| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,504,889 | G→A | 13.5% | intergenic (+193/+211) | USA300HOU_2365 → / ← gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,504,889 | 0 | G | A | 13.5% | 135.0 / 4.8 | 59 | intergenic (+193/+211) | USA300HOU_2365/gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/20); new base A (2/5); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGCGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCT > CP000730/2504749‑2505026 | gcagcGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGATGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTg > 1:79786/1‑141 (MQ=255) aGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCACCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGt > 1:189178/1‑141 (MQ=255) aGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCACCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGt > 1:46019/1‑141 (MQ=255) tCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTgc < 1:118323/141‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTgcgc < 1:261726/141‑1 (MQ=255) tttGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCtaa < 2:46964/141‑3 (MQ=255) gAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATACAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAgcg > 2:222289/1‑141 (MQ=255) aTCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 1:96462/1‑141 (MQ=255) tCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcat > 1:107481/1‑141 (MQ=255) ttttACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACCACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca < 2:138196/141‑1 (MQ=255) tttACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAGCAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 2:256014/141‑1 (MQ=255) tttACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 1:32045/141‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaa < 2:180817/141‑1 (MQ=255) tgctTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGccc > 1:226384/1‑141 (MQ=255) tgctTTTTATATTTGAAATACTTCCATATTGAATAGCTCCACTTGCTGTTCGCCTGCGCTTGTCGCATGCATAAAAAGCCGCAACAACCGAAGTCCACGTCCCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATCCATAAAAGccc > 2:275045/1‑141 (MQ=21) ttttATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaa < 1:207570/141‑1 (MQ=255) tataTTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa > 1:134595/1‑141 (MQ=255) tttGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTGGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTg > 2:38081/1‑141 (MQ=255) tttGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTg < 1:43471/141‑1 (MQ=255) ttggAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATTAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTg < 2:49663/138‑1 (MQ=255) ttGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGa > 1:255126/1‑141 (MQ=255) ttCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg > 1:177398/1‑141 (MQ=255) cATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTCCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTTCgat > 2:158766/1‑139 (MQ=255) ttGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTACACATGCATAGAAGCCCCTAACGACATGAGGTCACTGCGCTTCTGTTCGCCTGCGCTTTCGGTATTGCTTAAAACACACTAACAACGTGAGGTCACTATGCTTCgg > 2:123365/1‑141 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTCCGCCTGCGCGTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACACCCTGAGGTCACTACGCTTCGGtt < 1:122448/141‑1 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCCCCGGTTCGCCTGCGCTTTAACGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCGGGGGTCGCTGCGCTTCggat > 2:98448/1‑139 (MQ=18) aTAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCCGTTCGCCGGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCg < 2:116252/141‑1 (MQ=255) aTAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCCAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCg < 2:285122/141‑1 (MQ=255) tAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGGGCTTTAGCGCCTGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTCCGCTTCGTTTCGc > 1:135653/1‑141 (MQ=255) cccACTTGCCGTCCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTgc < 2:15605/140‑1 (MQ=255) aCTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCAGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGACTGTGCt > 2:213235/1‑141 (MQ=255) cTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCta < 2:35576/141‑2 (MQ=255) ccGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCCTGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCCGGGCTTTatc > 2:210402/1‑139 (MQ=255) ccGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAgc > 1:238157/1‑141 (MQ=255) ttCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTTAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca < 2:153646/141‑1 (MQ=255) gCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgc > 1:119988/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATCAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGATTCCGTTCGCCTGCGCGTTAgcaaaagca > 2:223591/1‑134 (MQ=14) cTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 1:89008/141‑1 (MQ=255) gcggATGCATAAAGGCGCCTAACAACCTGAGGTCACTCCGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc < 2:123257/141‑1 (MQ=11) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTAGGGGTCGGTTCGCCTAAGATTTAGCGGATGCGTAAAAGTgcc > 2:80425/1‑141 (MQ=14) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca > 1:254705/1‑67 (MQ=40) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca > 2:190888/1‑67 (MQ=255) tgcatAAAAGTCCCTAACCACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaaca < 1:275045/141‑1 (MQ=11) tgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaaca < 1:237681/141‑1 (MQ=255) atAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAAcc < 2:134595/141‑1 (MQ=255) tAAACGCCCCTAACCACCTGGGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCt < 2:209029/141‑1 (MQ=255) tcccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCCAACAACCTGAGGTCACAAGGCGTCCAATCGCCGACGCTGTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGtt > 2:102410/2‑140 (MQ=11) ccccTAACAACCGGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTc < 1:220136/141‑1 (MQ=255) aacaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTAc > 1:276983/1‑141 (MQ=255) caacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCGGAGGTTACTAGGc > 2:150695/1‑141 (MQ=255) acCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCtt > 1:196260/1‑141 (MQ=255) cTGAGGTCACTACGCCTCCGTTCCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCCAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTcc < 2:107481/141‑1 (MQ=14) tGAGGTCACTACGCCTCCGTGCGCCTGCGTTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTCTAGCGAATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCg < 1:223591/141‑1 (MQ=14) ggTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAAGAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTc > 1:175146/1‑141 (MQ=255) ggTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCCGAGGTTACTGCGGTTCCGTTc > 2:241142/1‑141 (MQ=14) gTCACTCCGCTTCGGTTCGGCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCg < 1:123365/141‑1 (MQ=14) gTCACTACGCTCCCGGTCGCCGGCGCTTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTAAGATCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 1:158766/141‑1 (MQ=14) tCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGc > 2:147151/1‑141 (MQ=255) cACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTGGcc > 1:241569/1‑141 (MQ=255) aCTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCt > 1:227438/1‑141 (MQ=255) | GCAGCGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCT > CP000730/2504749‑2505026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |