| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 864,289 | A→G | 7.9% | intergenic (+20/‑47) | USA300HOU_0807 → / → secG | hypothetical membrane protein/possible Sec family Type I general secretory protein SecG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 864,289 | 0 | A | G | 7.9% | 128.8 / 3.7 | 51 | intergenic (+20/‑47) | USA300HOU_0807/secG | hypothetical membrane protein/possible Sec family Type I general secretory protein SecG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/24); new base G (2/2); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
AAAGCTGCACACGGTGCGTACTTAACATTGCCAATTTTAATTGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATAAAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACTGTTGTACTACTCCAAGAAGGTAAAAGCAGTGGACTTTCAG > CP000730/864150‑864429 | aaaGCTGCACACGGTGCGTACTTAGCATTGCCAATTTTAATTGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTACATTTAAGCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATaaa > 1:425910/1‑141 (MQ=255)aaaGCTGCACACGGTGCGTACTTAACATTGCCAATTTTAATTGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATaaa < 1:267566/141‑1 (MQ=255) gCTGCACACGGTGCGTACTTAACATTGCCAATTTTAATTGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATAAAAat < 2:586481/141‑1 (MQ=255) gCACACGGTGCGTACTTAACATTGCCAATTTTAATTGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATAAAAATATg > 1:145571/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATAAAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACt > 1:274947/1‑141 (MQ=255) aGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATAAAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACtgtt > 1:536831/1‑141 (MQ=255) aaTTTAATCGCTAGAAAATTGACTTTAACAATAAAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGATCGGAGGACAATTTATGTATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACTGTTGtac < 2:154898/140‑1 (MQ=255) gAAAATTGATTTTAACAATAGAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACTGTTGTACTACTCCAATAAgg < 1:471445/141‑1 (MQ=255) gAAAATTGATTTTAACAATAGAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACTGTTGTACTACTCCAAGAAgg < 1:404767/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTTTAACAATAAAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACTGTTGTAATACTCCAAGGAGGTaa > 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AAAGCTGCACACGGTGCGTACTTAACATTGCCAATTTTAATTGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTACATTTAATCGCTAGAAAATTGATTTTAACAATAAAAATATGATATACTACTTGTCGTATATAAGGAACGGAGGACAATTTATGCATACATTTTTAATCGTATTATTAATCATTGATTGTATTGCATTAATAACTGTTGTACTACTCCAAGAAGGTAAAAGCAGTGGACTTTCAG > CP000730/864150‑864429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |