Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,133 A→G 28.9% V140A (GTA→GCA)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1330AG28.9% 333.0 / 206.4 304V140A (GTA→GCA) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (106/108);  new base G (39/48);  total (146/158)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01

Only 100 of 310 total aligned reads displayed.

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAT  >  CP000730/35994‑36271
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                                                                            >  2:240284/1‑140 (MQ=255)
 gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                                           >  1:225515/1‑140 (MQ=255)
  tttttttGATTTTTTGATGCCTTGTCTTTCTTAGTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                                                                          <  1:179566/135‑1 (MQ=11)
   tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                                         <  2:226038/140‑1 (MQ=255)
    gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                                                                        >  1:196664/1‑140 (MQ=255)
      aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCg                                                                                                                                      >  2:114649/1‑140 (MQ=255)
       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                     >  2:217482/1‑140 (MQ=255)
          aTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGATTTAATTATTTTAGCCATTTCTGCCTTCGTTGa                                                                                                                                  >  2:291280/1‑140 (MQ=14)
          aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                                  >  1:81440/1‑140 (MQ=255)
            cctgtGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                                                <  2:117723/136‑1 (MQ=255)
             cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                                               >  1:54164/1‑140 (MQ=255)
              tttGATACCTTGTCTTTCTTTCTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGTGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                              <  1:100579/140‑1 (MQ=11)
              tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTAAGGTTTAATTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                              <  1:284550/140‑1 (MQ=11)
               tggATAACTTGTCTTTCCTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                             <  1:29695/138‑1 (MQ=11)
                tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                            >  2:193288/1‑140 (MQ=255)
                tGATACCGTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                            <  2:251246/140‑1 (MQ=37)
                tGAGACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGCGATCTTGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                            <  2:134586/140‑1 (MQ=11)
                 gatcacTTGCCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                           <  1:136257/135‑1 (MQ=11)
                 gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                           >  2:65049/1‑140 (MQ=255)
                  atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                          <  2:298278/140‑1 (MQ=255)
                  atatCTTGTCTTTCTTAATTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                          <  1:162391/140‑1 (MQ=11)
                  aTACCTTGTCTTTCTTATTTTTCGTTTTCGTTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGTTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCt                                                                                                                          >  1:317436/1‑140 (MQ=11)
                  aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                          <  2:272878/140‑1 (MQ=255)
                  aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                          >  1:198990/1‑140 (MQ=255)
                   tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTATAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGGCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                         >  1:112653/4‑140 (MQ=11)
                     ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                                       >  2:23064/1‑140 (MQ=255)
                          tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGGCTGAGCTGTa                                                                                                                  >  1:125688/1‑140 (MQ=255)
                           ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTGGTTGAAGGTGCCTGATTTGTag                                                                                                                 >  2:205710/1‑139 (MQ=255)
                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                              >  2:53323/1‑140 (MQ=255)
                               cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                                             >  2:19519/1‑140 (MQ=255)
                               cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                                             <  1:132817/140‑1 (MQ=255)
                               cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCATGTTCTCTaaccac                                                                                                             >  2:124302/1‑136 (MQ=14)
                                 tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                           <  1:292518/140‑1 (MQ=255)
                                 tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                           <  1:2705/140‑1 (MQ=255)
                                 tACTTTAATATGACGGTGATCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGGACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAACGCTTTCATTACTTTAACCATTGCCACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                           <  1:124226/140‑1 (MQ=11)
                                  tcTTGAATAGGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                          <  1:210529/139‑1 (MQ=255)
                                    tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                        <  1:223845/140‑1 (MQ=255)
                                       aaTATGACGGTGAGCTTGCTCACTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTGGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAg                                                                                                     <  1:126993/140‑1 (MQ=11)
                                         taggACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTAATCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                                                                   <  1:228736/137‑1 (MQ=255)
                                          atGACGGTGATCTTGCTCAATGATGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                                                  <  1:84642/140‑3 (MQ=11)
                                            gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAGTTAGCTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                                                                >  1:74334/1‑140 (MQ=11)
                                             aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                               <  2:26390/140‑1 (MQ=25)
                                             aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTAGGCTTAc                                                                                               >  1:14710/1‑140 (MQ=11)
                                              cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                                              <  1:176530/140‑1 (MQ=11)
                                              cGGGGATCTTGCTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                              <  2:160263/140‑1 (MQ=11)
                                                gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                            <  2:88141/140‑1 (MQ=18)
                                                 tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTCCCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                           <  1:238705/140‑1 (MQ=255)
                                                 tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                           <  1:310715/140‑1 (MQ=16)
                                                 tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTTGCCATTCCTTCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                                           <  1:218271/140‑1 (MQ=11)
                                                   aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAtt                                                                                         >  1:231779/1‑140 (MQ=255)
                                                     ctggCTCCATGTTGTTACTCAGATATTTCGATGTACAATGATAGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTGCGTTGAAGGCGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                                       <  2:168150/137‑1 (MQ=11)
                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                                       >  2:282745/1‑140 (MQ=16)
                                                     cTTGCCCAATGGGTTTTGCCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                                       <  2:277773/140‑1 (MQ=11)
                                                      ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                                      >  1:118234/1‑140 (MQ=18)
                                                       tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                                                     <  1:259901/140‑1 (MQ=11)
                                                        gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTTTTTa                                                                                    >  1:157034/1‑140 (MQ=12)
                                                        gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                                                                                    >  2:44723/1‑140 (MQ=16)
                                                         cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                                   <  1:51434/140‑1 (MQ=11)
                                                            aaTGGGGTTATTTAGATATTTCCATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTCTGTTGAAGCTGCCTGATCAGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                <  2:146300/140‑1 (MQ=11)
                                                            aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                <  1:212559/140‑1 (MQ=17)
                                                            aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                <  1:105073/140‑1 (MQ=32)
                                                             aTGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTAAAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                               <  2:127207/140‑1 (MQ=255)
                                                              tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAGATTGTTTAATgaga                                                                              >  1:41859/1‑140 (MQ=11)
                                                                  gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTTTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                          >  1:155856/1‑140 (MQ=12)
                                                                   ttATTCAGATATTTCGATTTACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGTCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                         <  2:81541/140‑1 (MQ=11)
                                                                    tATTCATATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTGGAAGGGGCTTGAGCTGGAATTACCGTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                        <  2:234372/140‑1 (MQ=11)
                                                                          gctatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                                  <  1:39906/138‑1 (MQ=12)
                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCTGATATGTAATTACCTTTTGAGGCATACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                                 >  2:112576/1‑140 (MQ=11)
                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTACTGAGACGTTTGATAAACg                                                                 >  2:73718/1‑140 (MQ=255)
                                                                            tatGTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                                <  2:32135/140‑1 (MQ=16)
                                                                              tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                              <  1:167449/140‑1 (MQ=12)
                                                                               ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAAGCata                                                             >  1:189500/1‑140 (MQ=12)
                                                                                tagATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAACAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                            <  1:265180/138‑1 (MQ=11)
                                                                                tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                            <  1:217334/140‑1 (MQ=11)
                                                                                 cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCTTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGCCGTTTGATAAACGCATATg                                                           >  1:18101/1‑140 (MQ=255)
                                                                                 cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                           <  2:312121/140‑1 (MQ=11)
                                                                                  gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                          <  1:48371/140‑1 (MQ=17)
                                                                                  gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAAACGTTTGATAAACGCATATGc                                                          >  1:35503/1‑140 (MQ=12)
                                                                                  gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGCTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                          >  1:96325/1‑140 (MQ=255)
                                                                                  gATGTACAAGGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAGCTGTAATTACCTTTTAGGGTTTACCAAATTGTTTAATGAAACGTTTGATAAAAGCATATGc                                                          >  2:93312/1‑140 (MQ=11)
                                                                                        taaTGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTTGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                                    <  2:253975/139‑1 (MQ=255)
                                                                                         aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAGGCATATGCTGAATGa                                                   >  2:257941/1‑140 (MQ=2)
                                                                                           tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                                 >  1:275125/1‑140 (MQ=11)
                                                                                            gACAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTACTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGGTCTGTAACTACCTTTTGCGTCTTACCAAATTGTTTAATGTGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                                >  2:175691/1‑140 (MQ=11)
                                                                                            gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATAGTTTAATGCGACGCTTGATATACGCATACGCCGAATGATTa                                                <  2:267707/140‑1 (MQ=11)
                                                                                                                               ttAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAAACAAATATCGCatgtatg             >  1:66765/1‑140 (MQ=2)
                                                                                                                               ttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg             <  2:108184/140‑1 (MQ=11)
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                                                                                                                                 aGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatggc           >  2:60444/1‑138 (MQ=2)
                                                                                                                                  gCCATTGCTGCCTCCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc          <  2:176263/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   ccATTGCTGACTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTccc         <  1:107697/140‑1 (MQ=17)
                                                                                                                                   ccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTccc         >  1:221824/1‑140 (MQ=32)
                                                                                                                                     aTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAGAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctc       <  1:301686/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGTGACGTTTGATAAACGCATATTCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGAAACCAAATATCTTATGTATGTCCctc       >  1:91059/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                       tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTg     >  2:15178/1‑140 (MQ=32)
                                                                                                                                         cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATTCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgta   >  1:247669/1‑138 (MQ=17)
                                                                                                                                         cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgta   >  1:303561/1‑138 (MQ=18)
                                                                                                                                         cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCa   <  2:141348/140‑1 (MQ=33)
                                                                                                                                         cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCa   <  1:282745/140‑1 (MQ=33)
                                                                                                                                          tACCTTCTGTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAt  <  2:212362/140‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAT  >  CP000730/35994‑36271

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: