| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,232,465 | G→C | 100% | A124P (GCG→CCG) | USA300HOU_1157 → | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,232,465 | 0 | G | C | 100.0% | 199.4 / ‑6.5 | 66 | A124P (GCG→CCG) | USA300HOU_1157 | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (30/34); minor base A (1/1); total (31/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATG > CP000730/1232332‑1232600 | agaTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGCAACGCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGa < 1:552976/141‑1 (MQ=255)agaTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGa < 2:517051/141‑1 (MQ=255) gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTCGCTATCATTAAACATACGGATGATATg > 2:564032/1‑141 (MQ=255) tGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGt > 1:49288/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gAATATATCGAAGGTACGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCTTGATATGCGTATTGTACTTAGAGATAtt > 1:311338/1‑141 (MQ=255) aaTATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGAAATTa > 1:72290/1‑141 (MQ=255) tatatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATAATACATGGAGATATTAAg > 2:363037/1‑141 (MQ=255) atatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGAATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATCTAAAGc > 1:262438/1‑141 (MQ=255) tCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCcac > 1:244635/1‑141 (MQ=255) tCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTAACTAGAGATATTAAGCcac > 1:36140/1‑141 (MQ=255) aGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATATTACCAATCAAATATTGAATGGCATTAAACATCCGCATGATATCCGCATTGTACATAAAGACATAAAGCCACaaaa > 2:127209/1‑141 (MQ=255) ggTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 1:292055/141‑1 (MQ=255) ccGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatata > 2:476342/1‑141 (MQ=255) tttGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAAt < 2:517554/141‑1 (MQ=255) ttGAGTAAATTGAAAGTCATGGGTCATAAAGGGTTGACAAAGCGACTAATTGTACGAATTAAAAATTGGATGGCATTAAAAATCCGTATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACa < 1:255299/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTg > 1:187835/1‑141 (MQ=255) aGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTg > 1:468239/1‑141 (MQ=255) tCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaa > 1:8283/1‑141 (MQ=255) cATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAGTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGAGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATTTTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaaa > 2:273906/1‑141 (MQ=255) cATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCACTAAAACGTTGaaa > 2:448231/1‑141 (MQ=255) cATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaaa < 2:9965/141‑1 (MQ=255) agggCCATTAAGTGATGACAAAGAGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAat < 1:78537/140‑1 (MQ=255) gCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATAtt > 1:416584/1‑141 (MQ=255) gCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATAtt > 2:210065/1‑141 (MQ=255) tAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAtt < 2:247559/141‑1 (MQ=255) tgtTGACACAGCGACTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAAATGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTgg > 1:310438/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATAGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAATACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTaa < 2:280061/141‑1 (MQ=255) gCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTaaa < 1:564032/141‑1 (MQ=255) tAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACAGCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCttt < 1:239986/141‑1 (MQ=255) tttACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGt < 2:526733/141‑1 (MQ=255) cAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCt > 2:32206/1‑141 (MQ=255) aaaaATTGGATGCAATAAAACAACCGCATGATATGCGTATTGTACAAAGTCATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 1:435164/141‑1 (MQ=255) aaaTATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 2:378872/141‑1 (MQ=255) aaaTATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 2:444407/141‑1 (MQ=255) aacatTGGATGCAATAAAACAAACGCAAGATATTGCAATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTGGAGAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt < 1:237453/138‑1 (MQ=255) aaTATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt < 1:99831/141‑1 (MQ=255) aatTGGATGGCACTAAACACCCGCATGATATGCTGATTGTACAAAGAGATATTAAGCCACAAAATACATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTaa < 2:311338/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACAGAAAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATc > 2:371358/1‑141 (MQ=255) atAAAAATCCGCATGATATGCGTATTGTACCTAGAGATATTACGCCACAACATATCTTACTTGACAGCAATAAAACGTTTAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCACACTAATc < 1:161047/140‑1 (MQ=255) gaaaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCa < 2:489840/140‑1 (MQ=255) aaaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAATCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAt > 1:385081/1‑141 (MQ=255) aaCATCCGCATGATATGCGTAGTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAtg < 2:323198/141‑1 (MQ=255) | AGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATG > CP000730/1232332‑1232600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |