| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,679,267 | C→T | 12.5% | intergenic (+139/‑250) | USA300HOU_2535 → / → USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,679,267 | 0 | C | T | 12.5% | 182.5 / 4.8 | 71 | intergenic (+139/‑250) | USA300HOU_2535/USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/33); new base T (8/2); total (36/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATAT > CP000730/2679129‑2679404 | tACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCAt > 2:251999/1‑141 (MQ=255) aTGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTAATTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCAtttt < 2:169789/141‑1 (MQ=255) gtACATTGGGTCTAATCATTTCATTTTAGTGCTCTGATTGCTGGGCGCTAGTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATGGTGATTTCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTatat < 2:455205/140‑1 (MQ=255) aTACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTatat < 2:472607/141‑1 (MQ=255) aCATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATAttt > 1:533937/1‑141 (MQ=255) aTGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTc > 1:106179/1‑141 (MQ=255) tGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCCTTTTTTATTTTcc > 1:218035/1‑141 (MQ=255) ggAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGATCCATGTACC‑TTTTTTTTAAATTATTTTTTATTTTccc > 2:139148/1‑141 (MQ=255) ggAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTccc > 1:116673/1‑141 (MQ=255) ggAGTCACATCATCTCATGCAAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTccc > 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1:181769/1‑141 (MQ=255) gcTTTGGTTGGAGGGCGCTATTTTTTATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatcaatc < 1:219260/141‑1 (MQ=255) cctctGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatcaatc < 1:375664/140‑1 (MQ=255) cctGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCt < 1:156090/140‑1 (MQ=255) gATTGCAGGTCTCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTTATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGAc < 1:37078/141‑1 (MQ=255) aTTGCAGGGCGCTATTATATATATAAATGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACa < 1:362270/141‑1 (MQ=255) 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1:218817/1‑141 (MQ=255) ttttAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTAt < 1:602542/141‑1 (MQ=255) ttttAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGAAATCCTTGTATCACTAt > 1:511388/1‑141 (MQ=255) aaTGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACa > 1:35304/1‑141 (MQ=255) gTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTCACATCCTTGTATCACTATGACaatt > 1:62274/1‑141 (MQ=255) tcaTTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACaatta < 1:149001/139‑1 (MQ=255) 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2:153183/1‑138 (MQ=255) gATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCGATCCTGACGTCCTTGTATTCCTCTGCCCATTAATTGTTAAATACATGAGTTTTTAc > 2:193751/1‑141 (MQ=255) tGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACAt > 1:577413/1‑141 (MQ=255) gCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCCTGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACTATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACAttt > 2:287109/1‑141 (MQ=255) aTTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTGATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGGCATCCTTGTATCACTATTTCAATTAATTGTTAAATACATTTATTTTTACTTTTTAt > 2:426893/1‑141 (MQ=255) aTTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTTTATTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTCTCACTATGTCCATTAATTGTTAAATACATTTATTTCTACGTTTTAt > 2:8347/1‑141 (MQ=255) 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1:68742/1‑141 (MQ=255) tcAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTAACCATAAAACCATTGATATAGAAAAACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAAt > 2:303033/1‑141 (MQ=255) tcAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTT‑AATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATc < 1:176140/141‑1 (MQ=255) aGAACCATGTACC‑TTTTTTTTTTATTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTTTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTATATTTTATGAAAAATTCTAttttt > 2:553508/1‑141 (MQ=255) aCCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATTTTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTCATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTttctt < 2:491895/141‑1 (MQ=255) cttGTTCC‑TTTTTTTTAAATCATTTTACTTCTACCCACTAATATCCGCTCTTAATCAATCCTGACATTCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTAc < 1:172869/139‑1 (MQ=255) 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1:260603/1‑140 (MQ=255) aCC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTc < 1:251999/141‑1 (MQ=255) aCC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTc < 1:574069/141‑1 (MQ=255) c‑TTTTTTTTAAATCATTTTGTATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAGAAATCCATTTTTATTACAATTCaa < 1:426893/141‑1 (MQ=255) tttAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACttt > 1:144637/1‑141 (MQ=255) ttAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTATACATTGTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTta < 1:459333/141‑1 (MQ=255) aaTCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTatat < 2:196570/141‑1 (MQ=255) | TACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACC‑TTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATAT > CP000730/2679129‑2679404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |