| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_1861 ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 202.4 / NA | 70 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_1861 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (37/33); total (37/33) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGT > CP000730/2010226‑2010498 | tttCACGTGACAATTTTCTTAATCTTCCAAAACATACGTACAACGTTATAATGTGATAAACGAAGAGAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATCGTTATATaa > 2:697464/1‑140 (MQ=255) cACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGGAATAATAATTGTTATATAATCt > 1:32498/1‑140 (MQ=255) cACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGAAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCt > 1:318294/1‑140 (MQ=255) aCGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGATAAAATATAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTa > 1:253197/1‑140 (MQ=255) cGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGATCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTaa < 1:350427/140‑1 (MQ=255) cGTGGCAATTTTCTGAATCTCCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTaa < 2:643747/140‑1 (MQ=255) gtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATATTGTAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:572973/140‑1 (MQ=255) gtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAcga > 2:19741/1‑138 (MQ=255) gtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 1:45513/140‑1 (MQ=255) ttttCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAatat > 2:383104/1‑140 (MQ=255) cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAt < 1:312313/140‑1 (MQ=255) cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAt < 1:268444/140‑1 (MQ=255) ttAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATGTAATCTAACAAAATATTCAtt > 1:350999/1‑140 (MQ=255) cAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCAGtg > 1:576743/1‑139 (MQ=255) aaGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaa < 2:354086/140‑1 (MQ=255) aGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTaaa > 2:501447/1‑140 (MQ=255) aaattgacacCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg < 2:33017/134‑1 (MQ=255) aaaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAGTTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTAGATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATg > 1:472155/1‑140 (MQ=255) aaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGa > 2:402030/1‑140 (MQ=255) aaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGa > 2:483778/1‑140 (MQ=255) aaCGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAACCGGGTAAAATGa > 2:709730/1‑140 (MQ=255) 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2:204026/138‑1 (MQ=255) gAAGATAAACATGTG‑TTTTAAATTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTCTGAATCGTCCGATACACAATCTTATATAATCTAATCAAATATTCATTACTCCGGTTATAATTGAATCTTTTGTTTCTTCAACATCATGaa < 2:350999/140‑1 (MQ=255) gAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAATATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTaa < 1:501447/140‑1 (MQ=255) aaGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAAt > 1:464809/1‑140 (MQ=255) cA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACGCTAg > 1:591383/1‑140 (MQ=255) atgctAAAGTCAATTTCACTTCTAAAAAGAACATTATGGTTAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATAtt < 2:664254/139‑1 (MQ=255) tgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTa > 1:40559/1‑140 (MQ=255) tgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTa > 2:634677/1‑140 (MQ=255) tgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACACTAGATATTa > 2:408323/1‑140 (MQ=255) tgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAACCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTTTTCAACTTAATTCATCATTCTAGACATTa > 2:312308/1‑140 (MQ=255) tgctAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGAAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCAGGTCAAAATTAAATCTTTTGTTTGTTCACCATCATTAATCACACTAGATATTa > 2:255153/1‑140 (MQ=255) aGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAc < 2:390729/140‑1 (MQ=255) gTCAATTTCACCTCTAAAAATAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGAcc < 1:188637/140‑1 (MQ=255) gTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTggtc > 2:392642/1‑137 (MQ=255) ttCACCTCTAAAAAGAACATTATGGATATTGAAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTg < 1:252236/140‑1 (MQ=255) tCACAGCTAAGAAGAACATTAGGGATAGTGCAATAATAATTGTTAGTTGATATAACAGATTATTCAGATTGACGAGTGAAGAGAAATCTTTTATTTGTTCAACAACATTAATACATCTAGTTATTAATTGCCCTATTTgg > 2:401/1‑139 (MQ=255) acaTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTATTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatt > 2:76682/1‑140 (MQ=255) caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatta > 2:709380/1‑140 (MQ=255) caTCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTATTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGatta > 1:678149/1‑140 (MQ=255) caTCTAAAAAGAACATGATGGATAGTGCAATAATAATTGATATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAAGCTTTTGTTTGTTCAACCTCATTAATCACTCTAGCTATTCCTTGACTTGCttcgctt > 2:281990/1‑135 (MQ=255) tCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACGCTAGATATTACTTGACATACTTGattatt > 1:694786/1‑140 (MQ=255) aaaaGAACATTATGGATAGTGCTTTAATAATTTTTATTTGATCTACGTGGCTGTACATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCa < 1:709730/140‑1 (MQ=255) aaaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTCTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCa < 1:483778/140‑1 (MQ=255) aatgAACATTATGGATATTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCATATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCAt < 2:693389/137‑1 (MQ=255) aaaGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTGATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCAt < 2:472238/140‑1 (MQ=255) gAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTAACCTACTTGATTATTAGCATaaa > 1:262139/1‑140 (MQ=255) gAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTGTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATaaa > 1:488944/1‑140 (MQ=255) aCATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAAt < 2:464809/140‑1 (MQ=255) ctataattatTGTTATATAACCTAACCAAATATTCCTTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCt < 2:479587/138‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTATCCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTCTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATATAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:457767/140‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 1:634677/140‑1 (MQ=255) ataataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTg < 2:532485/140‑1 (MQ=255) ttataatTGTTTTATAATCTAACCATATATTCATTATCCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTTCTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGt < 2:13061/138‑1 (MQ=255) aataatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTa < 1:596667/140‑1 (MQ=255) ataatTGTTATATAATCTAATCAAATATTCATTAATCCGGTTAAAATGAAATTTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTaa < 1:194123/140‑1 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAAt > 2:676719/1‑140 (MQ=255) aatTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGGTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTCTTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAAt > 1:46607/1‑140 (MQ=255) ttATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGCTATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTg < 2:537142/140‑1 (MQ=255) tatataATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGt < 2:612121/140‑1 (MQ=255) | TTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACA‑GTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGT > CP000730/2010226‑2010498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |