| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,289,325 | C→A | 100% | Q55H (CAG→CAT) | USA300HOU_2153 ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,289,325 | 0 | C | A | 100.0% | 175.6 / NA | 64 | Q55H (CAG→CAT) | USA300HOU_2153 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (36/28); total (36/28) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAACGTACTGA > CP000730/2289191‑2289461 | cTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGAcc < 1:665271/140‑1 (MQ=255) ctctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTCTCTGATCACCAATa > 2:503304/1‑140 (MQ=255) ctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTATGGTTGGAATATTACTATTAAAGAAAAGACACACAATTGAATAACGATATCGAATAATTTAAATGTTGAAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACAAATaaa > 1:137638/1‑139 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATACCAATTAc > 2:584517/1‑140 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTAc > 2:45805/1‑140 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTa > 2:625493/1‑140 (MQ=255) ttttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTaa < 1:594095/138‑1 (MQ=255) tgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTaa < 1:594652/140‑1 (MQ=255) tgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTaa < 2:217056/140‑1 (MQ=255) tgttCGAACGCACGTCTACTTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAACTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTaa < 2:556073/140‑1 (MQ=255) ttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAata > 2:403662/1‑140 (MQ=255) cTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGGCAAGTTCAATATCATACTTATCCGATGACCAATAACAATTACTAATATc > 2:101285/1‑140 (MQ=255) aaCGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATccc < 1:663104/140‑1 (MQ=255) cGCACGTCTAATTCCTGGTTGGAATATTACTATTATAGCTAATACCCCCCGTTGTATAGCGATATCGAATAATTTTGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCTATAACAATTTCTAATATCCCtt < 2:269449/140‑1 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGCATATTACTATTAAAGCTAATAACTCCCAATGAATAACGCTATCTAATAATTTAGATTTTGCAGTCAAGTTCAATTACCTACTTATTTGATTGCCAATAACAATTGCTAAAGTCCCTTTCAGTaa > 2:317034/1‑140 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACATTTTTTAATATCCCtttttatat > 2:683696/1‑134 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAACGCTAATTCCCCCTATTGATTAACGATATCGAATAGTATTGTAGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAt < 1:716107/140‑1 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAAAGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGAACAATAACAATTACTAATATACCTTTAAGAAAt > 1:254882/1‑140 (MQ=255) tttCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCAGTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGt < 2:667039/140‑1 (MQ=255) ggTTGGAATATTACTATTAAATCTAATCCCCTCCATTGAATAAGGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATGTGAAGACCAATAACAATTACTAATTTCCCTTTTTGTAATTGTATCGc < 2:358702/140‑1 (MQ=255) ggTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc < 1:45805/140‑1 (MQ=255) tGGAAAATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCttt < 2:274264/140‑1 (MQ=255) atatTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGtt > 1:131540/1‑140 (MQ=255) atatTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGtt > 1:405989/1‑140 (MQ=255) ttACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTccc < 1:625493/140‑1 (MQ=255) tACCATTAAACATAATACCCCCCAATAAATAACCATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAACAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCt < 2:288821/140‑1 (MQ=255) aCTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCtt > 1:311454/1‑140 (MQ=255) aCTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCtt > 1:82891/1‑140 (MQ=255) tAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATTATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATTCTTATTTGATGATTAATTACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGa < 1:69094/140‑1 (MQ=255) acaGCGAATGCCCCCCATTGAATAACGAGATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAACTTCATACTAATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCGCTTAAAGAc < 2:526592/138‑1 (MQ=255) aaGCTAATACCCCCCATTGAATAACTATATCGAATAATTTACATGTTGCAGTCAAGATCAATAACAAACTTAACAGATGACCAATAACAATTACTAAAATCCCTTAAAGAAAATGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGAcc > 1:30816/1‑140 (MQ=255) aGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 1:627557/140‑1 (MQ=255) aaTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACAAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATAGCTTTATTTCCCTTAAAGACCGtgat > 1:8849/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatg > 2:141980/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatg > 2:142255/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtgatg > 1:702566/1‑140 (MQ=255) ggccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCTCTTAAAGACCGTGATgaga > 2:188065/3‑140 (MQ=255) ccccccATTGAATAACGGTATCGAATAATTTAGATGTTACAGTGAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACATTTACTAATATCCCTTTGAGTAATTGTAGAGTTTTACATCCTTTAAAAACCGtcttgcga > 2:160580/1‑133 (MQ=255) ccccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgaga > 1:727144/1‑140 (MQ=255) ccccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgaga > 2:258636/1‑140 (MQ=255) ccccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATAGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgaga > 1:341896/1‑140 (MQ=255) ccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCATGATGagaag > 2:344489/1‑140 (MQ=255) ccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACGTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGagaag > 1:444570/1‑140 (MQ=255) aTTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCGATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATaa > 2:513164/1‑140 (MQ=255) ttGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATaaa > 1:265686/1‑140 (MQ=255) aTAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCTTTAAAAACCGTGATGAGCAGATAAAGTAc > 2:632432/1‑140 (MQ=255) aCGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCTCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATa < 1:241860/140‑1 (MQ=255) gATATCGAATAATTTAAATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATAcc < 1:600973/140‑1 (MQ=255) tatCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCACTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCaa < 2:35445/140‑1 (MQ=255) atCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACAAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCaaa < 2:109878/140‑1 (MQ=255) tCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTAACGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAAc > 1:588389/1‑140 (MQ=255) gAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTa > 1:68313/1‑140 (MQ=255) aGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAAt > 2:625148/1‑140 (MQ=255) gATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTAATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATc > 1:67329/1‑140 (MQ=255) aTGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTATAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCa < 2:466134/140‑1 (MQ=255) aTGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCa < 2:459799/140‑1 (MQ=255) aTGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCa < 1:506120/140‑1 (MQ=255) aTGTTGCAGGTAAGTTGAATATCATACTTCTCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTATAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCa < 2:460505/140‑1 (MQ=255) tGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTATTATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGa < 2:481413/140‑1 (MQ=255) gTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTCTCAGTAAATCAAGGATACt > 1:347912/1‑140 (MQ=255) gTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATAAAGGATACt > 1:51122/1‑140 (MQ=255) ttCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACTGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTAc < 1:37594/140‑1 (MQ=255) tCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACa < 1:693774/140‑1 (MQ=255) cAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACaa > 1:44698/1‑140 (MQ=255) ctgatgACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCTAGGATACTCGTTACAATTTTTAACGTACTGa < 2:120727/140‑1 (MQ=255) | CTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTTTTAACGTACTGA > CP000730/2289191‑2289461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |