| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,946,057 | G→A | 8.9% | intergenic (+108/+366) | USA300HOU_1807 → / ← epiG | hypothetical protein/lantibiotic epidermin immunity protein F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,946,057 | 0 | G | A | 8.9% | 184.4 / 2.1 | 75 | intergenic (+108/+366) | USA300HOU_1807/epiG | hypothetical protein/lantibiotic epidermin immunity protein F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/26); new base A (2/6); total (43/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
ACGCTTCATCAACAAAATCACAATTGATTAAACCTTAAACTCAAATTTCCTTAATTCATAAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGC > CP000730/1945919‑1946193 | aCGCTTCATCAACAACCTCACGATTGATTAAACCTTAAACTCAAATTTCCTTAATTCATAAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGa > 2:156762/1‑140 (MQ=255)aCGCTTCATCAACAAAATCACAATTGATTAAACCTTAAACTCAAATTTCCTTAATTCATAAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCCATTAACGGa > 2:35143/1‑140 (MQ=255)aCGCTTCATCAACAAAATCACAATTGATTAAACCTTAAACTCAAATTTCCTTAATTCATAAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTAATTTTTATATCAATTAGCggc > 2:359820/1‑139 (MQ=255) gCTTCATCAACAAAAACACAATTGATTAAACCTTAAACTCACATTTCCTTAATTCATAAAACATTAATAACTAACCCTTTCGTACAAACCAACCAGCCCGGTATATATTGAAACGTCATTTTTATTTTAATTAGCGGaaa < 2:119048/140‑1 (MQ=255) 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1:549132/1‑140 (MQ=255) aTTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACAt > 1:301752/1‑140 (MQ=255) aTTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACAt > 1:143109/1‑140 (MQ=255) tttttATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACAtt > 1:726305/1‑140 (MQ=255) tATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTtata < 1:359820/140‑1 (MQ=255) aTTTTAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTtatat < 1:322328/140‑1 (MQ=255) tCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCTCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATataat < 2:250354/140‑1 (MQ=255) gCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGc < 1:612659/140‑1 (MQ=255) | ACGCTTCATCAACAAAATCACAATTGATTAAACCTTAAACTCAAATTTCCTTAATTCATAAAACATTAATAACTAACCCTTTCTTACAAACCACCTAGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTTAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGC > CP000730/1945919‑1946193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |