| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 895785 = | 30 (0.530) | 15 (0.310) | 13/226 | NT | 25.6% | coding (806/822 nt) | USA300HOU_0849 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | = 909740 | 61 (1.240) | intergenic (‑663/‑371) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein | |||||
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGT > CP000730/909601‑909875 | ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt > 1:115881‑M2/1‑140 (MQ=255)ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt > 1:161314‑M2/1‑140 (MQ=255) gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATAAAACAATGTTTTAATTGCCCTTAAAATTCCTTGATAATCGTGCTAAtt < 2:594058‑M2/141‑3 (MQ=255) ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta < 1:59714‑M2/141‑4 (MQ=255) tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat > 1:19852‑M2/1‑137 (MQ=255) tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTCGATAATCTGGCTAAttat < 2:26563‑M2/141‑5 (MQ=255) cAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc > 1:564106‑M2/1‑131 (MQ=255) aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAGTGCATATGTAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct < 1:249511‑M2/141‑12 (MQ=255) aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct < 1:594381‑M2/141‑12 (MQ=255) aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct > 2:183180‑M2/1‑130 (MQ=255) aGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta > 1:121472‑M2/1‑129 (MQ=255) ggCAAAAAAAGGGCGTAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGACTAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaa < 1:365437‑M2/141‑15 (MQ=255) gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat > 2:32566‑M2/1‑126 (MQ=255) cAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGGTTGCGCTTGAACTTCCTTGATAATCTGCAAAAttatctctgctaacta < 2:248748‑M2/141‑17 (MQ=255) aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc > 1:101151/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGGCAGTGGGCTTCCTTGATAATATGGCCAATTGTTCCTGCTAAATAAATCATATTa > 1:88558/1‑141 (MQ=255) gCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTa < 1:82416/141‑1 (MQ=255) aaTAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTaa < 1:193731/140‑1 (MQ=255) aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCACTTTAACTTCCTTGATAATCTGGCTAACTATTCCCGCTAAATAAATCATATTAATgg > 2:435415/1‑141 (MQ=255) aTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGCTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGc < 1:358649/141‑1 (MQ=255) tttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaa > 2:590281‑M2/1‑108 (MQ=255) aGGGCAAGGGTATGAATAATAAACTATCGTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGa < 1:646/141‑1 (MQ=255) gggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaa < 2:548785‑M2/141‑45 (MQ=255) gggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTCAAAATTTTATAAATGCATATAAAACAATGTTTTGATTGCTCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcatgctacataataccaattaaataaaaataccctttaa < 2:256013‑M2/141‑45 (MQ=255) gCAAGCGTAAGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATCAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATTGCTCAGTAACGTGATGt < 2:249511/141‑1 (MQ=255) aatggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTg < 1:279498/138‑1 (MQ=255) 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1:38175/141‑1 (MQ=255) ataataAATTATCTTGAAAATTTTCTAAATGCATATATACCAATGTAATGATTACCCTTGAAGGTCCTTGTGAATGTGGTTGATTACTTGTTCTAAGCAAATCATATGAATTGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt < 2:488879/141‑1 (MQ=255) aataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACCATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTttta < 2:239631/141‑1 (MQ=255) ataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagggg < 1:274124‑M2/141‑62 (MQ=255) agaaaTTACCTTGAAAATTCTATAAAGGCATATATAACAATGTTCTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGACAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACCTGATGTTGCTGGGCTTtttaa < 2:504720/139‑1 (MQ=255) aTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaattta > 2:62898/1‑141 (MQ=255) 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1:402318/1‑141 (MQ=255) aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCGTATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTta < 1:356561/141‑1 (MQ=255) aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAtttt > 2:397402/1‑140 (MQ=255) aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTta < 2:505988/141‑1 (MQ=255) aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTta < 1:523393/141‑1 (MQ=255) tttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggtgatttttgtggtattga < 1:635684‑M2/141‑80 (MQ=255) 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2:245210‑M2/141‑107 (MQ=255) gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg > 1:620012/1‑141 (MQ=255) aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaaaagcgcaaaaggggtagta < 1:8570‑M2/141‑109 (MQ=255) gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGGTa > 2:289434/1‑141 (MQ=255) ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa < 1:269133/141‑1 (MQ=255) ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAACAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa < 2:554214/141‑1 (MQ=255) ttGAACTTCCTTGATACTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGCGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATAGTTAGGAATGAGATGCTATTACGGCTAACGt > 2:279748/1‑141 (MQ=255) ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATCAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTCTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGATATGCTATTACGGATAAAGt < 1:400721/141‑1 (MQ=255) cTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAGTTTAAACAGGTATTACTATGATATTTAGGAATGAGATGCTCTTACGGATAAAGTAAAAt > 2:500530/1‑141 (MQ=255) tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAATTCCtata < 1:420394/141‑1 (MQ=255) tGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCtata > 2:452643/1‑141 (MQ=255) tAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgc > 1:551497/1‑141 (MQ=255) aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca < 2:59714/141‑1 (MQ=255) tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg > 1:255122/1‑141 (MQ=255) tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg > 2:392888/1‑141 (MQ=255) ggCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGt > 2:212435/1‑141 (MQ=255) | GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGT > CP000730/909601‑909875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |