| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 834,578 | G→A | 12.2% | E85K (GAA→AAA) | prfB → | peptide chain release factor 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 834,578 | 0 | G | A | 12.2% | 75.8 / 2.1 | 34 | E85K (GAA→AAA) | prfB | peptide chain release factor 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/15); new base A (2/2); total (17/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
TTATTAGATGGGCCTCACGATGCCAATAACGCAATTCTAGAGTTACATCCTGGTGCAGGTGGCACGGAGTCTCAAGATTGGGCTAATATGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTTCTCCATTTGATTCA > CP000730/834440‑834715 | gtattaGATGTGCCCCACGATGCCAATAACGCAATTCTAGAGTTACATCCTGGTGCAGGTGGCACGGAGCCTCAAGATTGGGCTAATATGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGa < 2:269988/139‑1 (MQ=255) atgaGATGGGCCTCACGATGCCAATAACGCAATTCTAGAGTTACATCCTGGTGCAGGTGGCACGGAGTCTCAAGATTGGGCTAATATGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGaaa < 1:245758/137‑1 (MQ=255) ttaGATGGGCCTCACGATGCCAATAACGCAATTCTAGACTTACATCCTGGTGCAGGTGGCACGGAGTCTCAAGATTGGGCTAATATGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAAc < 2:50521/140‑1 (MQ=255) ccTCACGATGCCAATAACGCAATTCTAGAGTTACATCCTGGTGCAGGTGGCACGGAGTCTCAAGATTGGGCTAATATGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTa > 2:188667/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCTTTTTTGAATTTATCAACGTGATTGTTAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGTATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTaaaa < 2:85825/140‑1 (MQ=255) tGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAACCTGTAGATCATTTAGCTGGGGTTGATGCGGAGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAACGGGCATAATGCTTATGGGTATTTagaa > 2:175362/1‑140 (MQ=255) atgtAGAATGGATCAACGTTATGGGGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTg < 1:70932/137‑1 (MQ=255) aTTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTg < 1:266698/140‑1 (MQ=255) tataaTGTATCAACGTTATTGGTAAAATAAAGCCTTTAAAGTGAGAGCTGTTGATTAGCGACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGGAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGaaa < 1:59566/137‑1 (MQ=255) gAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTCAAACTGTTGAATATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGaaaaa > 1:199448/1‑140 (MQ=255) tGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTGTCTACCTGGTGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATCGCTCATCAAAGGGAATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGgt > 1:269165/1‑140 (MQ=255) ttATCAACGTTATTGTGAGAAGAAATGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGAATATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAATTTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGgtg < 2:264078/139‑1 (MQ=255) gTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGgtg < 1:115694/140‑1 (MQ=255) aCGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGGATacaac > 1:82440/1‑138 (MQ=255) aagaaAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAACCGCCGCAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAAt < 1:288460/140‑1 (MQ=255) aaGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTtct > 1:118235/1‑140 (MQ=255) aGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTtctc > 1:229240/1‑140 (MQ=255) aGGCTTTAAAGTTGAAACTGCTGATTATCTACCTGGGGATGAAGAGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAACCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACTAATTtatc > 1:182107/1‑140 (MQ=255) ggCTTTAAAGTTAAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAAGTGTACACCGACTAGTACGAATTTCTcc < 1:187247/140‑1 (MQ=255) tttAAAGTTAAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTTCTCCAtt > 1:167362/1‑140 (MQ=255) gTTGAAACTGTTGATTATCTTCCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTTCTCCATTTGATtc < 2:269165/140‑1 (MQ=255) ttGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTTCTCCATTTGATtca > 2:176876/1‑140 (MQ=255) | TTATTAGATGGGCCTCACGATGCCAATAACGCAATTCTAGAGTTACATCCTGGTGCAGGTGGCACGGAGTCTCAAGATTGGGCTAATATGCTATTTAGAATGTATCAACGTTATTGTGAGAAGAAAGGCTTTAAAGTTGAAACTGTTGATTATCTACCTGGGGATGAAGCGGGGATTAAAAGTGTAACATTGCTCATCAAAGGGCATAATGCTTATGGTTATTTAAAAGCTGAAAAAGGTGTACACCGACTAGTACGAATTTCTCCATTTGATTCA > CP000730/834440‑834715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |