| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,143,110 | G→A | 100% | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,143,110 | 0 | G | A | 100.0% | 49.6 / NA | 17 | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (13/4); total (13/4) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGG > CP000730/2142975‑2143236 | gCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCAtt > 1:160243/1‑141 (MQ=255) aaTTATTATGTCTCGAAACATACCGTGATTGAACTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATttat < 1:134631/141‑1 (MQ=255) tattGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAAGCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGc < 1:59818/141‑1 (MQ=255) cTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGCCGGACAGTTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTacaa < 1:66069/141‑1 (MQ=255) ttcttTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCa > 2:198343/1‑141 (MQ=255) gTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAAAAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGcc > 2:936/1‑140 (MQ=255) tCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTGATTAAGA‑AATATGTAGTTAATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCaa > 1:280103/1‑141 (MQ=255) tattaGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATGAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGGTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTATCACATAATGATTTCAAATTTa > 2:157189/1‑141 (MQ=255) agaaTATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGt > 2:17341/1‑141 (MQ=255) tGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTAttt > 1:63694/1‑141 (MQ=255) cAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTAt > 1:246352/1‑141 (MQ=255) aaaaGGAATGTTTGGANAATCATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATggg < 1:223527/141‑1 (MQ=255) tttAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCTTTTTTTTTTTAgtttat > 2:8565/1‑136 (MQ=255) tttAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCatat > 1:218008/1‑141 (MQ=255) tttAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCatat > 2:248512/1‑141 (MQ=255) aaaGGTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCACCTTTACTCCAGGTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACaaaa > 1:208067/1‑141 (MQ=255) ggTAATCGTATCGTAGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAAAgg > 2:22518/1‑141 (MQ=255) | GCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATT‑ATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGG > CP000730/2142975‑2143236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |