| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 638,614 | G→T | 100% | T14K (ACA→AAA) | thiD ← | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 100.0% | 77.4 / NA | 25 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (9/16); total (9/16) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAA > CP000730/638478‑638749 | aTCCATTGGTAATGGTATAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTc > 1:169664/1‑141 (MQ=255) ccATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGAGCAAGCACTTTTGTCAg > 1:287013/1‑141 (MQ=255) gTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCgg < 1:104600/141‑1 (MQ=255) tCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCAtt < 1:71474/141‑1 (MQ=255) tCTTGATCCATAGCAACGAGGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCAtt < 2:231390/141‑1 (MQ=255) tttATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGa > 2:262458/1‑141 (MQ=255) tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGc < 1:91436/141‑1 (MQ=255) tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGc < 1:50020/141‑1 (MQ=255) tATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGc < 1:269384/141‑1 (MQ=255) tGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataa > 1:277058/1‑141 (MQ=255) ggCAGTTAAAGCGACCATGACATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCCGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACataat > 1:152417/1‑141 (MQ=255) tAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATAtt < 2:191080/141‑1 (MQ=255) cGACAATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTCAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACCTAATAATATTGTAtt > 1:202266/1‑141 (MQ=255) ccATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAAACGGCAATTGTTAAAACTTTCTGTAAAGCCATTGAGCTTAACTCCTACATACTAATATTGTAtttac > 2:173853/1‑138 (MQ=255) tATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttttt < 1:166984/141‑1 (MQ=255) ttCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTaa < 2:168672/141‑1 (MQ=255) gAACGTTTTCAACTCTTCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGACTCCGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAATCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGaaa < 2:151696/141‑1 (MQ=255) gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAata < 1:272784/141‑1 (MQ=255) aTCTGCTTGCATACCTGCCGCAGCGCTGTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCAt < 2:287013/141‑1 (MQ=255) aTCTGCTTGCATACCTAAAACAGCAATTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTAAAAAAAAAAAAAAAATATTAAGCAt < 2:216033/141‑1 (MQ=255) ggttGTATACCTGCTCCATCACTTTTGTCATATCCGGCTATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCGACATAATAATATTGTATTCTTCATATCATTTTTATCCTAATTCAAAAATATTAAACAtaaaa < 2:124781/139‑5 (MQ=255) cgcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttg > 2:197569/1‑141 (MQ=255) cgcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTAAATATTTGATGAttg < 1:212975/141‑1 (MQ=255) gCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGATCTTCACTCCTACATAATAATATTTTGTTCAGCATATCATTTTTTTCCTACTTGAAGAATGTTACGCATTCTATAATTGATGATGGTTGaa > 1:54848/1‑141 (MQ=255) cACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa < 1:170056/141‑1 (MQ=255) | ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAA > CP000730/638478‑638749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |