| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 241,156 | C→A | 6.8% | P55Q (CCA→CAA) | ggt → | T3 family gamma‑glutamyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 241,156 | 0 | C | A | 6.8% | 224.3 / 4.9 | 78 | P55Q (CCA→CAA) | ggt | T3 family gamma‑glutamyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/39); new base A (2/4); total (35/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
CAGACAAAAACATCTAAAGAAGGGTTAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAGATGATTCAGGCGAATAT > CP000730/241017‑241295 | cAGACAAAAACATCTAAAGAAGGGTTAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGGACCa > 1:40563/1‑141 (MQ=255)cAGACAAAAACATCTAAAGAAGGGTTAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCa > 1:382137/1‑141 (MQ=255) aGACAAAAACATTTAAAGAAGGGTCAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCAt < 2:418047/141‑1 (MQ=255) gACAAAAACATCTAAAGAAGGGTTAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCAtt > 1:76322/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gagGGTTAATTTCCGTATCACATTCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATtggtg < 2:499915/140‑1 (MQ=255) ttAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGCTTGTATTTTAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATtggtggtggg > 1:624915/1‑140 (MQ=255) tAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTGAGGGTGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCg > 2:599166/1‑141 (MQ=255) tAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCg > 1:641325/1‑141 (MQ=255) tAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGGGGTGGCg > 1:8088/1‑141 (MQ=255) tAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATATATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCACCTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTTTTGGTGGTGGCg > 1:458082/1‑141 (MQ=255) tAATTTCCGTAGCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCg < 2:421810/141‑1 (MQ=255) tAATTCCCGTATCACACCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCCGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCg < 2:642544/141‑1 (MQ=255) aaTTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCgg < 2:382137/141‑1 (MQ=255) aaTTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCgg < 2:40563/141‑1 (MQ=255) aaTTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCgg > 1:662610/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCta > 2:352038/1‑141 (MQ=255) tCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGAATTTGCta > 2:130468/1‑141 (MQ=255) cacaTCCTCTTGCGGCAAACATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCtat < 2:603134/141‑1 (MQ=255) caaaTCCTCTGGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCtat < 1:180916/138‑1 (MQ=255) caTCCTCTTGCGGCTAAAATTTGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTatat < 1:620263/141‑1 (MQ=255) caTCCTCGTGCGTCTAAAATTTGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTatat < 1:620256/141‑1 (MQ=255) ggCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAg < 1:199576/141‑1 (MQ=255) ggCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAg < 1:140461/141‑1 (MQ=255) gCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGt < 2:254057/141‑1 (MQ=255) tAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTAc > 1:500975/1‑141 (MQ=255) tAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATATGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATAGTATGAGCAAAGTAc > 2:482105/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gATCGAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTAAAATGGAATTGAATGTGTTAAAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATAATATGAACAAAGTAATGGCAAGATAACtagtattgat > 2:343027/1‑132 (MQ=255) ggTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGTAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATGAGGTATTGGTGGGGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGt < 2:149547/141‑1 (MQ=255) gcattcatcGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACgg > 2:505297/9‑140 (MQ=255) gggCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTga < 1:55793/140‑1 (MQ=255) ggCAACGCCATGGATGCGGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGATAGAACCATTTGCATCAGGTCGTGGTGGAAGCGGGGATTTGCGATATTATGAGCAAAGTACTGGCGATATAAAGGCGTTTGATggtagtgag > 2:370418/1‑133 (MQ=255) ggCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCAGTGAAAGTGATAGAACCATTTGCATCAGGAATAGGTAGTGACGGGTATTTGCTAAATTATGAGAAAAGTACTGGACGTAAAAATGCGTTTGAACAACGTgag > 1:136443/1‑141 (MQ=255) gCAATGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTgaga < 1:550009/141‑1 (MQ=255) aaCGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGGACGTGAGACa > 2:28961/1‑141 (MQ=255) aCGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGCGACAg < 2:191417/141‑1 (MQ=255) aCGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAg < 1:570970/141‑1 (MQ=255) gCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCa > 2:180239/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACAATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATg < 1:590049/141‑1 (MQ=255) gATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGa < 1:534824/141‑1 (MQ=255) gATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGa < 1:227816/141‑1 (MQ=255) gATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGa < 2:500975/141‑1 (MQ=255) aaTTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAATCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGacaaaca < 1:336965/141‑1 (MQ=255) tCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAAtt < 1:575058/141‑1 (MQ=255) ttGAATGTGTTAGAGCCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAgat < 1:240909/141‑1 (MQ=255) tGACTGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGCATTGGTGGTGGCGGGGATTTGCTATATTATGAGCGAAATACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGAACGTGAGGCAGCACATGAACATGTAGCCAGACAATTTTATCTAgatg > 2:284246/1‑141 (MQ=255) tGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAgatg < 1:6169/141‑1 (MQ=255) aaTGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAgatgat < 2:238144/141‑1 (MQ=255) aaTGTGTTAGAACCATGTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAgatgat < 1:190412/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAGATGATTCAGGCGCatct > 2:452291/1‑139 (MQ=255) | CAGACAAAAACATCTAAAGAAGGGTTAATTTCCGTATCACATCCTCTTGCGGCTAAAATTGGTAAGGATGTATTAGATCAAGGTGGCAACGCCATGGATGCAGTGATTGCAATTCAACTGGCATTGAATGTGTTAGAACCATTTGCATCAGGTATTGGTGGTGGCGGGTATTTGCTATATTATGAGCAAAGTACTGGCAGTATAACTGCGTTTGATGCACGTGAGACAGCACCTGAACATGTAGACAAACAATTTTATCTAGATGATTCAGGCGAATAT > CP000730/241017‑241295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |