| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,143,110 | G→A | 77.2% | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,143,110 | 0 | G | A | 77.2% | 118.6 / 25.8 | 63 | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/4); new base A (23/24); total (34/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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2:481512/1‑136 (MQ=255) tttAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCatat > 2:384825/1‑141 (MQ=255) ttagactAAAGGTATTCTTATCTTTGTATTTATTATTGATATAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATTATTTCTAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTAATTTTTTCATTAGCATATGTTTg < 2:428822/135‑1 (MQ=255) aTTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTTATTAGCATATGTTTGGACa > 2:588563/1‑141 (MQ=255) aTTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACa < 1:165730/141‑1 (MQ=255) tAAAGGTAATCGTATCGTCACATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACaaa > 1:222640/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atcgtAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTGCTGtt < 2:772315/141‑1 (MQ=255) atcgtAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTAATTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTGCTGtt > 2:107920/1‑141 (MQ=255) | AGCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTGCTGTT > CP000730/2142974‑2143245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |