| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,027,561 | G→C | 49.8% | T129S (ACC→AGC) | vraS ← | sensor histidine kinase VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,027,561 | 0 | G | C | 49.8% | ‑0.9 / 22.1 | 22 | T129S (ACC→AGC) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/4); new base C (6/5); total (13/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGATAGCAGATAGCATCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTT > CP000730/2027426‑2027680 | ttGATAGCAGATAGCATCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTaat > 2:201586/1‑140 (MQ=255)ttGATAGCAGATAGCATCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAg > 2:201491/1‑141 (MQ=255) tagcagatagcaTCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGGAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTCAGtttt > 1:61908/1‑141 (MQ=255) agatagcaTCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGt > 2:75192/1‑141 (MQ=255) agcaTCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTa < 1:45541/141‑1 (MQ=255) cTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAAc > 1:44886/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGTTGCTGACTAACAGAATCGAAAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCa < 2:126419/140‑1 (MQ=255) aGTTGCTGACTAACAGAATCATGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCt < 2:138059/141‑1 (MQ=255) aGTTGCTGACTAACAGAATCATGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTCAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCt < 2:137968/141‑1 (MQ=255) tAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACAACATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTCAGTTTTAAGTCGCAACTTATGGAATTCTTGATTTAAAg < 1:156213/141‑1 (MQ=255) aGTTCTCGTGCTAGTCTTTCACGTTCATCTTCAATAATATTTTTAACTTTCACAGCATTAATATTATAATTTTGATTTCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATgg > 2:82064/1‑141 (MQ=255) tctcGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTAAAAGTGTATGGtat > 2:163125/1‑141 (MQ=255) ctcGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGtata < 1:153682/141‑1 (MQ=255) cGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATaaa > 1:114737/1‑141 (MQ=255) ctcgTCTTTGACGTTCATCATCAATAATCTTTTTAACTTTCCCATCATTAATATTATCATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAATCGCAACTTATGCAATTCTTGAGTTAAAGATACAAGTGTATGGTATACAtgtc > 2:144500/4‑138 (MQ=255) tAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTaa < 1:47305/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTGACTTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAAc < 2:242008/141‑1 (MQ=255) gTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGCTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACg < 1:185317/141‑1 (MQ=255) aataatCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCtat > 1:44781/1‑141 (MQ=255) ttttAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGAt > 1:26711/1‑141 (MQ=255) tCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGc > 1:15681/1‑141 (MQ=255) ttAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGtt > 2:147641/1‑141 (MQ=255) | TTGATAGCAGATAGCATCATACTTGCCGCAAAAAGTTGCTGACTAACAGAATCGTGAAGTTCTCGTGCTAGTCTTTGACGTTCATCTTCAATAATCTTTTTAACTTTCACATCATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTT > CP000730/2027426‑2027680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |