 (MQ=255) cacaGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAc < 1:522969/140‑1 (MQ=255) acaGGGATACGAATCGTCCGTGCGTCGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAcc < 2:656544/140‑1 (MQ=255) acaGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCTACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAcc < 2:424484/140‑1 (MQ=255) caGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACct > 2:596072/1‑140 (MQ=255) ggATATGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCATTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAcctcct > 2:355820/1‑140 (MQ=255) ggATACGAATCGTCCGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACcttct < 2:722928/140‑1 (MQ=255) ggATACGAATCGTACGTGCATAGTCCGCAGTTGCACGAGTGATTGCGTGACTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGCCCCAAATTACcttct > 2:211622/1‑140 (MQ=255) gATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCAATATTACattctt > 2:240103/1‑140 (MQ=255) aCGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGAAAGAGTGATTGCCTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGa < 2:232335/140‑1 (MQ=255) cGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATTTTACTTTCTTGGAt > 2:580814/1‑140 (MQ=255) gAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGAtt > 2:151514/1‑140 (MQ=255) ggTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAAc > 1:587932/1‑140 (MQ=255) gTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACa < 1:220738/140‑1 (MQ=255) tCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAATTCAAGGAATAACAt < 1:401197/140‑1 (MQ=255) cAGCAAATGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAAGTTAAATCCTGTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACGGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTCAATCAAGGAATAACATa > 2:456920/1‑140 (MQ=255) aGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATAc < 2:571455/140‑1 (MQ=255) gCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATAcc < 1:188862/140‑1 (MQ=255) aaTTGCACGAGTGATTGCTTGTCTCATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCAc > 2:665812/1‑140 (MQ=255) aTTGCATGAGTGATTGCTTGTATAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAAAAGCTTTAATAAGACCCATCTTACCGTCTTGGATTAAATCAAGGAAGAACATACCACg < 2:424872/140‑1 (MQ=255) gCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCTTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGAcc < 1:185402/140‑1 (MQ=255) aCGAGGGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTa < 2:354867/140‑1 (MQ=255) gAGTGATTGCTTGTCNAATCCACCATGTTTTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACg < 1:613526/140‑1 (MQ=255) gTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTa > 2:223558/1‑140 (MQ=255) aTTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCt > 1:370617/1‑140 (MQ=255) tGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCttt < 2:76284/140‑1 (MQ=255) cTTGTATAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTa < 1:245654/140‑1 (MQ=255) tGTCTAATCCACCACGTTTTATATGTTTAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGc < 2:23590/140‑1 (MQ=255) accaTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACa > 2:513656/1‑140 (MQ=255) aTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTACAATTTTGCAACAGCTTTAATAAAACCCATATTACATTCTTGGCTTAAATCAAGGAATCACATACATCGACCTACGTCTCTTTTAGCAATCCTTACAACt > 2:164500/1‑140 (MQ=255) gTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGAACTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTaa > 2:384068/1‑140 (MQ=255) | TCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAA > CP000730/1672297‑1672569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |