| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 367,644 | G→T | 100% | intergenic (‑96/‑20) | nanA ← / → USA300HOU_0336 | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 367,644 | 0 | G | T | 100.0% | 196.6 / ‑6.5 | 65 | intergenic (‑96/‑20) | nanA/USA300HOU_0336 | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (39/25); total (39/26) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATG > CP000730/367510‑367777 | gAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCata > 2:572733/1‑140 (MQ=255) aaCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTa < 1:207367/140‑1 (MQ=255) aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTAt > 2:511347/1‑140 (MQ=255) aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTAt > 2:377866/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATATATAATTAATGaaa > 2:289602/1‑140 (MQ=255) aaaTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTTTGTATAATTAATGAAAATGtt > 2:661165/1‑140 (MQ=255) aaaTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGtt > 2:106841/1‑140 (MQ=255) aaTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttt > 1:176522/1‑140 (MQ=255) aaTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAAAGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATtttt > 1:209029/1‑140 (MQ=255) tCTTTGTTCATGATGAAGTCCCTCCAAAAATTATTTTATAATAGTGTTCATAGCTATAATTGTAAACGATATCATATAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATGCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttttt < 2:234562/140‑1 (MQ=255) tGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCaaa > 2:344100/1‑140 (MQ=255) cATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCa > 2:383975/1‑140 (MQ=255) cATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCa > 2:604292/1‑140 (MQ=255) aTTATGAAGTCCCCCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCaa < 1:702777/140‑1 (MQ=255) ttATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAAt < 2:119342/140‑1 (MQ=255) tATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACGGCTATAATTGTAAACGCTACCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATa 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< 1:464035/140‑1 (MQ=255) tCCAAAAATCATTTGATAATATATTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtg < 1:660486/140‑1 (MQ=255) tCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtg > 2:30099/1‑140 (MQ=255) tCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtg < 1:544299/140‑1 (MQ=255) tCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGGATTCATAATTAAGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagag > 2:365799/1‑138 (MQ=255) ccAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAACCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAACATCAATAAAAATGgagtga > 2:76362/1‑140 (MQ=255) taacaaTCATTTTATAATATATGTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATATTAGGCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGgagtgag < 1:457792/136‑1 (MQ=255) aTCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAgg < 1:655050/140‑1 (MQ=255) tCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAGTGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGATAAAGgt > 2:230809/1‑140 (MQ=255) tCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgt > 1:402330/1‑140 (MQ=255) aataTAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGAAAGGTGTATTAAAt > 1:594704/1‑140 (MQ=255) ataGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGc > 1:650871/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCa > 2:264200/1‑140 (MQ=255) tAAACGCTATCATAAAAAGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGGGTGAGAAAGGTGTATTACATTGCAATCGCTGTTggtgacccat > 2:106827/1‑132 (MQ=255) aaaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCa < 1:590087/140‑1 (MQ=255) aaaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGAACTCa > 2:288949/1‑140 (MQ=255) aaaCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTCTGAAAATTGTATTCATATTTATGGATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCa < 1:486570/140‑1 (MQ=255) aCGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCaaa < 1:110771/140‑1 (MQ=255) aTCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAACATTGTTTTCATTAGGAGGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTaaa < 1:377866/140‑1 (MQ=255) cATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATc < 2:145027/140‑1 (MQ=255) aaaaTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGc > 1:654952/1‑140 (MQ=255) aTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTTAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGt < 1:604292/140‑1 (MQ=255) aTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATAAAATCGGCAga > 1:658461/1‑139 (MQ=255) aTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATAACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGt 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> 1:226237/1‑140 (MQ=255) aTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAAGATg > 1:55167/1‑140 (MQ=255) aTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAAAATg > 2:417567/1‑140 (MQ=255) | GAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATG > CP000730/367510‑367777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |