BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,087	A→G	61.3%	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,087	0	A	G	61.3%	339.0 / inf	440	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (91/80); new base G (143/124); total (235/205)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01

Only 100 of 441 total aligned reads displayed.

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTA  >  CP000730/35948‑36225

ttttATATAGGGCGTAAATACATTCCATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATTAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGa                                                                                                                                            <  1:220841/140‑1 (MQ=14)

   tatataGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTAATCTTGCTCAATGAGGTTATTTGGATATTTCGATGTACAATGGCac                                                                                                                                         >  1:86133/1‑139 (MQ=14)

     tataaatccaaaaTACACTCAATCCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGGATTGATACTTTGATACCTTGGCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTc                                                                                                                                       <  1:22716/130‑1 (MQ=14)

     tataGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTc                                                                                                                                       <  2:251436/140‑1 (MQ=255)

        agagCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGTTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAgg                                                                                                                                    >  2:24511/1‑140 (MQ=255)

        agagCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCTATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAgg                                                                                                                                    >  1:298481/1‑140 (MQ=255)

         gagCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAACTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgt                                                                                                                                   <  2:101589/140‑1 (MQ=255)

         gagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTTATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTCTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgt                                                                                                                                   >  1:5132/1‑140 (MQ=255)

          agCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtt                                                                                                                                  >  1:20122/1‑140 (MQ=255)

             gTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaa                                                                                                                               >  1:140923/1‑140 (MQ=255)

              tAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaag                                                                                                                              <  1:266801/140‑1 (MQ=255)

              tAAATACACTCAATACCTTTTAAAATATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaag                                                                                                                              <  1:172057/140‑1 (MQ=255)

                aaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtt                                                                                                                            >  2:50968/1‑140 (MQ=255)

                 atactctaaaTACCTTTTAAAGTCTTCTGTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           <  1:24478/132‑1 (MQ=14)

                 aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttcagttt                                                                                                                           >  2:262359/1‑140 (MQ=255)

                 aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGCTGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           >  2:257187/1‑140 (MQ=255)

                 aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           >  2:285722/1‑140 (MQ=255)

                 aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           >  1:81994/1‑140 (MQ=255)

                  tACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgttgaagttta                                                                                                                          >  1:11697/1‑140 (MQ=255)

                   aCATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATATTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                         >  2:229304/1‑140 (MQ=255)

                   aCATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                         >  1:4785/1‑140 (MQ=255)

                    cactCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTaaa                                                                                                                        <  1:262863/137‑1 (MQ=255)

                    cATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTaaa                                                                                                                        >  2:105085/1‑140 (MQ=255)

                      ctCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAg                                                                                                                      >  2:169501/2‑140 (MQ=255)

                       tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGCATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGc                                                                                                                     <  1:135741/140‑1 (MQ=255)

                        cAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCt                                                                                                                    <  1:210786/140‑1 (MQ=255)

                         aaTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCtt                                                                                                                   >  1:176263/1‑140 (MQ=255)

                          aTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCttt                                                                                                                  >  2:178399/1‑140 (MQ=255)

                          aTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCttt                                                                                                                  >  1:77336/1‑140 (MQ=255)

                             ccTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                               >  1:254858/1‑140 (MQ=255)

                             ccTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTAGTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                               <  2:264568/140‑1 (MQ=255)

                             ccTTTTAAAGTATTCGTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                               <  1:281210/140‑1 (MQ=255)

                             ccTTTTAAAGTATGCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACCATGGAAGTCAGGTTAAAGTTTAAAAGCTTGAAt                                                                                                               <  2:267865/140‑1 (MQ=14)

                                tttAGAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTAGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATGTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                            >  2:194724/1‑140 (MQ=255)

                                  tAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTTCTCAATGAGGTTATGCAGATATTTCGATGTACAATGGCCGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTCTTACtt                                                                                                          >  1:1649/1‑140 (MQ=14)

                                      gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                      >  1:70630/1‑138 (MQ=255)

                                       tATTCTTTGCTGTATTGATACTTTCTTACCGTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAcc                                                                                                     >  2:308549/1‑140 (MQ=14)

                                        aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCa                                                                                                    >  1:91609/1‑140 (MQ=255)

                                         tccTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                   >  2:277155/3‑140 (MQ=255)

                                           cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                 <  2:192014/140‑1 (MQ=255)

                                              tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                              >  2:240284/1‑140 (MQ=255)

                                              tGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtg                                                                                              <  1:235922/140‑2 (MQ=255)

                                                tttttttGATTTTTTGATGCCTTGTCTTTCTTAGTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                            <  1:179566/135‑1 (MQ=11)

                                                ccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                            <  1:98056/138‑4 (MQ=255)

                                                cTGGATTGATACTTTTATACCTCGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTCATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                            <  2:88536/140‑1 (MQ=14)

                                                 tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                           <  2:226038/140‑1 (MQ=255)

                                                 tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATAGGACTGGGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                           <  2:33415/140‑1 (MQ=14)

                                                          aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGatg                                                                                  <  2:153162/140‑3 (MQ=255)

                                                          aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                  >  1:231573/1‑140 (MQ=255)

                                                           cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                 >  1:54164/1‑140 (MQ=255)

                                                           cTTTGATAGCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGATGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACCAGGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                 <  1:123515/140‑1 (MQ=11)

                                                            tttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTCGCCATTGCTTCCTTCGTTGAAGGt                                                                                <  2:115681/140‑1 (MQ=255)

                                                            tttGATACCTTGTCTTTCTTTCTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGTGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                <  1:100579/140‑1 (MQ=11)

                                                              tgatttcTTGTCTTTTTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                              <  2:8242/134‑1 (MQ=11)

                                                              tGATACCTTGGCTTGCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                              <  1:109899/140‑1 (MQ=255)

                                                                atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                            <  2:298278/140‑1 (MQ=255)

                                                                aTACCTTGTCTTTCTTATTTTTCGTTTTCGTTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGTTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCt                                                                            >  1:317436/1‑140 (MQ=11)

                                                                     ttGTCCTTCTTATCTTAATATGACGGTGATTTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                       <  1:129348/140‑1 (MQ=255)

                                                                        tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGGCTGAGCTGTa                                                                    >  1:125688/1‑140 (MQ=255)

                                                                           ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaact                                                                 <  2:21700/140‑3 (MQ=255)

                                                                           ttcttACTTTAATATAACGGTGATCGTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                 >  1:160258/1‑140 (MQ=255)

                                                                                  tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                          <  1:223845/140‑1 (MQ=255)

                                                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                     >  1:293546/1‑140 (MQ=19)

                                                                                        atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTGTAAGTTTATAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTGTTTACCTTTTGAGGtt                                                    >  1:64888/1‑140 (MQ=255)

                                                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGATGttt                                                   >  2:314319/1‑140 (MQ=255)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                 >  2:123970/1‑140 (MQ=255)

                                                                                            cGGGGATCTTGCTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                <  2:160263/140‑1 (MQ=11)

                                                                                              gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                              <  1:198771/140‑1 (MQ=16)

                                                                                               tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                             <  1:302067/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                          >  2:75118/1‑140 (MQ=12)

                                                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                         >  2:282557/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                      gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                                      >  2:44723/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                        tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                    <  2:113446/140‑1 (MQ=16)

                                                                                                        tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                    <  1:308549/140‑1 (MQ=16)

                                                                                                        tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                    >  1:146583/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                          aaTGGGGTTATTTAGATATTTCCATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTCTGTTGAAGCTGCCTGATCAGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                  <  2:146300/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                          aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                  <  2:110582/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                          aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                  <  1:212559/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                          aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                  <  1:105085/140‑1 (MQ=33)

                                                                                                           aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                 <  2:208182/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                           aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                 <  1:217482/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                           aTGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTAAAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                 <  2:127207/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTTTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                            >  1:155856/1‑140 (MQ=12)

                                                                                                                  tATTCTGATTCTTCGATGTACAATGACTGTCATGTTTAAGTTTAAATGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCTTTCGTTGAAGGTGCGTGACCGGTATCTCCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtttt                          <  2:56189/140‑2 (MQ=11)

                                                                                                                  tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACTAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                          <  2:233853/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                                   aTTCAGATATTTCGCTGTACAATGACAGACAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                         >  1:208699/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                   aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                         >  1:95275/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                        gctatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                    <  1:39906/138‑1 (MQ=12)

                                                                                                                         atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                   <  1:273996/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                                             ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAAGCata               >  1:189500/1‑140 (MQ=12)

                                                                                                                                gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAAACGTTTGATAAACGCATATGc            >  1:35503/1‑140 (MQ=12)

                                                                                                                                gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc            >  2:26614/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATAGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc            >  2:202569/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                 aTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTGTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTGATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt           >  1:181701/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                  tGTACAATGACAGTCAGGTTGAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg          >  1:195332/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                    tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa        >  1:284743/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                     aCAATGGCAGCAAGGTTTATGTTTAAAAGCTTTAATTCATTTAACCATTGCTACTTTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTACTTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTACTGAGCAGTTTGATGAAAGATTATGCAGAAt       >  2:140561/1‑140 (MQ=2)

                                                                                                                                      taaTGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTTGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg      <  2:253975/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg      >  2:174701/1‑140 (MQ=9)

                                                                                                                                       aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa     >  2:69881/1‑140 (MQ=2)

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTA  >  CP000730/35948‑36225

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`