| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 492,511 | C→T | 6.4% | A313V (GCA→GTA) | USA300HOU_0465 → | possible LysM family autolysin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 492,511 | 0 | C | T | 6.4% | 187.3 / 2.1 | 64 | A313V (GCA→GTA) | USA300HOU_0465 | possible LysM family autolysin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/39); new base T (2/2); total (22/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
ATGGTTACACTATCGACAATAGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGTTGGATTGAATCCTAA > CP000730/492373‑492650 | aTGGTTACACTATCGACAAGAGACCCACTGGAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCAc < 1:52722/141‑1 (MQ=255) ggTTACACTATCGACAATAGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCa < 2:36168/141‑1 (MQ=255) ttACACTATCGACAATAGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAgg > 1:132446/1‑141 (MQ=255) tACATTATCGACAATAGACCTATTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGt < 2:338924/141‑1 (MQ=255) tACACTATCGACAATAGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGCAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGt > 2:272674/1‑141 (MQ=255) tCGACAATAGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGGTGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTaa < 2:179349/141‑1 (MQ=255) aGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGa < 2:145107/141‑1 (MQ=255) aGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGa < 2:588553/141‑1 (MQ=255) ccTACTGTAGGTTCTAACGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGATATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGGATTTTAACTTACAGAACg > 1:386114/1‑141 (MQ=255) cTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACgg < 2:111857/141‑1 (MQ=255) aCTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGTACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTa > 1:752443/1‑141 (MQ=255) aCTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGGAGAACGTCTACTCGAGGATTGGAGTATTTTAGTTTAAGAAAGGAACTATTC‑AGCTGTACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTa > 1:182175/1‑141 (MQ=255) cTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTAc < 1:327925/141‑1 (MQ=255) aGGTTCTATCGTTCAAACTGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAAGGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGc < 2:464182/141‑1 (MQ=255) aGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGc < 2:653823/141‑1 (MQ=255) aGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGc < 2:735233/141‑1 (MQ=255) ttCTATCGTTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAACGGAACTATTCAAGATG‑ACCATGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTa < 1:767677/141‑1 (MQ=255) tagttaagtcggATCTAGGTTAATAGGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAg < 1:559259/130‑1 (MQ=255) ttCAAAGAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTACAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTaa < 2:301680/140‑1 (MQ=255) cTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTAGGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTCCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTCCGTTACAGAACGGTACCAGCTCACGCAGTaa < 1:570138/141‑1 (MQ=255) tCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTaaa > 1:320645/1‑141 (MQ=255) aaaaCAGATGTTGGTCACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAaat < 1:188483/140‑1 (MQ=255) aaaCAGATGTAGGTTACTATGGACATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAaata < 2:47769/141‑1 (MQ=255) aaCAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAaataa < 2:346105/141‑1 (MQ=255) aCAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAaataat < 2:621090/141‑1 (MQ=255) gATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATtaa > 1:338648/1‑140 (MQ=255) ttGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATtata < 1:384500/140‑1 (MQ=255) tGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAg > 2:220303/1‑141 (MQ=255) ttgggTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCATCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGa < 2:645666/138‑1 (MQ=255) aCTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGAGGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAGGTAAATAATCATAGATATATTc > 2:175826/1‑141 (MQ=255) gTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTaaa < 2:591537/141‑1 (MQ=255) tCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAg < 1:498464/141‑1 (MQ=255) tatgttTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTAc < 1:478849/141‑1 (MQ=255) tgttTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGtgtgctgg > 2:157829/1‑134 (MQ=255) gttTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGta > 1:101193/1‑141 (MQ=255) gTAGAACGTCTCAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGtatata < 1:684074/141‑1 (MQ=255) aGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATaaa < 1:322911/141‑1 (MQ=255) aGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCGTACGTATATaaa > 1:88560/1‑141 (MQ=255) gtgtAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAatatat < 1:262748/141‑1 (MQ=255) tgtAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAAtatata < 2:700436/141‑1 (MQ=255) tAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAAt < 1:320830/141‑1 (MQ=255) aaTAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGa < 1:678319/141‑1 (MQ=255) cGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATTATGAATTcc > 2:5267/1‑141 (MQ=255) gATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCt < 2:719911/141‑1 (MQ=255) gATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCt < 1:359392/141‑1 (MQ=255) gATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCt < 2:417814/141‑1 (MQ=255) atgcaagtaATTTAGTGTCAAAATTGTAGCATTC‑AACTTCTCTACGTATTTTTACTCACAAAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTACAGTTATATTCACTAAAGTCCTTCGTAGATAAATATATAATGagtagcta < 2:41687/136‑8 (MQ=255) aTGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACTTATATAAATCTATAATGAATTCCTa < 1:387498/141‑1 (MQ=255) ggTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTAtt > 2:360762/1‑141 (MQ=255) agtaTTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACa > 1:234377/1‑141 (MQ=255) aGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACaa > 2:480587/1‑141 (MQ=255) aGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACaa > 1:114857/1‑141 (MQ=255) aGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGaa < 1:612899/141‑1 (MQ=255) aGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTAAAAAAAATCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGaa > 2:383334/1‑141 (MQ=255) gAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCATGTATTTTAACTTATAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGaaa > 1:497887/1‑141 (MQ=255) gAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGaaa > 2:534831/1‑141 (MQ=255) aaTGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAg > 2:485865/1‑141 (MQ=255) aTGAACTATTC‑AGCTGTACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGt < 2:752443/141‑1 (MQ=255) aTGAACGATTC‑AGCTGTACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGATACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGt < 2:182175/141‑1 (MQ=255) tGAACTATTC‑TCCGGCACCAGGTATTTTAACTTACTCATCTGTACCAGCTTACCAATTAAATAATTATAGTTATTTTATCGAAAGTCTGACGTATCTAAATATTTAATTTATCCCTATTCCATTTCACAAGCTGAAAAGtt < 2:74450/141‑1 (MQ=255) tGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAttt > 2:635443/1‑141 (MQ=255) cTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGTTGGATTGAATCCt < 1:168133/141‑1 (MQ=255) cTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGTTGGATTGAATCCt < 1:220303/141‑1 (MQ=255) tGCACCAGGTATTCTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTACAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGTTGGATTGAATCCTa < 1:434516/141‑1 (MQ=255) tcACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTGCACAAGCTGAAAAGTTGGATTGAATCCTaa < 1:633031/140‑1 (MQ=255) | ATGGTTACACTATCGACAATAGACCTACTGTAGGTTCTATCGCTCAAACAGATGTAGGTTACTATGGTCATGTTATGTTTGTAGAACGTGTAAATAACGATGGTAGTATTTTAGTTTCAGAAATGAACTATTC‑AGCTGCACCAGGTATTTTAACTTACAGAACGGTACCAGCTTACCAAGTAAATAATTATAGATATATTCACTAAAGTCTTACGTATATAAATATATAATGAATTCCTATTACATTTCACAAGCTGAAAAGTTGGATTGAATCCTAA > CP000730/492373‑492650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |