| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,272,762 | C→T | 6.9% | intergenic (‑350/‑313) | glmS ← / → mtlF | glutamine‑‑fructose‑6‑phosphate transaminase (isomerizing)/PTS family fructose/mannitol (fru) porter component IIBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,272,762 | 0 | C | T | 6.9% | 205.7 / 3.6 | 69 | intergenic (‑350/‑313) | glmS/mtlF | glutamine‑‑fructose‑6‑phosphate transaminase (isomerizing)/PTS family fructose/mannitol (fru) porter component IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/18); new base T (3/2); total (49/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAGTCACCCTAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATATTTTCACAATAAAATTTTAAAAATCC > CP000730/2272623‑2272901 | ttAAGTCACCCTAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCt < 1:511792/141‑1 (MQ=255) tAAGTCACCCTAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCAGCCGATCTATGCGATCACTATCCTCCTCGTCTCCAAATACATATATTGCACTCTATAAAATCCACGCATATATTAACCtt > 2:376592/1‑141 (MQ=255) aCCCTAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCt > 1:722480/1‑141 (MQ=255) cccTAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCtt < 1:285285/141‑1 (MQ=255) tAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCGTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCGACTCATATATTAAACTTAAATCttgca > 2:300430/1‑138 (MQ=255) tAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTcaa > 2:117129/1‑141 (MQ=255) aTGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGGTCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCCCTCATATATTAACTTTTAACCTTcaaat > 1:286149/1‑141 (MQ=255) ttttACTTAATAAGCGAACGAATGAGCCACATCCGGGCTAGCACCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGAACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTcaactaca < 1:546231/141‑1 (MQ=255) tACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCCCATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTcaaatacaaat < 2:515287/141‑1 (MQ=255) tACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTcaaatacaaat < 1:664416/141‑1 (MQ=255) aCTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTcaaatacaaata > 2:303457/1‑141 (MQ=255) taataaGCTAACGAATGAGCCACACCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAAtattt < 1:46838/141‑1 (MQ=255) ataaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACTTTTAATCTTCAAATACAAAtatttat > 1:77913/1‑141 (MQ=255) ataaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACTTTTAATCTTCAAATACAAAtatttat > 1:77930/1‑141 (MQ=255) ataaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAAtatttat > 2:442996/1‑141 (MQ=255) ataaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAAtatttat > 1:229377/1‑141 (MQ=255) ataaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAAtatttat > 2:181706/1‑141 (MQ=255) ataaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCAATCTATCCAGGCCACTCACATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAAtatttat > 2:161282/1‑141 (MQ=255) aaGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATatttattt > 2:247817/1‑141 (MQ=255) gCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGc > 1:642611/1‑141 (MQ=255) gCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGACCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCAACAAATACATATATTGCACCCTATAAAGGCCACTCACATATGAACCTTTAATCCTCAAATACAAATATCTATTTGc > 2:207706/1‑141 (MQ=255) ccaaTGAGCCACTTCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAgg < 1:720630/139‑1 (MQ=255) aaTGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGgcg < 2:473651/141‑1 (MQ=255) tGAGTCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTATACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCt > 1:529245/1‑141 (MQ=255) tGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCt > 1:576807/1‑141 (MQ=255) tGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCt > 2:607697/1‑141 (MQ=255) tGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCt > 2:388954/1‑141 (MQ=255) gAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCtt > 1:617949/1‑141 (MQ=255) gAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATCCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCtt > 1:618179/1‑141 (MQ=255) aGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACGGGCGCttt > 1:159184/1‑141 (MQ=255) aGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCttt > 2:653043/1‑141 (MQ=255) gCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCCCAGGCGCTTTa > 2:557005/1‑141 (MQ=255) gggATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACCGTCGCTTTAACTGTACtc > 2:494960/1‑140 (MQ=255) ggATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCGTTAACTGTACTGc > 1:398605/1‑141 (MQ=255) ggATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATACTCCTCGGCGACTAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCCAAGGCGCTTTAACGGGACtac > 2:509647/1‑139 (MQ=255) gATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGcc > 2:770012/1‑141 (MQ=255) aTAGCATCCGCCTATCTATTCGATCACTAGCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCg < 2:19843/141‑1 (MQ=255) gCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAAc > 1:38774/1‑141 (MQ=255) aTCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGCCGCTTTAACTGTACTGCCGACCtt > 1:172000/1‑141 (MQ=255) tCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACttt < 1:688745/141‑1 (MQ=255) tCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACttt < 1:616065/141‑1 (MQ=255) gccgATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTccc < 1:652021/141‑1 (MQ=255) gATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCt > 2:319683/1‑141 (MQ=255) cTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTc > 1:285640/1‑141 (MQ=255) ttCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCAt > 2:81274/1‑141 (MQ=255) ttCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCAt > 2:592684/1‑141 (MQ=255) tCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTGATTTACACAGGCGCCTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATc > 1:486012/1‑141 (MQ=255) tATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCattt > 1:443897/1‑140 (MQ=255) tcctcGTCTACAAATACATATATTGCACTCTCTAAAGGCCACTCTTATATTAACCTTTAATCTTTAAATACAAATATTTATTTACACAGGCCCTTTATCTGTAGTGCTGAACTTTCCCCCTTTCAATTATTCATTTTTGtt > 2:422125/1‑140 (MQ=255) tCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACgg > 1:323417/1‑141 (MQ=255) aCAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATCAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGgtgt > 1:531551/1‑141 (MQ=255) aaTACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGtgttgt > 1:393144/1‑141 (MQ=255) tGCACTCTATAAATGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACACATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCACTATTGTACAGCGGTGTTGTTTTGTTTTGCa < 1:114181/141‑1 (MQ=255) tGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACTTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCa < 2:77913/141‑1 (MQ=255) tGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACTTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCa < 2:77930/141‑1 (MQ=255) tGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGAACTTTAACCGTACTGCCGAACTGTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCa < 1:181706/141‑1 (MQ=255) gCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACCAATATTCATTCGCACAGGCGCTTTAACTGTTCTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACACCGGTGTTGTTTTGTTTTGCaa < 2:76881/141‑1 (MQ=255) cACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCaaa > 1:499783/1‑141 (MQ=255) tctATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAACATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAatat < 2:159184/141‑1 (MQ=255) ctATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATAtt < 1:229193/141‑1 (MQ=255) ataAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATAtttt > 2:433459/1‑141 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2:360719/1‑141 (MQ=255) gCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATATTTTCACAAt > 1:238622/1‑141 (MQ=255) cATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATATTTTCACAATAAAAtt > 1:486917/1‑141 (MQ=255) ccTTTAATCTTCAAATACAACTGTTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAAATTTCCCCCTTTCCCTTCATCATTATGGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCCAATATTTTCACATTAAAATTTTCAAAATcc > 2:47668/1‑141 (MQ=255) ccTTTAATCTCCAAATACAAATATTCATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCAGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACAGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATATTTTCACAATAAAATTTTAAAAATcc < 2:661436/141‑1 (MQ=255) | TTAAGTCACCCTAATGTTTTACTTAATAAGCTAACGAATGAGCCACATCCGGGATAGCATCCGCCGATCTATTCGATCACTATCCTCCTCGTCTACAAATACATATATTGCACTCTATAAAGGCCACTCATATATTAACCTTTAATCTTCAAATACAAATATTTATTTGCACAGGCGCTTTAACTGTACTGCCGAACTTTCCCCCTTTCCATTAATCATTATTGTACAACGGTGTTGTTTTGTTTTGCAAATATTTTCACAATAAAATTTTAAAAATCC > CP000730/2272623‑2272901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |