| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 221,865 | C→A | 7.4% | G475V (GGC→GTC) | USA300HOU_0203 ← | PTS family glucose/glucoside (glc) porter component IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 221,865 | 0 | C | A | 7.4% | 204.4 / 5.4 | 85 | G475V (GGC→GTC) | USA300HOU_0203 | PTS family glucose/glucoside (glc) porter component IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/32); new base A (3/3); total (48/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
TCTTTATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTT > CP000730/221727‑222002 | tCTTTATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGcc < 1:303034/140‑1 (MQ=255)tCTTTATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGcc > 1:698710/1‑140 (MQ=255) cTTTATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCt > 1:508241/1‑140 (MQ=255) ttATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTaa > 1:697396/1‑140 (MQ=255) ttATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAAATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGAGTTCTAATACACCAGATGCGCCTaa > 1:625508/1‑140 (MQ=255) tATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTTCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTaaa > 2:115727/1‑140 (MQ=255) tagTCTACCATAGAAGTAGGATTTTATACTACTTAACCATTAATCATATGTAGCAATTAATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACAAAAAATAGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATTCGCCTaaaac > 2:58600/3‑138 (MQ=255) gTCTTCCATCGTAGAAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGGCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCTGACTTCTAATCAACCAGCTGCGCCTAAATCtt > 2:85064/1‑140 (MQ=255) tCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCttt > 1:548037/1‑140 (MQ=255) agtagGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGaa > 1:50148/1‑140 (MQ=255) gtagGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTTTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAAc < 1:307415/140‑1 (MQ=255) agaaaatcctactaCTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACAt > 1:89432/9‑140 (MQ=255) ggtttttttACTATTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATc < 1:37940/137‑1 (MQ=255) gtttttCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGAGTACTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCa < 1:684101/138‑1 (MQ=255) ttttCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACAAGATGCGCATAAATCTTTCAAACTAGGACAATCAAc > 1:711394/1‑140 (MQ=255) ttttCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGATTGCACAAAAAGGGCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTACATCTTTCAAACCAGGAACATCAAc > 1:528413/1‑140 (MQ=255) 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gtggCATTTCATGTTTGACTTCGTCAGATTTATGACAAAAAATTGCTTGCATACTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGt < 1:710620/137‑1 (MQ=255) gTTGCATTTCATGTTTGTTTTGGTCAGATTTAGGCCCAAAAATTGCTTGCATACTATTGCCGACTTCTAATACACCAAATGCGGCTACATCTTTCAATCCAGGAACATCAATTTTAGATTTGTCGTGAACTTCAACACGt < 2:607505/140‑1 (MQ=255) gTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGt > 2:218133/1‑140 (MQ=255) tGCATTTCATGTTTTATTTGGTTAGATTTAGGACCAAATATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGTTGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCatacgtcta < 1:457452/140‑9 (MQ=255) tGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAACATTTCTTTCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTCCAAACCAGTATCATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTAAACACGtcg < 2:708855/140‑3 (MQ=255) tGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAg > 2:130772/1‑140 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(MQ=255) gcgcCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGt < 2:301945/140‑1 (MQ=255) gcgcCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGATTCTAATACTGCATATGGTATTTCAGt > 1:78/1‑140 (MQ=255) cgcCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGtt > 2:635596/1‑140 (MQ=255) | TCTTTATCGTCTTCCATAGTAGTAGGATTTTCTACTACTTGACCATTCATAATCTGTTGCATTTCATGTTTGATTTGGTCAGATTTAGGACCAAAAATTGCTTGCATATTATTGCCGACTTCTAATACACCAGATGCGCCTAAATCTTTCAAACCAGGAACATCAACTTTAGATTTGTCGTTAACTTCAACACGTAGACGTGTGATACAAGCGTCTAAATGTTTAATGTTTGCTTTGCCACCCATAGCTTCTAATACTGCATATGGTAATTCAGTT > CP000730/221727‑222002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |