| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 367,644 | G→T | 100% | intergenic (‑96/‑20) | nanA ← / → USA300HOU_0336 | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 367,644 | 0 | G | T | 100.0% | 195.4 / NA | 60 | intergenic (‑96/‑20) | nanA/USA300HOU_0336 | N‑acetylneuraminate lyase/possible transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (30/30); total (30/30) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTT > CP000730/367510‑367780 | gAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCatat > 1:237078/1‑141 (MQ=255) agtaactcatgatatAAACCTTTTTAATCTTTGTTCATTATTAAGTCCCTCCAAAAATCATTGTATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAAGGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATAtt < 2:351326/130‑1 (MQ=255) aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATg < 1:33016/141‑1 (MQ=255) aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATg > 1:495483/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGttttt < 2:305497/141‑1 (MQ=255) cTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCCTAAAATGTAACAATATCTTTTTGAACATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCa > 2:128309/1‑141 (MQ=255) cTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCa < 1:34547/141‑1 (MQ=255) tGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCaaaa > 1:139023/1‑141 (MQ=255) cATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAAGGTTTTTCAAAATCaa > 1:327963/1‑141 (MQ=255) aTTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAAt < 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(MQ=255) cATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGgagt > 2:479918/1‑141 (MQ=255) ataataTAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACa > 1:495624/1‑141 (MQ=255) ataGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCa > 1:518802/1‑141 (MQ=255) ataGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCa > 1:73271/1‑141 (MQ=255) taGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCaa < 2:427379/141‑1 (MQ=255) taGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGCATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCaa < 2:309729/141‑1 (MQ=255) aggttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAAt < 1:476399/138‑1 (MQ=255) ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGa < 1:493361/141‑1 (MQ=255) ttACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTAAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATcaa > 2:44343/1‑139 (MQ=255) tACAGATATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAAAGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGat < 1:17174/141‑1 (MQ=255) gCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGATGTATTACATCGCAATCGATATTg > 1:185156/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGCAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGAAGGCATTCAAATTAAAtag > 2:260664/1‑139 (MQ=255) aTAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATCGAAATAGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCTATATTCGAGGCACTCAAATaaaacaga > 2:507513/1‑137 (MQ=255) aTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGtt < 2:73271/141‑1 (MQ=255) aTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGtt < 2:518802/141‑1 (MQ=255) aTGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTAAAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGGGAGTAAGGTGTATCACATAGCAATCGATACTGGGGGCCCTCAAACTAAATCGGCacct > 1:432208/1‑138 (MQ=255) gTAACAATATCTTTTTGACAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATGACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTCAATCGGCAGTTAt > 2:311084/1‑141 (MQ=255) cAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGATGTATTACATCGCAATCCACATTGGAGGAACTCAAATTAACTCGGCTGTTATTgca > 2:1037/1‑139 (MQ=255) tatCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAg < 2:443916/141‑1 (MQ=255) ttttttAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATTTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGTTGTATTACATCTCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAt < 2:346625/141‑1 (MQ=255) tttttGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAt < 2:405338/141‑1 (MQ=255) ttttGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAAtt < 1:301402/141‑1 (MQ=255) tttGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTg < 1:220127/141‑1 (MQ=255) taaaaCTGTATTAATATTTATGCATAATTAATGAAAATGTTTCTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTACTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAat < 2:416381/140‑1 (MQ=255) aaTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCCCTCAAATTAAATCGGCCGCTATTAATAAGCAATTGAatatt > 2:523738/1‑140 (MQ=255) aTTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGt < 2:161015/141‑1 (MQ=255) tGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGttt < 2:498840/141‑1 (MQ=255) | GAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTT > CP000730/367510‑367780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |