| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,709,600 | (T)5→4 | 100% | coding (1327/1812 nt) | USA300HOU_2562 ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,709,596 | 0 | T | . | 100.0% | 149.6 / NA | 33 | coding (1331/1812 nt) | USA300HOU_2562 | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (20/13); total (20/13) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAAT‑TTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCA > CP000730/2709458‑2709727 | tatTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAAT‑TTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACttt < 2:195041/141‑1 (MQ=255) ttGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAAT‑TTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATAACtttta > 1:228835/1‑140 (MQ=255) tGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAAT‑TTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGTTGACttttca > 2:29693/1‑139 (MQ=255) tGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAAT‑TTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGGCACCAATTAATAGTGTTGATGACttttaa > 2:266174/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTTTTTTAAAtt > 2:125341/1‑141 (MQ=255) gACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtc > 1:130154/1‑141 (MQ=255) aCATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACAAAATAAAAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTATTTGCTATTAGCTGTCTGCGTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGTCTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtct > 2:210034/1‑141 (MQ=255) aCCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtcttcttc < 1:287510/141‑1 (MQ=255) ccAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TGTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGtctttttct > 2:182267/1‑141 (MQ=255) atatCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCtctt < 1:287148/141‑1 (MQ=255) caccaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTttcttc < 1:263680/141‑1 (MQ=255) cccaTGACCGAGCCCCCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTtcttct < 1:178330/140‑1 (MQ=255) accaTGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTATTTTTCTCTTtcttct < 2:138662/141‑1 (MQ=255) tGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGc < 1:256551/141‑1 (MQ=255) tCACCAATTAATAGTTGTGATGAC‑TTTTAATATCCTCTTTTCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCAtgtt < 1:166599/141‑1 (MQ=255) 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TATTGCGATTTCACAATTGGTGTAGCATCAACGAGTTGCCGTCCAACTTTACCATCAAT‑TTGTGCATTTGGTATTTTCTTAGTAAAGACATTACCAATATCCACCATGACCGAGTCACCAATTAATAGTGGTGATGACTTTTTAATATCCTCTTTGCTATTCGCTGTCTGCTTATCCTCTTGCTTATCTTTTTTAACGACTTTTTTCTTCGTTGTTTTAAATTCCGTCTTCTTCTCTTTCTTCTCGGCTTCATGTTGTTTGCCAAGTGCA > CP000730/2709458‑2709727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |