| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 790,778 | G→A | 100% | intergenic (+277/‑197) | USA300HOU_0741 → / → USA300HOU_0742 | possible allophanate hydrolase subunit 2/possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 790,778 | 0 | G | A | 100.0% | 146.7 / ‑6.5 | 49 | intergenic (+277/‑197) | USA300HOU_0741/USA300HOU_0742 | possible allophanate hydrolase subunit 2/possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (29/19); total (29/20) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TACTTGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTT > CP000730/790642‑790912 | tACTTGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGc < 2:401244/141‑1 (MQ=255) ttGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCa > 2:659033/1‑141 (MQ=255) tGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAAGGATAATATTAGATAACGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAATTATGGCACaa > 2:265164/1‑141 (MQ=255) gAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCaaa > 1:377641/1‑141 (MQ=255) aTTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAAt < 2:617600/141‑1 (MQ=255) tAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTa > 2:134750/1‑141 (MQ=255) tatctATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCaaa < 2:381427/139‑1 (MQ=255) tctATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACAAAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGt > 2:574123/1‑141 (MQ=255) tGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAAAACATGTTAAATCAAAGTGGAAAGCTACAAATa > 1:557733/1‑141 (MQ=255) aGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAAc > 2:566380/1‑141 (MQ=255) gCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATACCg > 2:404680/1‑141 (MQ=255) cTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGa > 2:515158/1‑141 (MQ=255) tGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTTAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGaaaa > 1:130148/1‑141 (MQ=255) tGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGaaaa > 1:200396/1‑141 (MQ=255) cTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAAtt > 1:295396/1‑141 (MQ=255) ttattagtaCAATTTGATGACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACAAAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCAAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATta > 2:138308/1‑141 (MQ=255) attattaCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATtata < 1:134750/141‑1 (MQ=255) ttattaCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAACTAACGAAAATTATaa > 1:85000/1‑141 (MQ=255) ttaCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTGATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACt < 2:54936/141‑1 (MQ=255) ataCAATTTAATTACAAATTATAAATTTGTGAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACt < 2:54979/140‑1 (MQ=255) taaaaTTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACTAAAATTATAAACtt < 2:159209/138‑1 (MQ=255) aCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTg < 2:304316/141‑1 (MQ=255) tttGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTAAATc > 1:411023/1‑141 (MQ=255) ttGATTAAAAATGTTAAATTTGTTAATTGAATGAAAGTCTTATATGATGGTCCTTTC‑CAAGACACATATTATCTGTAGTCCAAGATACTTTTTTAATTAAATGGGAAAGCTACAAAGAACGAAAATTATAAACTTGAATCt < 2:321832/141‑1 (MQ=255) ttACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGaaa > 1:577173/1‑141 (MQ=255) tAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACta < 2:74871/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACtat > 1:122481/1‑141 (MQ=255) aaTTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACtata > 1:165709/1‑141 (MQ=255) tAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGa > 1:266259/1‑141 (MQ=255) tAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGa > 1:641479/1‑141 (MQ=255) aTGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGtt > 1:204572/1‑141 (MQ=255) atatTAACAAAAGAAAAGTACACAAG‑CAAATAAGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACttt < 2:234669/141‑1 (MQ=255) atatTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACttt < 2:295570/141‑1 (MQ=255) atatTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACttt < 2:590919/141‑1 (MQ=255) ataaaGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTTAACGc > 2:598016/1‑141 (MQ=255) aaaGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCAc < 2:377641/141‑1 (MQ=255) aaCTTATACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCAAAAATACTTGCTAAACCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATACTTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACttatt < 1:90575/141‑1 (MQ=255) aaCTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACttatt < 2:655086/141‑1 (MQ=255) aCTTACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAATGCACttatta > 1:574549/1‑141 (MQ=255) tACACAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTattaatt > 2:55428/1‑141 (MQ=255) acacAAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTattcatat > 2:666452/1‑139 (MQ=255) cacaAG‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTAttaattaa > 2:202089/1‑141 (MQ=255) g‑CAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACa < 2:122481/141‑1 (MQ=255) cAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACAt < 1:515158/141‑1 (MQ=255) atatGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAAt > 2:505195/1‑141 (MQ=255) atatGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACATATTAATTAACTAcatcat > 1:548058/1‑141 (MQ=255) tatGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATg < 2:3742/141‑1 (MQ=255) tatGAGTTATAGCCAAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTTAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATg < 2:194867/141‑1 (MQ=255) tGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGtt > 1:592500/1‑141 (MQ=255) | TACTTGAATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAG‑CAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTT > CP000730/790642‑790912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |