New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 1822717 = | 62 (0.910) | 3 (0.050) | 3/238 | NT | 5.5% | intergenic (+38/+208) | USA300HOU_1697/ackA | possible universal stress protein/acetate kinase |
? | CP000730 | 1822745 = | 47 (0.750) | intergenic (+66/+180) | USA300HOU_1697/ackA | possible universal stress protein/acetate kinase |
CGTACTGAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATAT > CP000730/1822605‑1822885 | cGTACTGAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGttt < 2:651159/141‑1 (MQ=255) cGTACCGAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGttt < 1:220743/141‑1 (MQ=255) gTACTGAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGTTCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGtttt < 1:381706/141‑1 (MQ=255) aCTGAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGtttttt > 2:543126/1‑141 (MQ=255) aCTGAAGAGTTACCAGCAGAATTATATCCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGtttttt > 1:374748/1‑141 (MQ=255) cTGAAGACGTAACAGCAGACTTCCAACCAGAAGTTGCAAAAACTCAATTACTTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTATATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACGTTCTGCACTTGGTTTTTTa < 2:167992/141‑1 (MQ=255) gAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTAtt > 2:425537/1‑141 (MQ=255) aaaattaactagtgtaatgtctcttttcacgaatatcttaaagaattaagtagtcgaagaagattatgaaaacattattaagtgagttttatttataaacaataaaaaaccaagtgcaactttctgcacttggttTTTTAt > 2:736922‑M2/136‑141 (MQ=255) agagTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGt < 2:712437/141‑1 (MQ=255) gTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCCATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTta < 1:775237/141‑1 (MQ=255) acaagcagACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTAGGTGAAAAATATCAAAATTCAATTTAGATGATCATTAGATAACTACTTGGTCATTGTAAACCAAGTGAA‑ACTTTGTGAACTTGGTTTTTTCTTGttattaa > 2:221243/4‑136 (MQ=255) gACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAAc > 2:568942/1‑141 (MQ=255) gACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAAc < 1:404620/141‑1 (MQ=255) cTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTc > 1:432489/1‑141 (MQ=255) agcacgtgacaggaatatcttagagaattaagtagtcgaagaagattatgaaaacattattaagtgagttttatttataaacaataaaaaaccaagtgcaactttctgcacttggttTTTTATTGTTTATAAATAAAACTc < 2:660165‑M2/24‑1 (MQ=255) tCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCAc < 1:156240/141‑1 (MQ=255) cAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAATATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACtt < 2:243886/141‑1 (MQ=255) aaCCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTta < 1:610606/141‑1 (MQ=255) acaAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGTTCAATTGGTAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTtaataa < 1:367401/141‑1 (MQ=255) caAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATCACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACATTCTGCACTTGGTCTTTAATTGTTTTTAAATAAAACTCACTTaataat > 2:537874/1‑141 (MQ=255) caAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTaataat > 2:185210/1‑141 (MQ=255) gTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGtt > 1:408321/1‑141 (MQ=255) gTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAAAGTCCAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTATTAATGtt > 2:749010/1‑141 (MQ=255) ttGCAACAACTCAATTACGTGCAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATACTTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTGTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGttt > 2:369166/1‑141 (MQ=255) caacaaCTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTCTTGTTTATAAATCAAACTCACTTAATAATGTTTTct > 1:521236/1‑140 (MQ=255) aaagaattaagtagtcgaagaagattatgaaaacattattaagtgagttttatttataaacaataaaaAACCAAGTGCA‑GAAAGTTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAAt < 1:736922‑M1/73‑1 (MQ=255) aattagcttaaaaaTATCATAATTAAATACAGATGTTCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCGTCACTTGGTTTTTTATTGGTTATAAATAGAACTCACTTACTAATGTTTTCATAAtcttct < 2:121159/132‑1 (MQ=255) aTTACTTGAAAAATATCAAAATTAAAGATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATcttctt < 2:744419/141‑1 (MQ=255) aTTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATcttctt > 1:461198/1‑141 (MQ=255) aTTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATcttctt > 1:747415/1‑141 (MQ=255) aTTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACAAGAACATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACGTAATAATGTTTTCATAATcttctt > 1:448778/1‑141 (MQ=255) ttACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCttcttc < 2:431383/141‑1 (MQ=255) tACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATcttcttgg > 1:398307/1‑139 (MQ=255) gTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGact < 1:255079/141‑1 (MQ=255) gTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGact < 1:674734/141‑1 (MQ=255) tGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGacta < 1:486234/141‑1 (MQ=255) aaaTATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTa > 2:765978/1‑141 (MQ=255) atCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGGTAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTc > 1:414947/1‑141 (MQ=255) tCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCt > 2:525622/1‑141 (MQ=255) attatgaaaacattattaagtgagttttatttataaacaataaaaaaccaagtgcaactttctgcacttggttTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCttt < 1:736922‑M2/68‑1 (MQ=255) gatgatCATTAAATAACTACATGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGa < 2:375306/141‑1 (MQ=255) tgatCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGaaa > 2:519816/1‑141 (MQ=255) tatCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGaaaa < 1:505111/140‑1 (MQ=255) aTTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTACTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAaaga > 2:459742/1‑141 (MQ=255) ttAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAGTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGAc > 1:3820/1‑141 (MQ=255) gagttttatttataaacaataaaaAACCAAGTGCA‑GAAAGTTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTctctaagatattcctgtcacgtgct < 2:660165‑M1/117‑13 (MQ=255) tAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACa > 1:508334/1‑141 (MQ=255) tAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACa > 2:623822/1‑141 (MQ=255) gATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACAtt < 1:765978/141‑1 (MQ=255) tactTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGCAAAGAGACATTACGCTa > 2:519578/1‑141 (MQ=255) tactTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTAGGTTTTTTATTGTTAATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTAAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTa > 2:230952/1‑141 (MQ=255) actTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAg < 2:110452/141‑1 (MQ=255) ttGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGCTAACCGGCAAAAGAGCCATTACACTAGtt > 2:741459/1‑141 (MQ=255) ttGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGtt < 1:655185/141‑1 (MQ=255) ttGATCATTACAAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACCACGTTTTTTACTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAACGTTTTCATAATCTTCTTCAACTACATAATTCTTTAAGATATTCCTGAAAAGAGACATTACACCAGtc < 2:288417/141‑2 (MQ=255) tGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTa < 1:159339/141‑1 (MQ=255) aTCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAACTAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATTTTCGTGAAAAGATACATTACACTAGTTAAt > 2:491113/1‑141 (MQ=255) cATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAAttt > 2:410540/1‑141 (MQ=255) ataaaaAACCAAGTGCAGAAAGT‑TGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAAtttt > 2:736922‑M1/7‑141 (MQ=255) AAGTGCA‑ACTTTCTGTACTTGGTTTTTTATTGTTTATGAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACTATAc > 1:547626‑M1/1‑141 (MQ=255) AGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACa > 1:281233‑M1/1‑141 (MQ=255) GCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACaaaa < 1:99265‑M1/141‑1 (MQ=255) gcacttggttTTTTATTGTTTCTAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcc > 1:402537‑M2/11‑141 (MQ=255) cacttggttTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcct > 1:233373‑M2/10‑141 (MQ=255) ttggttTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcct > 2:472480‑M2/7‑141 (MQ=255) tttgttATGTTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTCCATAACCTCCTTCGACTACATAATTCTGTCATATATTCGTGCAAACATACATTACACTCGCTAATTCTCAACCAATACAACAACCGTCttctgctcacat < 2:31261/141‑12 (MQ=255) ttTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCCCCTACat > 2:694754‑M2/3‑141 (MQ=255) ttttATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACatat < 2:719318/141‑1 (MQ=255) | CGTACTGAAGAGTTACCAGCAGACTTCCAACCACAAGTTGCAACAACTCAATTACGTGAAAAATATCAAAATTAAATATAGATGATCATTAGATAACTACTTGATCATTATGAACCAAGTGCA‑ACTTTCTGCACTTGGTTTTTTATTGTTTATAAATAAAACTCACTTAATAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATAT > CP000730/1822605‑1822885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |