| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,143,110 | G→A | 51.0% | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,143,110 | 0 | G | A | 51.0% | ‑0.7 / 43.5 | 33 | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/7); new base A (9/8); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
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2:448543/1‑141 (MQ=255) ggCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAAAGGCTTGCTGTTCCAat > 2:455032/1‑141 (MQ=255) | AAAGCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTGCTGTTCCAAT > CP000730/2142972‑2143250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |